Novelism

이어서 올립니다. 전 직장 산책코스 입니다. 봄이 되면 돌계단 양 옆으로 꽃이 펴서 매우 아름답습니다. 저 계단 입구가 식물들로 가려져서 사람들이 잘 가지 않습니다. 비밀 정원으로 가는 계단은 아닙니다. 그냥 쓰러진 나무와 개미집이 있습니다. 버섯도 좀 있습니다. 팁코 주스 싸고 맛있습니다. 잘 찾아보면 3400원 정도 하는거 있습니다. 수박주스가 좋은데 계속 품절이네요. 유통사는 광동... 쵸콜릿에 미쳐살던 시절... 출장 다녀올 때마다 초콜릿만 수십만원어치 사왔었는데... 유럽에서 파는 고디바 바는 개당 6천원, 미국에서 파는 고디바는 바 기준 개당 4천원 정도로 좀 더 저렴합니다. 제조하는 곳이 다른 것 같습니다. 고디바는 좋아하는 브랜드입니다. Queen 의 don't stop me not 에도 ..

아... 올려도 되는 건가 모르겠는데... 이게 대학원생 때 받은 학교 안전교육 배포 자료라서 재배포해도 되는지 모르겠지만, 안전에 대한 경각심을 일깨우고자 재배포합니다. 문제시 삭제하겠습니다. 대체 어떻게 저런 것을 그린 것일까요?

예전에 쓰던 아이폰 사진 백업을 안 했어서 오랜만에 켜서 확인해봤습니다. 주로 전 직장에서 찍은 사진이네요. 그냥 재미있어 보이는 거 올려봅니다. 감자 싹은 독특하게 생겼습니다. 알아보기 쉽습니다. 무화과입니다. 나무가 수액을 맞고 있습니다. 이 나무는 키메라입니다. 아래는 단풍잎인데, 위는 다른 잎입니다. 영지버섯 같아 보이는데, 잘 모르겠네요. 콩 좋아합니다. 하지만 제대로 길러본 적이 없습니다. 주말농장에 심었던 건 고라니가 다 뜯어먹었습니다. 이런 말이 있죠. 콩심은데 콩 난다. 하지만 안 날 수도 있습니다. 잡초 나오기도 합니다. 콩 안 심었는데 나오기도 합니다. 돈육 소시지이군요. 보통 저런 비닐에 들어있는 것은 어육소시지인데... 돈육 소시지는 그냥 먹으면 비려서 먹기 힘듭니다. 전자레인지에..

protein-ligand binding affinity 예측과 비슷한 용어가 여러 가지 있습니다. Drug target interaction (DTI), binding affinity prediction, receptor-ligand interaction 보통 약물 타깃이 단백질인 경우가 많고, 결합에선 상대적으로 큰 분자를 receptor, 작은 분자를 ligand라고 부르기도 하고, ligand가 약물인 경우가 많아서 이 용어들은 거의 비슷한 의미라고 볼 수 있습니다. affinity 값 자체를 예측하는 대신 결합 여부만을 예측하기도 합니다. 그냥 편의상 DTI라고 부르겠습니다. DTI 예측에 대한 접근방법은 크게 informatics based method와 physics based method ..

openbabel 은 무료로 사용할 수 있는 cheminfomatics tool입니다. docking 시뮬레이션을 하는 사람들이 많이 사용합니다. 명령어(obabel 및 ob 로 시작하는 여러 실행 파일들)로 사용할 수도 있고, python 모듈로도 사용할 수 있습니다. rdkit과 유사한 점이 많지만, 기능은 obabel 이 조금 더 많은 것 같고, python 인터페이스에서 사용하기엔 obabel이 조금 더 불편합니다. 그래도 바로 콘솔 창에서 실행 가능해서 더 편리할 때도 있습니다. 주로 사용하는 기능은 분자가 주어진 pH 상태에서의 protonation state를 예측해주거나, 중성화해버립니다. 분자의 3D 구조를 탐색합니다. 구조에 대해서 간단한 에너지 계산을 합니다. 다양한 분자 파일포멧을 ..

요즘 새우 철입니다. 올해는 평소보다 새우 가격이 내렸습니다. 사이즈별로 차이가 많이 나지만, 쿠폰까지 쓰면 1kg에 13000원 정도에 파는 곳도 있습니다. 새우 3kg 사서 찌고, 간장 새우장 만들고, 검보에 넣고... 여러 가지 했습니다. 하는 김에 자주 이용하는 온라인 쇼핑몰에서 광어 다시마 숙성회와 홍합 5kg와 꼬막 2kg를 샀습니다. 샀다는 사실을 자주 잊어버립니다. 오늘도 고기+해물 냉면 해 먹으려고 냉장고 열었다가 회가 있는 걸 보고 회덮밥으로 바꿨습니다. 내일 점심은 고기+해물 냉면, 국밥, 검보, 짜장면 중에 무엇이 될지... 다 넣어서 덮밥을 만들었습니다. 간장새우는 담근 지 1일밖에 안돼서 그냥 찐 새우를 넣었습니다. 양념장은 뭉티기 장입니다. 뭉티기 장은 고춧가루, 마늘, 참기름..

이번엔 호박고구마로 했습니다. 묵은 고구마라 싹도 나고 품질이 영 안 좋긴 한데... 어쨌건 있으니까 뭘 해서라도 먹어야하니까요. 고구마를 갈아서 전을 만들 때 믹서에 갈면 안 되고 강판에 갈아야 합니다. 믹서에 갈면 입자가 너무 굵어서 심하게 망합니다. 고성능 믹서에 하면 될지도 모르겠지만... 프라이팬에 그대로 부워버렸습니다. 뭉쳐준 후에 프라이팬에 올리는 게 나을 것 같은데, 이렇게 해도 뒤집개로 적당히 때려주면 모양 잡힙니다. 크면 뒤집기 참 힘듭니다. 그냥 뒤집기 쉽게 작게 만드는게 좋습니다.

홍합 5kg를 샀습니다. 깨끗이 씻고 삶아서 살만 발라냈습니다. 살 2통, 육수 4통 나왔습니다. 육수는 라면이나 찌개 끓일 때 사용하면 좋습니다. 그냥 마셔도 맛있습니다. 냉장고에서 1주일 정도 두면 맛이 변해버립니다. 그 이상 보관하려면 냉동하거나 밀봉해야 합니다. 홍합 5kg 면 한 솥 가득 들어갑니다. 삶다 보면 껍질이 벌어져서 넘쳐 나올 수도 있습니다. 배송받아보니 껍데기가 작은 것들이 많았는데, 살이 꽉 차있어서 괜찮았습니다. 홍합은 너무 오래 삶으면 푸석푸석해집니다. 적당히 삶는 것이 맛있습니다. 하지만 덜 익으면 먹고 탈 날까 봐 겁납니다. 조개 칼로 깠는데 너무 많아서 다 까는데 2시간 정도 걸렸습니다. 손으로 만지면 뜨거워서 다른 냄비에 건져서 식히면서 깠습니다. 내일은 꼬막 2kg를 ..

약물의 타깃은 단백질인 경우가 많지만, 핵산, 지질, 탄수화물이 타깃인 경우도 있다고 합니다. 단백질도 효소, 수용체, 운반 단백질, 구조 단백질 등 기능에 따라서 여러 종류로 구분할 수 있습니다. 효소란 촉매 기능을 하는 단백질입니다. 효소를 타깃으로 하는 약물은 효소 억제제 (inhibitor)입니다. 효소 억제제는 활성부위에 결합하여, 기질의 결합을 막는 경쟁적 억제제 (competitive inhibitor)도 있고, 활성부위 이외의 부위에 결합하지만, 활성부위의 구조를 변화시켜 기질이 결합하기 어렵게 막는 allosteric inhibitor 도 있습니다. 약물 중에는 단백질과 covalent bond를 일으켜서 반영구적으로 붙어버리는 (covalent drug) 비가역적 억제제도 있습니다. 의..

백질 구조 기반 약물 가상 탐색: 1. 서론 https://novelism.tistory.com/116 서론에 이어서 단백질 구조 및 Cheminformatics로 ACE inhibitor (억제제)를 탐색하는 예시를 보여드리겠습니다. 고혈압 치료제로 사용하는 ACE억제제에 대한 포스팅은 이전 글을 참고하세요. https://novelism.tistory.com/108 제가 구조기반 약물 탐색에서 하는 일은 3가지입니다. 단백질-약물 결합에서 중요한 결합기를 찾고, 해당 결합기를 가지는 약물들을 탐색합니다. docking을 통해서 약이 결합 위치에 들어갈 수 있는지 시뮬레이션하고, 중요하다고 생각한 결합기가 docking 결과 실제 예상한 위치에 있는지 확인합니다. 일단 이것은 예제이기에 분석과 분자 탐..