Novelism

운과 실력

저는 자신이 재수가 없다고 생각합니다. 그런 소리 많이 들은 것 같습니다. 대체로 잘 되는 일은 얼마 없었네요. 운에 기대서 성공한 일도 없고요. 운과 실력은 뭐가 다른것일까요? 어떤 사람은 운도 실력이다.라고 말을 합니다만... 그렇게 생각해도 되는 것일까요? 아마도 통념적으로 꾸준히 작용할 수 있는 것이 실력일 것입니다. 꾸준히 운이 좋다면 그것도 실력이라고 인정하겠지만, 우연히 요행이 일어난 일이 지속되지 않는다면 그저 운 이겠죠. 좋은 운은 오래 지속되지 않는다.라는 가정에서의 이야기입니다만... 반대로 나쁜 운도 오래 지속된다면 그것은 실력이 나쁘다.라고 해석할 수 있는 걸까요? 그렇게 보면 저는 실력이 없는 것이 맞습니다. 그런데 올해 상반기에 운이 좀 좋았습니다. 그래서 저는 궁금..

FragDockRL

오랜만에 논문을 썼습니다.마지막 논문이 2019년도였으니 한참 전이네요. 그동안 회사 다니면서 딱히 논문을 써야 할 필요가 없어서 잘 쓰지 않고 있었습니다.뭐 정부 과제 실적을 위해서 쓰라고 강요하는 사람들이 있긴 했지만, 제가 납득할만한 논문이 될만한 연구는 아니었습니다. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.08.12.670002v1 https://github.com/novelism/FragDockRL GitHub - novelism/FragDockRL: Licensed under a Custom Non-Commercial License. Commercial use requires permission.Licensed under a Custom Non-C..

SMINA를 이용한 tethered docking

vina 계열 도킹 프로그램은 여러 가지가 있습니다. 순정 AutoDockVina 도 있지만, 가장 빠른 qvina 라든가, 사용성이 개선된 smina도 많이 사용됩니다. 이들은 분자의 rotatable bond와 그렇지 않은 본드들을 통해서, 회전할 수 있는 영역과, 한 평면에 위치하는 영역을 구분합니다. 그리고 한 평면에 위치하는 것들은 강체 조각처럼 취급하고 (bond, angle 변화 없는) 회전가능한 영역들에 대해서 torsion 탐색을 합니다. smina 는 flexible side chains docking을 지원합니다. 물론 vina 도 지원합니다. 이것은 flex 옵션으로 들어간 pdbqt에 대해, root로 지정된 조각을 고정시키고 나머지들을 회전시키는 방식으로 구현됩니다. 원래는 여..

신약개발 책에서 감명 깊게 읽은 문장이 있습니다.링컨의 명언이었는데, 나무를 베는데 8시간이 주어진다면 그중 6시간은 도끼를 가는데 쓸 것이다. 라는 말이었습니다. 인터넷 찾아보니 6시간-4시간, 1시간-45분 등으로 다양하네요... 원문이 몇시간인지 모르겠습니다. 네. 현실적이고 훌륭한 말입니다. 근데 말입니다. 일단 저에게 골치아픈 일을 하라고 8시간이 주어진다면 그중 6시간은 맨탈이 나가서 방황하다가 결국 2시간동안 일할 것입니다. 지금이 바로 그렇습니다. 그래서 바쁜데 이런 글을 쓰고 있는 것입니다. 과도한 부담이 주어지면 일이 손에 잡히지 않네요. ㅠㅠ

어제는 중복이었습니다. 점심에 닭을 구웠습니다. 하루 전에 염지를 했습니다. 동남아산 닭 2kg입니다. 반은 소금구이, 반은 간장 양념구이를 만들 겁니다. 일단 소금물에서 3시간 염지를 했습니다.갈아만든 배하고 후추하고 로즈마리도 좀 넣었습니다. 그리고 간장 양념을 만들었습니다.간장 구이라고 해도 단맛이 빠지면 뭔가 너무 자극적인 간장맛만 납니다. 갈아만든 배와 설탕 조금(1숟가락 정도)을 넣었습니다. 간장, 굴소스를 섞어서 사용했습니다. 후추, 로즈마리, 타임을 넣었습니다.양파가루와 생강 가루를 조금 넣었습니다.마늘이나 마늘가루는 하루정도 재워두면 숙성되는 냄새(장아찌 냄새 같은)가 너무 강해서 이번에는 사용하지 않았습니다. 대충 아무 술이나 좀 넣었습니다. 냉장고에 스테이크 소스가 있길래 그것도 ..

내일은 초복입니다. 저에게 복날은 핫도그 먹는 날입니다. 도그데이니까... 내일은 아마도 핫도그 사러 맥도널드 갈 겁니다. 치킨도 먹으려고 양념 재웠습니다.라라라 라바치치치 치킨스티브의 용암 치킨 먹고 싶네요. 요즘 브라질 조류독감 (AI) 때문에 닭다리살 수입이 중단되어 가격이 많이 올랐습니다. ㅠㅠ 그래도 팔던데... 예전에 수입한 물량인지 조류독감이 퍼지지 않은 지역에서 수입한 건지 모르겠네요. 그냥 동남아 물건으로 주문해봤습니다. 2kg에 9조각이네요. 전에 주문한 브라질 닭은 6~7조각이었는데... 그동안 닭 요리를 많이 시도해봤는데, 어떻게 익히냐 보다 양념이나 염지가 더 중요한 것 같습니다. 양념 없이 소금간만 하고 프라이팬이나 오븐에 구웠을 때 영 별로였는데 제육 비슷한 양..

만약 인생을 다시 시작할 수 있다면, 시행착오와 실패와 고난을 인생에서 지우고 성공만 남는 삶으로 바꿀 수 있다면, 그래도 정답이 아닌 삶을 살겠습니다. 실패로부터만 배울 수 있는 게 있습니다. 성공하지 않았기에 지금의 자신이 있습니다. 좋은 선생은 많은 실패를 경험하고 그 실패를 가르칠 수 있는 사람이라 생각합니다. 성공만 한 사람이 다른 사람에게 무엇을 가르칠 수 있을까요. 저는 지금의 자신이 그리 못난 사람이라고 생각하지 않습니다. 제 지도교수님은 저에게 도전하고 부딪히고 깨지라고 가르쳤습니다. 그래야 배울 수 있으니까요. 지극히 물리학적인 관점입니다. 우리가 무언가를 보고 측정하는 행동은 "상호작용"이지 일방적으로 정보를 얻는 것이 아닙니다. (그런 관점이 이어지면 하이젠베르크의..

이전 글들입니다.https://novelism.tistory.com/436https://novelism.tistory.com/438 열심히 길렀습니다. 드디어 높이, 갓 지름이 20cm 이 되었습니다. 느타리 버섯은 그냥 잘 기르면 크게 자라기 때문에 고작 이 정도 가지고 엄청 크다고 하면 좀 허풍일 수도 있지만...검색해 보니 이 정도 사이즈 사진이 안 보여서 그냥 크다고 했습니다. 저는 예전에 자연산 팔뚝만 한 사이즈를 본 적이 있습니다. (참고로 큰느타리 는 새송이버섯의 종명이라 혼동할 여지가 있지만, 제가 기른 건 느타리 버섯 입니다. ) 더 기를지 그냥 수확할지 고민되네요. 도중에 말라죽으면 안되는데... 후기: 버섯 수확해서 먹었는데 좀 쓴맛이 나네요. ㅠㅠ

글을 쓰면 쓸수록 쓰기가 어려워집니다.  그냥 생각대로 그냥 쓸 순 있습니다. 하지만 잘못된 정보나 편견을 가지고 글을 쓰는 것이 우려됩니다.   그냥 충동적으로 통쾌하게 하고 싶은 말을 나열할 수 있지만, 그것은 제가 추구하는 글이 아닙니다.   그래서 요리 사진이나 많이 올리고 있습니다.    글 하나 쓰다가 도입부가 마음에 안 들어서 지웠습니다. 그냥.. 도입부 없이 뜬금 없이 하고싶은 말만 나열하겠습니다... 우리는 전체를 봐야 합니다.우리가 하나의 현상에 대해서 서로 상반되는 많은 관찰 데이터를 얻게 되는 경우가 있습니다. 이것은 장님이 코끼리를 만지는 것과 비슷합니다. 코끼리는 거기 있습니다. 문제는 우리가 어디를 보고 있는가입니다.서로 다른 부분을 보면 관찰된 사실들 사이에 불일치가 생겨납니..

최근 롯데마트에서 척아이롤 하고 부채살을 50% 할인했습니다. 그래서 사 왔습니다. 척아이롤은 목심에 가까운 부위는 질기기 때문에 구이용으로는 부적합하고 등심에 가까운 부위가 더 부드러워서 구이용으로 적합합니다. (어째 옛날에 척아이롤 먹다 보면 언제는 부드럽고 언제는 질겨서 이 부위는 대체 뭔가 했는데...) 잘린 단면에서 살치살이 사선방향으로 마블링이 보이는 것이 등심에 가까운 부위입니다.  사람들이 대부분 등심 쪽을 선호하다 보니 마트에서 해당 기준에 맞는 것이 잘 보이지 않고, 있더라도 한팩 안에 등심, 목심이 섞여있는 경우가 많습니다.  이번에는 고기를 갈아서 햄버거로 만들거라 어느 걸 사도 상관없었습니다.  근데 마블링 엄청난 와규도 100g에 5천 원 아래로 할인해서 파는 걸 보고 호기심에 ..