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AutoDock Vina 2

pdbqt 파일 설명

pdbqt 는 Autodock 계열 docking 프로그램 (Autodock, Autodock Vina, Quick vina Smina 등) 에서 사용하는 파일 포멧입니다. 기본적으로 pdb와 유사합니다. 아스피린에 대해서 pdb와 pdbqt 파일을 비교해보겠습니다. 아스피린의 SMILES O=C(C)Oc1ccccc1C(=O)O 입니다. obabel로 3d 구조를 생성해봅시다. $ obabel -:'O=C(C)Oc1ccccc1C(=O)O' -O a.pdb --gen3d $ cat a.py COMPND UNNAMED AUTHOR GENERATED BY OPEN BABEL 3.1.0 HETATM 1 O UNL 1 2.800 -1.310 -0.132 1.00 0.00 O HETATM 2 C UNL 1 2.32..

카테고리 없음 2021.05.11

AutoDock Vina 및 변종 사용법

(추가) AutoDock Vina에서 사용하는 pdbqt 확장자에 대한 설명은 다음 글을 참고하세요. novelism.tistory.com/32 (추가) GUI를 이용한 도킹이나 실행 예제는 https://novelism.tistory.com/259 https://novelism.tistory.com/260 https://novelism.tistory.com/261 를 참고하세요. protein ligand docking 이란? 도킹 시뮬레이션의 1차적인 목표는 단백질-리간드의 결합 구조의 탐색 입니다. 결합 구조를 바꿔가면서 에너지 (혹은 스코어)를 계산해서 에너지가 최소화 되는 구조를 탐색하는 것입니다. 에너지 모델을 사용하니 결합 에너지 (다른 표현으로 binding free energy, 결합력,..

Drug/Computer-Aided Drug Discovery 2021.02.28
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안전교육 만화, 검보 요리, /dev/nvidia0: no such file or directory, hot dog days, AutoDock Vina, 핫도그 데이, 인공지능 신약개발, 복날, 인공지능 신약개발 회사, 포도주스, 캐이준 요리, 기름 안튀게 고기 굽기, 핫도그, 뭉티기 양념장, 단백질 구조 예측, 뭉티기 양념장 만들기, Protein, 양다리, Enrichment Factor, 볶음밥,

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