Novelism

오늘은 2월 14일 발렌타인 마시는 날입니다. 저는 술에 약해서 많이 못 마시고 1/3잔 정도 마십니다. 이걸 대학원생 때부터 마셨으니 10년이 넘었네요. 전문연구요원으로 훈련소에 갔다 퇴소하는 기념으로 뜯었는데... 무슨 나무 옷장이나 신발장 같은 냄새 같은 게 나서 잘 못 마시겠더라고요. 오크나무통으로 숙성해서 나무냄새나는 거니까 틀린 건 아니지만... 아무튼 그 후로 2월 14일이 발렌타인데이라 하니 기념으로 마시고 있습니다. 술한병을 10년 넘게 마시는 이야기입니다.

갈비를 샀습니다. 왜 샀을까요... 갈비탕 만들려고 산 것인지, 냉면 만들려고 산 것인지 잘 기억이 안 납니다. 문제는 그게 족발과 같은 날에 도착했다는 것이죠... 족발은 저번주에 주문했는데 너무 늦게 왔습니다. 아무리 그래도 하루에 족발 갈비탕 냉면을 다 만들 순 없으니까 순차적으로 만들었습니다. 족발 : https://novelism.co.kr/387 냉면: https://novelism.co.kr/388 아무튼 사진 재활용 같지만... 고기 손질하고 한번 데친 후에 무하고 양파 마늘 넣고 새로 삶습니다. 고기만 가지고 육수를 내면 좀 맛이 약합니다. 물을 조금 넣으면 되긴 하지만, 그러면 양이 너무 적고... 미원이나 다시다 넣어도 됩니다만... 그래서 마른 멸치 구운 것과 마른 새우 구운 것, ..

냉면은 추운 겨울에 만들어야 잘 만들어집니다. 고기 삶아 육수 만들고 동치미 하고 섞어서 냉면을 만들었습니다. 호주산 갈비 원육 2.2kg입니다. 꽃갈비(6,7,8) 보다 더 아래에 있는 9,10,11...입니다. 보통 양지를 쓰지만 그냥 싸게 파는 갈비가 있어서 이걸로 골랐습니다. 가격은 kg당 14000원대였습니다. 다른 것보다 압도적으로 저렴했습니다. 기름이 좀 노란색이긴 하지만 나오지만, 딱히 이상한 냄새는 나지 않았습니다. 기름 색은 사료에 따라 달라지는 것 같습니다. 지방이 많고 통으로 넣으면 냄비에 잘 안 들어가서 손질을 좀 했습니다. 물에 담가서 핏물을 뺐습니다. 굳이 안 해도 상관없고, 너무 오래 담그면 맛도 빠져버리는 것 같습니다. 아무리 핏물을 빼도 어차피 삶으면 엄청 나옵니다. 그냥..

무슨 이유에서인지 족발을 만들어보고 싶었습니다. 스페인산 발 없는 돼지 족발을 구매했습니다. 냉동이라 하루정도 녹였습니다. 다 녹으면 대충 2시간 정도 물에 담가서 핏물을 뺍니다. 피가 별로 나오진 않았습니다. 새로 물을 받아서 초벌로 한 20분 정도 삶습니다. 찬물에 넣고 삶아도 되고 물을 먼저 끓인 후 넣어도 됩니다. 통후추 하고 월계수 잎, 싸고 도수 높은 술을 함께 넣고 끓입니다. 삶다 보면 일반 돼지고기에 비해 냄새가 많이 납니다. 대충 뼈, 발 쪽에서 냄새가 나는 것 같습니다. 삶은 후 물을 버리고 고기나 냄비나 씻어줍니다. 향신료와 양념을 넣은 물에 삶습니다. 저는 향신료채로 삶기 싫어서 미리 향신료만 끓여서 우려낸 후 그 물을 넣었습니다. 향신료를 좀 많이 쓰긴 했습니다. 펜넬(회향), 팔..

일단 굴진짬뽕부터 먹고 시작합니다. 재료 굴 500 g 이번에 산 것은 사이즈가 작은데 맛과 신선도가 좋네요. 국에 넣어야 하는데 주워 먹어버렸습니다. 매생이 1 재기 마늘 7 개 참기름 3 큰술 굴소스 3 큰술 김장용 새우 2^3 cm 물 250mL 매생이도 해초인지라 살짝 비린 냄새가 있습니다. 해산물 비린내는 보통 참기름으로 해결할 수 있습니다. 특히 낙지에 효과가 좋습니다. 매생이는 물에 담가서 잘 씻어서 체에 걸러줍니다. 이물질이 들어있는 경우가 많으니 몇 번씩 반복하면서 꼼꼼히 제거합니다. 겨울이라 물이 차갑네요. 참기름에 마늘을 대충 부셔 넣고 볶습니다. 살짝 볶다가 매생이를 넣습니다. 매생이는 덜 익으면 비린내가 나니까 색이 연해질 때까지 충분히 볶습니다. 적당히 볶아지면 굴소스를 넣습니다..

햄버거 국밥... 그건 대체 뭘까요? 햄버거 맛이 나는 국밥이라고 생각합니다. 그냥 고기를 굽다가 햄버거 소스 재료를 넣고 삶으면 되지 않을까 했습니다. 글세요... 햄버거맛이 뭐더라... 대체 뭘 만들고 싶었던걸까... 고기가 좀 큽니다. 척아이롤 6.4kg입니다. 오븐에서 저온으로 2시간 정도 구웠습니다. 아무튼 크리스마스였으니까 고기는 적당히 잘라먹었습니다. 남은 고기는 삶았습니다. 양배추 한 통, 양파 2개, 각종 향신료 잔뜩, 토마토 주스 한 컵 정도? 고기를 건져내고 국물을 걸러줍니다. 음... 뭐 삶은 소고기 먹을만합니다. 채소의 성분이 부족한 것 같아서 콩과 당근을 넣고 더 끓였습니다. 대충 밥 말아서 먹어보긴 했는데, 먹을 순 있는 맛이지만 딱히 맛있는 건 아니었습니다. 라면 수프 넣으면..

Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) 는 천여개의 Cancer Cell line에 대해 copy number, sormatic mutation, expression 등을 수록한 데이터베이스 입니다. 지금은 DepMap (Dependency Map) 과 통합되었고, DepMap portal을 통해서 제공됩니다. DepMap은 Cancer Cell line의 gene knockout/knockdown 에 대한 세포 생장 변화 여부를 수록한 데이터베이스 입니다. 최신 공개 버전은 23Q4 입니다. https://depmap.org/portal/download/all/ 포털에서 데이터를 그래프로 볼 수도 있고 다운로드를 할 수도 있습니다. protein coding genes에 대한..

이전 글 ( https://novelism.tistory.com/381 )에서 언급한 gene symbol과 entrez ID 를 변환하는 코드 예시입니다. DB를 배포할 때, 서로 중복될 여지가 있는 gene symbol 말고도 풀네임이나 ID 를 함께 배포하면 좋겠습니다만, 그렇지 못한 경우가 여럿 있습니다. 일단 저는 정보를 추출할 때 다음 2개의 파일을 사용합니다. 하나는 HGNC이고, 다른것은 NCBI gene info 입니다. HGNC는 당연히 HGNC symbol 이 기준이고, NCBI는 entrez id 가 기준입니다. https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/genenames/hgnc/tsv/hgnc_complete_set.txt https://ftp.ncbi.nl..

삶의 두께는 종이 한 장 정도인 것 같습니다. 모든 것을 해낼 수 있을 것 같다가 잠시 후엔 아무것도 이룬 것이 없는 것처럼 느껴집니다. 모든 것이 너무 쉽게 변합니다. 한때 인생을 걸었던 일이 시간이 지나면 사소한 일이 되어버립니다. 변하는 것은 나쁜 것이 아닙니다. 변화 없이는 나아지는 것도 없으니까요. 그게 타락인지, 깨우침인지 저는 모릅니다. 무엇이 옳은지 그른지, 어떤 것이 나은 선택이었는지 누가 알겠습니까? 삶은 흐르는 물결에 떠내려가는 잎사귀 같은 것이기도 하고, 바람에 날려가는 솜털 같기도 합니다. 제가 느끼기에 인생을 결정하는 것 중 시대의 흐름과 우연이 50% 이상인 것 같습니다. 자신의 성공에 교만할 것 없고 실패에 체념할 것 없습니다. 삶은 누구의 기량이 높은지 평가하는 스포츠가 아..

보통 bioinformatics라고 하면 주로 DNA, RNA에 대한 연구를 생각합니다. 저는 단백질 구조예측으로 단백질 서열-구조-기능-진화에 대한 연구에서 시작하였습니다. 관련 분야중에는 단백질체학이라는 분야도 있지만, 개개의 단백질에 대해 보는 것이 아니라 단백질체로 분석하기에 차이가 있습니다. 단백질 구조에 대한 연구는 물리화학이나 생물물리학적인 접근방법도 있지만, 저는 bioinfomatics에 가까운 방향으로 연구를 했습니다. 다양한 서열정보를 활용한다는 점에서 그렇습니다. 그동안 단백질 구조와 관련된 약물 탐색 관련 일을 했지만, 원래는 유전체 관련 연구를 하고 싶었습니다. 고등과학원을 그만두면서 유전체 분석 예비 전문가 과정 교육을 받기도 했고, 후에 회사로 갈 때도 유전체에 대한 연구를 ..