Novelism

Hello World! 티스토리 블로그를 개설한지도 거의 1년이 다되어가는데, 설정 방법을 잘 몰라서 헤매고 있습니다. 방명록을 안 열어둔 것도 오늘에서야 알았네요. 글 자체에 대한 질문이나 코멘트는 이전처럼 글에 직접 달아주시고, 그 이외는 방명록에 남겨주세요. 공지사항도 오늘 처음 적는 것 같습니다. 원래는 방명록 열었다는 공지를 하려고 했는데, 1년쯤 늦은 블로그 개설 공지를 해야겠네요. 블로그를 개설했습니다. 신약개발 연구에 관심있는 분들, 컴퓨터를 좋아하시는 분들, 요리를 좋아하시는 분들, 음악을 좋아하시는 분들, 게임을 좋아하시는 분들 그 외 즐거움을 추구하는 분들 누구나 환영합니다. 주변에 컴퓨터/인공지능 활용 신약개발 분야에 대해 서로 이야기할 사람들이 없어서 블로그를 개설했습니다. 연구란..

저의 학문적 배경은 기초과학에 가깝습니다.저는 물리학을 전공했고, 세부 전공도 이론물리학, 그중에서도 계산과 시뮬레이션을 활용한 연구였습니다. 박사후연구원 시기부터는 조금 다른 연구를 했습니다. 보다 응용적인 연구, 혹은 기술적인 분야를 연구했습니다. 단백질 구조 예측, 인공지능을 이용한 다양한 예측 모델, 약물 디자인 등이 그 예입니다.다만 연구 주제가 기술적이었더라도, 저는 항상 원리를 탐구하는 접근을 추구했습니다. 예를 들어 제가 개발한 단백질 도메인 경계 예측 방법론은 “단백질의 도메인은 진화의 단위다”라는 원리에서 출발했습니다. 원리와 기술은 합리적으로 연결될 수 있다는 것이 저의 믿음입니다. 제가 학계 사람들과 이야기하다보면 보통 자연과학자들은 공학에 대해 이런 지적을 할 때가 많습니다. “..

FragDockRL 논문의 리비전을 업데이트 했습니다. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.08.12.670002v2 이번에 논문 리비전을 거치면서 논문 구성과 프로그램 코드를 완전히 재구성하였습니다. 일단 FragDock Framework 입니다. core 구조를 포함한 initial building block에서 출발하는 building block assembly와 tethered docking을 기반으로 만든 Framework입니다. 여기에 추가로 탐색방법들이 필요합니다. 기존의 FragDockRL 은 FragDock Framework 안의 하나의 method로 개편되었고, 탐색을 담당합니다. 그리고 그 외에도 Beam Search, MCTS, Ran..

이번 논문 리비전을 약 3개월 정도 진행하면서, 소스코드를 완전히 갈아엎고 논문의 기존 내용도 대부분 버린 뒤 새로 작성하게 되었습니다.솔직히 말하면, 저도 제가 왜 그렇게까지 했는지 잘 모르겠습니다. 리뷰어의 코멘트는 아마 일부 내용을 고치고 결과 데이터를 조금 더 보충하라는 뜻이었을지도 모릅니다. 그런데 막상 하나씩 고치다 보니, Method를 Framework으로 확장해야해서 코드의 확장성도 문제가 되었고, 논문의 흐름도 마음에 들지 않아, 결국 거의 처음부터 다시 만드는 수준이 되었습니다.지금까지 했던 연구 중에서 가장 많은 정성을 들인 작업이었습니다. 이번 리비전에서는 코드 리팩토링과 논문 작성 양쪽 모두에 ChatGPT를 적극적으로 활용했는데, 그 과정에서 느낀 점을 간단히 적어보려 합니다. ..

力學 Mechanics 역학의 역은 힘을 의미하는 한자로 변역됩니다. 그런데 역학은 운동방정식 (equation of motion) 을 다루는 학문 입니다. 운동이란 시간에 따른 변화이기에 시간에 대한 미분 형태로 주어집니다. 그리고 그 운동을 변화시키는 것이 힘이기에 힘을 다루는 학문이라고도 할 수 있습니다.힘과 운동의 관계 라고 보기도 합니다. Mechanics의 어원은 힘 이라기보다는 기계에 가깝지만... 기계는 어떠한 원리와 규칙대로 움직이는 장치 라는 의미이니 힘을 다루는 학문이라기보다는 원리를 다루는 학문이라고 해석하는게 타당할 것입니다. 사실 저는 易學 이라고 부르고 싶습니다만... 왜냐하면 힘은 운동을 설명하기 위해 도입한 개념이고, 사실 더 중요한 것은 운동 그 자체이니까요. 예를들어 아..

저는 모르는 것이 너무 많습니다. 내가 모르면 답을 알 것 같은 남에게 물어보고 싶어 집니다. 그런데, 남에게 물어봐서 아는 것과 스스로 아는 것은 많이 다릅니다. 내가 모르는 것을 누군가가 명쾌히 설명해 준다고 해서, 그래서 알 것 같다는 느낌이 들었다고 해서 내가 진짜로 아는 것일까... 이것에 대해서 의심을 해봐야 합니다. 누군가는 아마도 그럼 내가 그것을 다시 설명할 수 있다면 아는 거 아닐까라고 생각할 것입니다. 그런데, 남이 가르쳐준 것을 그대로 외워서 답하는 것은 그냥 따라 하는 것입니다. 소위 이런 말이 있죠. "유튜브 보고 공부해라. " 그건 남의 지식이고 남의 논리입니다. 그게 맞다는 보장이 어디 있습니까? 어떤 주장에 대한 근거조차 누군가가 말해준 것을 그대로 답한다면 ..