Novelism

openbabel 은 무료로 사용할 수 있는 cheminfomatics tool입니다. docking 시뮬레이션을 하는 사람들이 많이 사용합니다. 명령어(obabel 및 ob 로 시작하는 여러 실행 파일들)로 사용할 수도 있고, python 모듈로도 사용할 수 있습니다. rdkit과 유사한 점이 많지만, 기능은 obabel 이 조금 더 많은 것 같고, python 인터페이스에서 사용하기엔 obabel이 조금 더 불편합니다. 그래도 바로 콘솔 창에서 실행 가능해서 더 편리할 때도 있습니다. 주로 사용하는 기능은 분자가 주어진 pH 상태에서의 protonation state를 예측해주거나, 중성화해버립니다. 분자의 3D 구조를 탐색합니다. 구조에 대해서 간단한 에너지 계산을 합니다. 다양한 분자 파일포멧을 ..

요즘 새우 철입니다. 올해는 평소보다 새우 가격이 내렸습니다. 사이즈별로 차이가 많이 나지만, 쿠폰까지 쓰면 1kg에 13000원 정도에 파는 곳도 있습니다. 새우 3kg 사서 찌고, 간장 새우장 만들고, 검보에 넣고... 여러 가지 했습니다. 하는 김에 자주 이용하는 온라인 쇼핑몰에서 광어 다시마 숙성회와 홍합 5kg와 꼬막 2kg를 샀습니다. 샀다는 사실을 자주 잊어버립니다. 오늘도 고기+해물 냉면 해 먹으려고 냉장고 열었다가 회가 있는 걸 보고 회덮밥으로 바꿨습니다. 내일 점심은 고기+해물 냉면, 국밥, 검보, 짜장면 중에 무엇이 될지... 다 넣어서 덮밥을 만들었습니다. 간장새우는 담근 지 1일밖에 안돼서 그냥 찐 새우를 넣었습니다. 양념장은 뭉티기 장입니다. 뭉티기 장은 고춧가루, 마늘, 참기름..

이번엔 호박고구마로 했습니다. 묵은 고구마라 싹도 나고 품질이 영 안 좋긴 한데... 어쨌건 있으니까 뭘 해서라도 먹어야하니까요. 고구마를 갈아서 전을 만들 때 믹서에 갈면 안 되고 강판에 갈아야 합니다. 믹서에 갈면 입자가 너무 굵어서 심하게 망합니다. 고성능 믹서에 하면 될지도 모르겠지만... 프라이팬에 그대로 부워버렸습니다. 뭉쳐준 후에 프라이팬에 올리는 게 나을 것 같은데, 이렇게 해도 뒤집개로 적당히 때려주면 모양 잡힙니다. 크면 뒤집기 참 힘듭니다. 그냥 뒤집기 쉽게 작게 만드는게 좋습니다.

홍합 5kg를 샀습니다. 깨끗이 씻고 삶아서 살만 발라냈습니다. 살 2통, 육수 4통 나왔습니다. 육수는 라면이나 찌개 끓일 때 사용하면 좋습니다. 그냥 마셔도 맛있습니다. 냉장고에서 1주일 정도 두면 맛이 변해버립니다. 그 이상 보관하려면 냉동하거나 밀봉해야 합니다. 홍합 5kg 면 한 솥 가득 들어갑니다. 삶다 보면 껍질이 벌어져서 넘쳐 나올 수도 있습니다. 배송받아보니 껍데기가 작은 것들이 많았는데, 살이 꽉 차있어서 괜찮았습니다. 홍합은 너무 오래 삶으면 푸석푸석해집니다. 적당히 삶는 것이 맛있습니다. 하지만 덜 익으면 먹고 탈 날까 봐 겁납니다. 조개 칼로 깠는데 너무 많아서 다 까는데 2시간 정도 걸렸습니다. 손으로 만지면 뜨거워서 다른 냄비에 건져서 식히면서 깠습니다. 내일은 꼬막 2kg를 ..

약물의 타깃은 단백질인 경우가 많지만, 핵산, 지질, 탄수화물이 타깃인 경우도 있다고 합니다. 단백질도 효소, 수용체, 운반 단백질, 구조 단백질 등 기능에 따라서 여러 종류로 구분할 수 있습니다. 효소란 촉매 기능을 하는 단백질입니다. 효소를 타깃으로 하는 약물은 효소 억제제 (inhibitor)입니다. 효소 억제제는 활성부위에 결합하여, 기질의 결합을 막는 경쟁적 억제제 (competitive inhibitor)도 있고, 활성부위 이외의 부위에 결합하지만, 활성부위의 구조를 변화시켜 기질이 결합하기 어렵게 막는 allosteric inhibitor 도 있습니다. 약물 중에는 단백질과 covalent bond를 일으켜서 반영구적으로 붙어버리는 (covalent drug) 비가역적 억제제도 있습니다. 의..

백질 구조 기반 약물 가상 탐색: 1. 서론 https://novelism.tistory.com/116 서론에 이어서 단백질 구조 및 Cheminformatics로 ACE inhibitor (억제제)를 탐색하는 예시를 보여드리겠습니다. 고혈압 치료제로 사용하는 ACE억제제에 대한 포스팅은 이전 글을 참고하세요. https://novelism.tistory.com/108 제가 구조기반 약물 탐색에서 하는 일은 3가지입니다. 단백질-약물 결합에서 중요한 결합기를 찾고, 해당 결합기를 가지는 약물들을 탐색합니다. docking을 통해서 약이 결합 위치에 들어갈 수 있는지 시뮬레이션하고, 중요하다고 생각한 결합기가 docking 결과 실제 예상한 위치에 있는지 확인합니다. 일단 이것은 예제이기에 분석과 분자 탐..

vi (vim) 에디터는 가볍고, 다양한 기능이 있어서 리눅스에서 많이 사용됩니다. 요즘은 다른 에디터를 사용하는 사람도 많지만... 제가 사용하고 있는 vimrc 설정입니다. ~/$HOME/.vimrc 파일에 저장하면 vim을 실행할 때마다 반영되고, vi 를 열고 :를 치고 한 줄씩 입력할 수도 있습니다. vim에서 " 는 주석처리 입니다. set paste를 사용할 경우 다른 옵션과 충돌하는 경우가 있어서 사용할 때만 set paste를 직접 입력해주고 있습니다. 이름을 보면 대충 추측 가능하긴 한데, 옵션 하나하나는 잘 기억이 안 나네요. "set paste set nocompatible set incsearch set title set number set hlsearch set showmatch..

이런저런 이유로 십 년 넘게 계란 요리를 안 만들었다가, 재작년부터 계란 요리에 도전했는데 생각대로 잘 되지가 않았습니다. 토마토 계란 볶음은 늘 사 먹기만 했는데, 이제 어느 정도 계란 요리에 자신이 생겨서 직접 만들어봤습니다. (늘 가던 식당이 몇 달째 문을 안 엽니다.) 계란에 간을 하고 풀어줍니다. 스크램블 애그를 만들어줍니다. 계란이 적당히 익으면 썰어둔 토마토를 넣고 볶아줍니다. 적당히 익으면 케첩을 살짝 넣고 조금 더 볶아줍니다. 취향에 따라 MSG를 조금 넣어줍니다. 토마토에 글루탐산이 많아서 감칠맛이 나니까 MSG는 굳이 안 넣어줘도 됩니다. 사진 찍으면서 요리하다 보니 불 조절, 시간 조절을 잘 못하긴 했지만 맛있었습니다.

일단 결론부터 말씀드리면 실패했습니다. 블로그에 요리를 올리긴 하지만, 사실 제가 만든 요리 맛없다고 심하게 구박하는 사람들이 좀 여럿입니다. 이런 질문이 있습니다. 맛있을 것 같은 요리를 만들었다면, 누구에게 먼저 먹일 것인가? 답은 자신이 먹어봐야 합니다. 먹어보지 않고는 맛있는지 없는지 모르니까... 제 요리가 맛이 없는 이유는 무언가 실험적인 요소가 들어가기 때문입니다. 실험은 당연히 성공을 장담할 수 없죠. 하지만 새로운 도전을 하지 않으면 변하는 것은 없습니다. 인류는 그렇게 도전해왔고 발전해왔습니다. 세상에는 매뉴얼대로 잘하는 사람과 매뉴얼대로 할 수 없는 사람이 있습니다. 저는 후자에 가깝습니다. 매뉴얼을 적어도 그대로 따라 하지 못합니다. 뭐든 자신이 직접 이해하려 하고, 이해한 것만을 ..

재료: 굴, 새우살, 오징어채, 부추, 밀가루, 피자치즈 해물은 잘 씻어줍니다. 어차피 밀가루 반죽할 거라서 물기는 안 빼도 됩니다. 부추는 잘 씻어서 물기를 털고 반으로 자릅니다. 밀가루와 물을 넣고 반죽을 합니다. 저는 부침가루를 썼는데, 밀가루를 사용할 경우 간을 조금 해야 할 수도 있습니다. 해물이 짜서 안 해도 되는 경우도 있습니다. 팬에 부추를 먼저 깔고, 그 위에 반죽을 올려줍니다. 그 위에 계란을 하나 깨 넣고, 부추를 올리고 반죽을 더 부어줍니다. 뒤집어서 반대면도 구웠습니다. 그리고 적당히 익으면 다시 뒤집은 후 위에 피자 치즈를 뿌리고 오븐에서 구워줍니다. 치즈 올리기 전에 토마토소스를 발라줘도 됩니다. 완성 부추에 수직으로 가위로 자르고 부추 결대로 찢어 먹습니다. 이번에 산 치즈는..