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AutoDock Vina 변종 위주로 사용하다가 기능적으로 만족스럽지 않은 부분이 있어서 다른 도킹 프로그램을 찾아봤는데, 그중 무료로 사용할 수 있는 성능이 좋아 보이는 프로그램으로 rdock이 있습니다. rdock의 차별점이라 할만한 주요 기능은 tether docking, pharmacophore docking입니다. 논문은 다음 주소에 있습니다. https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1003571 docking을 하다 보면 대충 분자가 단백질에 어떤 포즈로 들어와야 하는지 보이는 경우가 있습니다. kinase protein의 hinge 영역처럼 특정 영역에 결합하는 분자에 몇 가지 패턴이 정해져 있는 경우도 ..

얼마 전 마트에 갔다가 생 오크라를 발견해서 사 왔습니다. 요즘 냉동 오크라는 구하기 쉬운데, 생 오크라는 특정 시기밖에 안 나오니까 발견하면 안 살 수가 없네요. 사놓고 며칠 방치하다가 오늘에야 검보를 만들었습니다. 이번에는 검보 믹스를 사용하지 않고 검보를 만들었습니다. 그래도 케이준 시즈닝 정도는 사용했습니다. 이전에 검보 만들었던 글, 이때는 베이스를 사용했습니다. 검보 재료: 새우 많이 (예전엔 큰 사이즈를 썼는데 이번엔 작은 사이즈를 많이 넣는 쪽으로 해봤습니다.) 양파 1개 반, 양배추 잎 4 장, 생마늘 약간, 당근 약간, 표고버섯 2개, 애호박 약간, 무 약간, 소시지 2개 홍합육수 (고기 육수나 그냥 물 넣어도 됩니다. 그래도 멸치육수는 좀 아닐 듯... 원래는 닭 육수가 어울릴 겁니다..

An introduction to Medicinal Chemistry, international sixth edition Graham L. Patrick 저, OxfordUniversityPress, USA http://www.yes24.com/Product/Goods/35140977 An Introduction to Medicinal Chemistry - YES24 Renowned for its clear and accessible writing style, An Introduction to Medicinal Chemistry 6th edition is widely regarded as the leading undergr... www.yes24.com 번역본: 의약화학 제6 판 (번역 이석준, 신일 서..

ACE 억제제는 고혈압 치료제 중 하나입니다. 제가 먹고 있는 약 중 하나이고, 자신이 먹는 약에 대해서 공부하는 게 좋다고 생각해서 공부 중입니다. 그리고 제가 보고 있는 의약화학책에도 ACE 억제제 설계에 대한 이야기가 소개되어 있습니다. (사실 책에 소개된 약물과 제가 먹는 약물의 구조가 좀 다릅니다.) ACE는 안지오텐신 전환효소 (Angiotensin-converting enzyme)입니다. 안지오텐신 II (Angiotensin II)는 강력한 혈관 수축 호르몬인데, 혈관이 수축되면 혈압이 상승하고, 혈관이 이완되면 혈압이 하강하므로, 안지오텐신 II의 형성을 억제한다면 혈압을 낮출 수 있습니다. ACE는 안지오텐신 I (Angiotensin I)을 안지오텐신 II로 변환합니다. Angiote..

SMILES에 대한 설명은 이쪽에서 확인하실 수 있습니다. https://novelism.tistory.com/106 SMARTS의 문법은 복잡해서 하나하나 자세히 설명하긴 어렵고 자주 쓰는 것 몇 개만 이야기하겠습니다., rdkit에서 SMARTS로 분자 탐색을 하는 사용법 위주로 설명하겠습니다. SMARTS 규칙은 https://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smarts.html 에서 볼 수 있습니다. Daylight Theory: SMARTS - A Language for Describing Molecular Patterns 4. SMARTS - A Language for Describing Molecular Patterns Substructure se..

관련글: https://novelism.tistory.com/241 Marvin JS demo를 사용해서 분자 SMILES, SMARTS 얻기 이전에 SMILES와 SMARTS에 대해 포스팅을 했습니다. 직접 SMILES과 SMARTS를 만드는 건 좀 번거롭고 어렵기에 보통은 분자 그림을 변환 툴을 사용합니다. chemaxon의 marvin을 이용해서 SMILES와 SMARTS를 얻을 novelism.co.kr SMILES (Simplified molecular-input line-entry system) 은 분자를 문자열로 표기하는 방법 중 하나입니다. 기초적인 문법은 위키피디아에 잘 설명되어있습니다. https://en.wikipedia.org/wiki/Simplified_molecular-input..

(64) Stevie Wonder - I Just Called To Say I Love You 1984 (High Quality) - YouTube I just called to say I love you는 Stevie Wonder의 곡으로 가사가 무척 아름답습니다. 1년 12달의 대표적 절기들을 나열하는데 상당히 센스가 있습니다. 딱히 절기를 나열하려고 하는 곡은 아닙니다. 곡 내용은 그냥 전화를 했다는 이야기인데, 명절에 형식적으로 문안 인사차 전화한 건 아니고, 명절도 아닌데, 그냥 평범한 날인데, 단지 사랑한다는 말을 하려고 전화했다는 내용입니다. Isn't she lovely와 더불어 순수한 사랑이 느껴지는 곡입니다. 명절을 약간 돌려서 그날 하는 일로 표현하는 것이 재미있습니다. 뭐 한국 명절..

추석하고 별 관련 없지만 튀김을 만들었습니다. 새우튀김, 베이비 크랩 튀김, 무 튀김, 생선가스(대구), 오징어, 낙지 등등... 재료들을 잘 씻고 세척합니다. 새우는 내장을 빼고, 꼬리의 물주머니를 잘라줍니다. 일부 재료는 싱거워서 소금 간을 해줘야 합니다. 튀김가루를 비닐봉지에 넣고 베이비 크랩을 넣고 흔들어줍니다. 그러면 잘 가루가 잘 묻습니다. 튀김가루를 물에 적당히 풀어주고, 베이비크랩에 반죽을 입혀줍니다. 끓는 기름에 투하... 열심히 투하... 많이 튀기다 보면 손에 기름이 튀어도 아프지 않습니다. 에어프라이어에 돌릴거라서 좀 덜 익어도 상관없습니다. 에어프라이어에 한번 돌려서 기름기를 빼줍니다. 더 바삭하게 만들고 싶으면 온도를 180도 정도로 높게 잡습니다. 대구는 전감인데, 뼈를 잘 제..

소갈비탕 -> 우거지 소갈비탕 https://novelism.tistory.com/102 소갈비탕 맑은 국물 골프채 소갈비탕입니다. 등갈비(백립)를 사용했습니다. 뼈를 썰지 않고 길게 잘라서 골프채 갈비탕이라고도 하죠. 백립이 최근에 물량이 부족해서 가격이 많이 비싸졌습니다. 5kg 7 novelism.co.kr 시래기는 무청을 말린 것이지만, 우거지는 그냥 배추를 삶은 것입니다. 김장용으로 쓰는 통배추 같은 것을 쓰기도 하고, 얼 걸이를 쓰기도 합니다. 예전에는 얼갈이 사다가 직접 삶았는데, 너무 힘들어서 삶은 배추 1.8kg를 인터넷에서 구매했습니다. 삶은 배추일지라도 탕에 넣고 바로 먹을 순 없습니다. 삶은 배추 특유의 냄새 (풋내?)가 나서 잘 안 어울립니다. 우거지에 간장, 마늘, 고춧가루, 들..

맑은 국물 골프채 소갈비탕입니다. 등갈비(백립)를 사용했습니다. 뼈를 썰지 않고 길게 잘라서 골프채 갈비탕이라고도 하죠. 백립이 최근에 물량이 부족해서 가격이 많이 비싸졌습니다. 5kg 7만 원 호주산입니다. 뼈 35조각이네요. 국물을 최대한 맑게 끓이려고 시도했습니다. 일단 손질을 좀 해줍니다. 뒷면의 근막을 제어해줬고, 기름도 제거했고 하나씩 잘라줬습니다. 그리고 물에 2시간 정도 담가서 핏물을 뺐습니다. 그리고 초벌로 한번 10분 정도 삶아주고 물을 버리고 다시 씻었습니다. 갈비 절단 부위에 뼛조각들이 있어서 잘 씻어주는 편이 좋습니다. 핏물을 잘 제거해야 냄새도 안 나고 국물도 맑아집니다. 본격적으로 삶아줍니다. 무 파 마늘 양파 및 통후추, 코리앤더 (고수 씨), 펜넬을 넣었습니다. 1~2시간 ..