Novelism

탄생은 이미 수년 전 예고된 회사입니다. 데미스 하사비스가 이끄는 알파벳의 새로운 자회사로, 인공지능 신약개발에 도전하는 회사입니다. 그냥 쉽게 말해 딥마인드가 신약개발에 도전한다.라고 할 수 있습니다. 저는 인공지능 신약개발 분야로 올 때 인공지능 신약개발 분야에서 최초의 성공사례는 딥마인드가 만들 것이라 생각했습니다. 분명히 인공지능 신약개발 분야에 진출할 것이라 기대하고 있었는데 드디어 그 회사가 탄생했네요. 회사 이름은 Isomorphic labs입니다. 자세한 설명은 아래 홈페이지에 있고, 블로그 페이지에 회사 이름의 의미가 있습니다. https://www.isomorphiclabs.com/ https://www.isomorphiclabs.com/blog 단백질 구조예측 분야를 연구했던 사람으로..

특정 타깃에 대해서, 그 타깃과 결합력 및 결합 구조를 예측하는 방법으로 도킹 시뮬레이션이 있습니다. 아무래도 예측이다보니, docking이 얼마나 잘되는지 의문이 들 수가 있습니다. 그래서 보통 제일 먼저, 특정 PDB 구조에서 receptor와 ligand를 분리한 후, 그 ligand를 receptor에 붙이는 도킹 시뮬레이션을 돌려봐서 얼마나 잘 붙는지 확인을 합니다. 그리고, 같은 단백질에 대한 PDB들에 대해서, 서로 receptor와 ligand를 교환해서 docking 시뮬레이션을 진행합니다. (cross-docking) ligand를 원래 붙어있던 receptor 구조에 도킹을 하는 경우는 잘 되는 경우가 많습니다. 하지만 실험 구조에도 오류가 있을 수 있고, 크러시가 있는 경우는 잘 안..

대학원생 때 받은 연구 활동 종사자 안전교육 자료입니다. 콜라캔에 담긴 사이다를 한잔 하고 만든 모양입니다. 연구활동 종사자 안전교육 과정 저도 대학원생 생활하면서, 그리고 직장 생활하면서 참 위험한 일들이 많았습니다. 대학원생 때는 연구실에 있는데 어디선가 건물 무너지는 듯한 소리를 들은 적이 있는데 제가 들어본 충격음 중 가장 큰 소리라서 저는 어디 멀리서 건물이 무너졌나 라고만 생각했습니다. 알고 보니, 제가 있는 건물 1층 실험실에서 진짜로 뭔가 폭발을 했었고, 그게 유독한 물질이었다더군요. 하지만 당시에 아무도 그것을 알려주지 않았고, 대피 지시조차 없었고, 사후 공지조차 없었습니다. 학교에 상당히 배신감이 느껴지더군요. 뭐 전 직장에선 누가 생일파티라도 했는지 초에 불 붙이다 어디엔가 옮겨 붙..

뭉티기는 대구식 육회입니다. 일반적인 육회 다른 점이 2가지 있는데, 하나는 고기를 써는 방식이고, 다른 하나는 양념장입니다. 식당마다 차이가 있지만, 육회를 길게 채 써는 것과 다르게, 뭉티기는 육사시미처럼 넓게 썰거나, 아니면 깍둑썰기를 합니다. 저는 자주 생고기를 사서 집에서 잘라먹는데, 부드러운 고기를 두껍게 썰어먹는 것을 선호하지만, 고기가 질길 경우는 얇게 썰지 않으면 맛이 없습니다. 뭉티기의 양념장은 맛이 좀 독특합니다. 그런데 재료는 별로 독특하지 않습니다. 기본 재료는 고춧가루, 마늘, 참기름, 간장이고, 비율은 거의 비슷하게 들어갑니다. 이것만으로도 충분히 뭉티기 소스 특유의 맛이 나지만, 취향에 따라서 간장의 비율을 줄이고 멸치액젓을 넣거나 굴소스, 후춧가루, 설탕, 생강(청), (술..

요즘 네이버 밴드에서 무늬오징어를 판다고 자주 올라오길래 궁금해서 사봤습니다. 뭐해먹을까 하다가 통찜 하고 순대를 만들었습니다. (저는 오징어 통찜보다 오징어 찌개를 더 좋아합니다.) 1kg 25000원, 4마리입니다. 일단 물로 씻어줍니다. 오징어는 다리의 빨판에 날카로운 것들이 붙어있는데, 비비면 떨어져 나갑니다. 입의 부리도 약간 눌러주면 빠져나옵니다. 오징어순대를 만들려면 몸통과 내장을 분리합니다. 그냥 다리 잡고 당기면 내장이 뽑혀 나옵니다. 그리고 뼈...(용어를 모르겠네요.) 도 제거해줍니다. 그냥 당기면 뽑힙니다. 오징어 내부에는 밀가루나 전분을 살짝 묻혀줍니다. 손질한 오징어는 따로 담았습니다. 우측 사진에서 오른쪽 아래 있는 게 아마도 먹물 같습니다. 따로 빼서 올리브 오일에 담가 뒀습..

아... 엽기가 느껴지네요. 제 전 직장은 퇴직 시 전직 관련 정보를 요구했습니다. 퇴직하는 사람에게 뭐 그런 걸 요구하나 해서... 저렇게 썼지만 제출은 안 했습니다. 전 직장에서 뒷산 탐험하다 발견한 드루이드 전승 지팡이로 이사 짐을 날랐습니다. 짐 대부분은 그냥 논문이죠. 나무줄기가 아니라, 나무뿌리입니다. 저것을 뽑아내려고 몇 달간 고생했습니다. 뽑아내는 과정에서 한 대 맞아서 상처 나기도 했습니다. 뭐 일단 계약 만료로 인한 퇴사라서 실업급여를 받을 수 있었습니다. 실업급여 신청하러 고용복지센터 갔을 때, 전직 연구원: 계약 만료로 인한 퇴사였고, 전 직장 근무기간 3년 10개월입니다. 직원: 2년 초과 근무한 사람은 실업 급여 인정이 안됩니다. 전직 연구원: 연구원이었습니다. 직원: 아 연구원..

이어서 올립니다. 전 직장 산책코스 입니다. 봄이 되면 돌계단 양 옆으로 꽃이 펴서 매우 아름답습니다. 저 계단 입구가 식물들로 가려져서 사람들이 잘 가지 않습니다. 비밀 정원으로 가는 계단은 아닙니다. 그냥 쓰러진 나무와 개미집이 있습니다. 버섯도 좀 있습니다. 팁코 주스 싸고 맛있습니다. 잘 찾아보면 3400원 정도 하는거 있습니다. 수박주스가 좋은데 계속 품절이네요. 유통사는 광동... 쵸콜릿에 미쳐살던 시절... 출장 다녀올 때마다 초콜릿만 수십만원어치 사왔었는데... 유럽에서 파는 고디바 바는 개당 6천원, 미국에서 파는 고디바는 바 기준 개당 4천원 정도로 좀 더 저렴합니다. 제조하는 곳이 다른 것 같습니다. 고디바는 좋아하는 브랜드입니다. Queen 의 don't stop me not 에도 ..

아... 올려도 되는 건가 모르겠는데... 이게 대학원생 때 받은 학교 안전교육 배포 자료라서 재배포해도 되는지 모르겠지만, 안전에 대한 경각심을 일깨우고자 재배포합니다. 문제시 삭제하겠습니다. 대체 어떻게 저런 것을 그린 것일까요?

예전에 쓰던 아이폰 사진 백업을 안 했어서 오랜만에 켜서 확인해봤습니다. 주로 전 직장에서 찍은 사진이네요. 그냥 재미있어 보이는 거 올려봅니다. 감자 싹은 독특하게 생겼습니다. 알아보기 쉽습니다. 무화과입니다. 나무가 수액을 맞고 있습니다. 이 나무는 키메라입니다. 아래는 단풍잎인데, 위는 다른 잎입니다. 영지버섯 같아 보이는데, 잘 모르겠네요. 콩 좋아합니다. 하지만 제대로 길러본 적이 없습니다. 주말농장에 심었던 건 고라니가 다 뜯어먹었습니다. 이런 말이 있죠. 콩심은데 콩 난다. 하지만 안 날 수도 있습니다. 잡초 나오기도 합니다. 콩 안 심었는데 나오기도 합니다. 돈육 소시지이군요. 보통 저런 비닐에 들어있는 것은 어육소시지인데... 돈육 소시지는 그냥 먹으면 비려서 먹기 힘듭니다. 전자레인지에..

protein-ligand binding affinity 예측과 비슷한 용어가 여러 가지 있습니다. Drug target interaction (DTI), binding affinity prediction, receptor-ligand interaction 보통 약물 타깃이 단백질인 경우가 많고, 결합에선 상대적으로 큰 분자를 receptor, 작은 분자를 ligand라고 부르기도 하고, ligand가 약물인 경우가 많아서 이 용어들은 거의 비슷한 의미라고 볼 수 있습니다. affinity 값 자체를 예측하는 대신 결합 여부만을 예측하기도 합니다. 그냥 편의상 DTI라고 부르겠습니다. DTI 예측에 대한 접근방법은 크게 informatics based method와 physics based method ..