Novelism

https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jcim.1c00203 AutoDock Vina 1.2.0: New Docking Methods, Expanded Force Field, and Python Bindings AutoDock Vina is arguably one of the fastest and most widely used open-source programs for molecular docking. However, compared to other programs in the AutoDock Suite, it lacks support for modeling specific features such as macrocycles or explicit water m pu..

어느 날 버스를 타다가 라디오에서 음악소리를 들었습니다. 뭔가 그리운 감정이 느껴지는 훌륭한 기타 연주였습니다. 그 연주를 듣고 갑자기 이 곡의 제목을 모르면 안 될 것 같은 조바심이 생겼습니다. 만약 내가 이 곡이 무엇인지 모른다면 평생 후회하며 찾아다닐 것 같다는 생각이 들었을 정도로 훌륭한 연주였습니다. 다행히도 노래가 시작되고 바로 알았습니다. 로니 제임스 디오의 노래가 들렸습니다. 그렇다면 이 밴드는 레인보우이고, 이 기타 연주는 리치 블랙모어인가... 그 전에도 리치 블랙모어의 연주는 들어본 적은 있어서 거기까지 알게되니까 기치 블랙모어의 스타일이라는 느낌이 바로 들더라고요. 상당히 섬세하고 서정적인 연주이고 뭔가 들으면 그리움이 듭니다. 기억 어딘가에 새겨진 추억을 자극하는 듯한 연주입니다...

오늘은 검보를 만들었습니다. (검보만 만든 게 아니라, 차슈도 만들고, 새우도 구워 먹고, 라멘도 끓여먹었습니다. ) 검보에 대한 이야기를 하려면 제가 뉴올리언스에 다녀온 이야기부터 시작해야겠군요. 검보는 미국 뉴올리언스 요리로, 부대찌개, 카레와 유사한 맛이 나는 국밥=소울푸드 입니다. 예전에 학회 때문에 뉴올리언스에 한번 다녀온적이 있습니다. 가기 전에 노래방에 가서 뉴올리언스 노래를 열심히 불렀습니다. 척 베리의 Johnny b goode, 뉴올리언스 민요 The house of rising sun, 루이스 암스트롱의 what a wonderful world 등 저는 여행 안좋아하고 비행기 타는 것도 싫어합니다. 집에서 멀리 떠나면 아픕니다. 비행기 괴롭습니다. 이코노미 증후군 걸릴 거 같습니다. ..

차슈를 만듭니다. 중국식 말고 일본 라멘에 들어가는 스타일입니다. 1. 각종 채소(양파, 마늘, 파, 생강)와 향신료 (후추, 정향, 팔각, 펜넬, 월계수 잎, 코리엔더, 산초 등)를 물에 넣고 끓이다가, 채소가 충분히 무르면 건더기를 건져내고 물을 간장과 섞어줍니다. 2. 돼지 삼겹살을 끓는물에 넣고 10분 정도 초벌로 삶아줍니다. 삶은 후에 컨벡션 오븐에서 10분간 양면을 구워줍니다. 3. 1의 국물과 맥주 1L을 손에 붓고 삼겹살을 삶아줍니다. 단맛을 좀 내기 위해서 생강 설탕 절임 같은 것을 넣어줬습니다. 초반엔 국물의 향이 별로 좋지 않게 느껴질 수도 있으나(저는 팔각을 싫어합니다. 양조간장 향이 너무 강합니다. 맥주 냄새납니다.) 다 삶은 후에는 좀 튀는 냄새는 거의 사라집니다. 저는 1시간 ..

한 사람은 다른 사람의 마음을 직접 볼 수 없습니다. 어디 인간뿐이겠습니까? 우리는 다른 존재가 있다는 것을 측정(상호작용)이라는 행위를 통해서만 알 뿐 직접 보는 것이 아닙니다. 그래도 우리는 타인의 마음을 알 수 있다고 느낍니다. 그것은 인간에게 동감 능력이 있기 때문입니다. 동감 능력은 초자연적인 것도, 영적 능력도 아니 닙니다. 도덕감정론의 저자 애덤 스미스의 견해에서 동감은 타인이 처한 상황을 자신이 겪는다고 상상함으로써, 그 사람이 느낄 감정을 이해하고, 자신도 그 감정을 느끼는 것입니다. 이중에서도 특히 그 감정을 느끼는 현상은 매우 신기하고도 중요한 것입니다. 사람들이 동감 능력이 부족한 사람에 대해서 얼마나 두려워하는지 생각해보면 동감 능력이 얼마나 중요한지 알 수 있습니다. 윤리 의식은..

최근에 아는 분이 식도부터 위, 십이지장까지 궤양 때문에 고생하신다고 하시길래 관심이 생겨서 의약 화학책에서 항궤양제 부분을 공부하고 있습니다. 그냥 흔하다고 생각해서 큰 병이 아니라고 생각했는데, 1960년대까지만 해도 효과적인 약물이 없어서 천공성 궤양으로 사망한 사람들도 있다고 합니다. 스트레스, 음주, 식습관이 중요한 원인이라 추측하지만 분명한 증거가 없고, 증거가 알려진 원인은 비 스테로이드성 항염증제(NSAIDS)와 (요구르트 광고 때문에 좀 유명한) 헬리코박터 파이로리입니다. 현대인 중에 스트레스 안 받는 사람이 얼마나 되겠습니까? 속 편한 사람이 얼마나 될지 원... 잡소리는 그만하고,항궤양제 중, 책에서 소개한 H2 길항제를 개발한 이야기가 정말 경이롭습니다. 보통 신약개발은, 타깃 질환..

예전에 단백질 구조예측하던 시기에, 동료들 사이에서 CASP에 대해서 회의적인 의견들이 있었습니다. 참가 그룹들이 CASP에서 구조예측을 잘했지만, 정작 공개된 메서드 롤 돌려서 그 정도 결과가 나오지 않는다는 것, 기술 개발만 하는데, 정작 그 기술을 사용해서 정말로 다른 연구자들에게 도움이 되는가, 그리고 당시(co-evoluation 기반 예측이 나오면서 성능이 향상되기 전)에 기술 향상이 지지부진해서 대회를 지속하는 의미가 있는지 같은 이야기였습니다. 그때 나온 이야기 중 하나는, 실험 구조를 protein data bank에서 공유하는 것처럼, 차라리 구조 예측을 하는 사람들이 미리 인간 단백질이나 기타 주요 단백질들 대한 구조를 예측해서 data bank를 만든다면 도움이 많이 될 것이라는 이..

솔직히 스타트업에 다닌 지 2년 조금 넘은 제가 이런 말을 할 자격이 있는지 모르겠지만, 그냥 제 생각을 이야기하고자 합니다. (사람은 2년 만에 꼰대가 되는 거죠.) 저도 창업을 결심한 적도 있고, 구직자 입장에서도, 구인자 입장에서도 어떤 사람이 회사에 필요할까에 대해 많이 고민했습니다. 저는 지금은 제가 일하는 분야에서 상당히 경력이 맞는 사람이 되어 있지만, 당연히 다른 분야에선 아무것도 모르는 사람, 별로 끌리지 않는 사람, 왜 지원했는지 모를 사람입니다. 사실 단백질 구조 예측 분야를 떠났을 때, 차라리 다른 분야로 가볼까 해서 상당히 다른 쪽에 지원해보기도 했습니다. 뭐 지원하고 면접 봤던 회사 분들께는 미안하지만, 그냥 서로 알아보자는 생각으로 지원한 것 뿐이고 굳이 꼭 들어가겠다 같은 생..

탕수육의 취향은 심하게 호불호가 나뉜다고 합니다만... 저는 탕수육 소스를 싫어합니다. 단 소스를 별로 안 좋아합니다. 중국식당 꿔바로우는 생강+간장+식초 소스에 볶아주는 듯... 짠맛 좋습니다. 탕수육은 짬뽕에 찍어먹습니다. 가난한 대학원생 시절... 탕수육을 주문하면서 짬뽕 국물을 달라고 했더니 주셨던 것 같습니다. 지금은 없어졌을텐데... 저 중국집은 잡채밥이 맛있었습니다. 채 썬 고기를 탕수육처럼 썰어서 잡채밥 위에 얹어줬는데... 탕수육은 짬뽕에 찍어먹어야 제맛입니다. 탕수육 짬뽕 이라는 탕수육 넣어주는 짬뽕 메뉴가 있는 식당도 있습니다.

예전에 학교에 있던 나무입니다. 연리지는 두 나무가 서로 연결된 것을 말하는데, 이건 자신에게서 나온 가지가 자신에게 다시 파고들었습니다. 자신을 과도하게 사랑한 것인가... 애석하게도 지금은 저 공간을 다른 용도로 사용하게 되면서 없어져버렸네요.