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삶이란

삶의 두께는 종이 한 장 정도인 것 같습니다. 모든 것을 해낼 수 있을 것 같다가 잠시 후엔 아무것도 이룬 것이 없는 것처럼 느껴집니다. 모든 것이 너무 쉽게 변합니다. 한때 인생을 걸었던 일이 시간이 지나면 사소한 일이 되어버립니다. 변하는 것은 나쁜 것이 아닙니다. 변화 없이는 나아지는 것도 없으니까요. 그게 타락인지, 깨우침인지 저는 모릅니다. 무엇이 옳은지 그른지, 어떤 것이 나은 선택이었는지 누가 알겠습니까? 삶은 흐르는 물결에 떠내려가는 잎사귀 같은 것이기도 하고, 바람에 날려가는 솜털 같기도 합니다. 제가 느끼기에 인생을 결정하는 것 중 시대의 흐름과 우연이 50% 이상인 것 같습니다. 자신의 성공에 교만할 것 없고 실패에 체념할 것 없습니다. 삶은 누구의 기량이 높은지 평가하는 스포츠가 아..

이야기 2023.11.29

bioinformatics: gene symbol, 유전자 이름에 대해서

보통 bioinformatics라고 하면 주로 DNA, RNA에 대한 연구를 생각합니다. 저는 단백질 구조예측으로 단백질 서열-구조-기능-진화에 대한 연구에서 시작하였습니다. 관련 분야중에는 단백질체학이라는 분야도 있지만, 개개의 단백질에 대해 보는 것이 아니라 단백질체로 분석하기에 차이가 있습니다. 단백질 구조에 대한 연구는 물리화학이나 생물물리학적인 접근방법도 있지만, 저는 bioinfomatics에 가까운 방향으로 연구를 했습니다. 다양한 서열정보를 활용한다는 점에서 그렇습니다. 그동안 단백질 구조와 관련된 약물 탐색 관련 일을 했지만, 원래는 유전체 관련 연구를 하고 싶었습니다. 고등과학원을 그만두면서 유전체 분석 예비 전문가 과정 교육을 받기도 했고, 후에 회사로 갈 때도 유전체에 대한 연구를 ..

어육으로 붕어빵 만들기 (굴 어묵 붕어빵)

왜 이걸 하게 되었는지 저도 잘 모르겠지만... 붕어빵에 붕어가 안 들어가는 것에 대한 의문인지, 아니면 붕어빵 가격이 너무 올라서인지... 평소부터 어묵 만들어보고 싶어서인지... 아무튼 어묵용 어육 (어묵 반죽) 2kg와 붕어빵틀을 샀습니다. 어묵 반죽은 생각보다 저렴합니다. https://smartstore.naver.com/tyeomook/products/9053581178?NaPm=ct%3Dlovl8qk6%7Cci%3Dcheckout%7Ctr%3Dppc%7Ctrx%3Dnull%7Chk%3D8ea917057366054865acd6b7935c8e150d4c28cb 통영청정어묵 고급 수제 어묵 반죽 : 통영청정어묵 매일 smartstore.naver.com 어육 함량은 80% 이상으로 높은 편이고, ..

Food 2023.11.12

캠핑, 글램핑, 소고기, 돼지고기 숯불 구이

대학원생 때부터 연구실 선배와 매년 1~2번씩 캠핑장에 갔습니다. 예전엔 과천으로 가다가, 그 후에는 의왕 왕송저수지로 갔습니다. 올해 9월 말에 의왕으로 캠핑을 가려다가 코로나에 걸려서 못 갔습니다. 그때 결국 못 먹은 고기로 브리스킷 만들었고... 그런데 매번 고기를 너무 못 구워서 연기가 너무 심하게 나거나, 재가 묻어서 맛이 떨어졌습니다. 고기집에서 숯불에 구우면 딱히 재가 묻어서 맛이 떨어지거나 연기가 심하게 나는 일은 별로 없습니다. 이번에는 최대한 잘 구우려고 공부를 열심히 해서 갔습니다. 결과적으로 지금까지 중 제일 좋았습니다. 10월 말에 포천에 다녀왔습니다. https://kko.to/ecKnSKHoSd 메이플캠핑 경기 포천시 이동면 화동로 2236-25 map.kakao.com 시설이..

Food 2023.11.06

AMD B650-PLUS 하이닉스 DDR5 5600MHz 32GB*4 풀 뱅크 실패

이런저런 이유로 메모리가 많이 필요해서 32GB 4개를 구매했습니다. 주로 LINCS 데이터를 한 번에 메모리에 올리려는 이유로... 5600 MHz 짜리가 있는데, 다른 회사 제품들은 풀뱅크시 성능 하락이 크다고 해서 개당 5만 원 정도 더 비싼 하이닉스 제품을 샀는데 (하이닉스 DDR5 5600 MHz 32GB*4) 풀뱅크시 3800 MHz밖에 안 나오네요. 2개만 장착하면 5600 MHz로 잘 작동합니다. 바이오스에서 기본적으로 3600 MHz로 잡아서 수동으로 3800 MHz로 올렸습니다. 4000 MHz 이상으로 올리면 재부팅할 때 비프음이 3번 (메모리 에러) 울리고 부팅이 안됩니다. 배터리 제거하여 바이오스 초기화 한 후 다시 부팅했습니다. 개당 16만 원인데 다른 회사의 비슷한 클럭 제품들..

Computer 2023.09.29

추석과 코로나

지난 일요일 (9월 24일) 벌초 갔다가 돌아오고 좀 쉬다가 수요일에 캠핑 가려고 예약한 것이 있어서 월 화 수 3일 휴가를 냈는데 화요일 아침부터 기침이 나고 오후에 열이 나서 자가검산 키트로 검사를 해보니 양성이 뜨더군요. 결국 저는 캠핑에 못 가고, 같이 가기로 한 분 집으로 주문해 둔 고기는 그냥 알아서 드시라고 하고... 일부 고기는 제집에도 쌓여있지만... 저녁에는 열이 좀 났지만, 머리와 목에 물수건을 감고 자서 그런지 별로 아프진 않았습니다. 그다음 날부터 열은 별로 안 나지만, 목이 좀 아팠는데 식사를 하면 덜 아파졌습니다. 집에 먹을 게 남아돌고, 식욕도 딱히 없지 않아서 평소보다 좀 많이 먹었습니다. 당 섭취를 줄이려고 잘 안 먹던 건과일도 잔뜩 먹고... 그래도 체중은 좀 줄어들었네..

이야기 2023.09.29

돼지고기 스텐 프라이팬에서 안 달라붙고 기름 안 튀게 굽기

집에서 돼지고기를 구워 먹으면 기름이 튀고 연기가 많이 납니다. 기름이 튀는 것을 방지하는 여러 가지 방법이 있습니다. 종이 포일을 이용하거나, 그냥 오븐에 굽거나... 프라이팬에 직접 구울 때도 기름이 튀는 것을 최대한 방지하는 방법이 있습니다. 고기 표면의 수분을 최대한 제거하는 것입니다. 기름이 튀는 것은 고기의 수분과 기름이 만나서 생기는 일이니까 수분이 적으면 기름이 덜 튑니다. 고기의 수분을 제거할 때 가장 좋은 방법은 건조하는 것이지만, 시간이 너무 오래 걸립니다. 표면의 수분을 종이로 닦아내기만 해도 훨씬 기름이 덜 튑니다. 키친타월로도 가능하긴 하지만, 해동지가 흡수 능력이 매우 높으면서도 질기고 두툼해서 키친타월보다 더 적합합니다. 보통 참치 같은 생선의 수분을 닦을 때 쓰긴 하지만, ..

Food 2023.09.16

공심채 볶음 - 연성결, 몽테크리스토 백작

마트에 갔다가 공심채가 보여서 구매했습니다. 공심채를 보니 슬픈 이야기가 생각납니다. 일단 기름에 볶다가 굴소스를 넣고 볶았습니다. 저는 김용의 소설 연성결을 읽다가 공심채라는 채소를 알게 되었습니다. 속이 비어있는 볶아서 먹는 채소였는데, 주인공의 별명이 공심채였습니다. 주인공이 자주 멍하게 있자, 그의 사매이자 연인이 그에게 공심채라는 별명을 붙여주었습니다. 그리고... 주인공의 연인의 딸의 이름도 공심채입니다. 물론 그 딸은 주인공의 아이가 아닙니다. 이 소설의 플롯은 몽테크리스토 백작과 유사합니다. 음... 아래 내용은 시나리오를 포함하고 있습니다. 연성결이나 몽테크리스토 백작을 안 읽은 사람은 주의하시길... 주인공에겐 아름다운 연인이 있습니다. 그리고 그 연인을 빼앗으려는 어떤 남자에게 모함을..

이야기 2023.09.09

rdkit, obabel 3d conformer generation 비교

이전에 모종의 이유로 3d conformer를 만들 때 주로 openbabel을 사용했는데, 이제 rdkit으로 갈아타야겠습니다. NCGC00257649 COc1ccc(CCN2CCC(CC2)Nc2nc3ccccc3n2Cc2ccc(F)cc2)cc1 이렇게 생긴 분자를 obabel과 rdkit으로 3D conformer를 생성해 봤습니다. obabel -:"COc1ccc(CCN2CCC(CC2)Nc2nc3ccccc3n2Cc2ccc(F)cc2)cc1" -O g.pdb 보시는 것처럼 aromatic ring이 망가졌습니다. aromatic bond나 double bond로 연결된 원자들은 한 평면에 있어야 합니다만... bond order가 잘못 인식되었는지 저렇게 되어버리네요. SMILES를 다음처럼 Kekule..