Novelism

pymol에 다양한 기능이 있지만, 그중 많이 사용하는 기능 중 하나가 단백질-리간드 상호작용 보기입니다. 예시 PDB 는 EGFR kinase domain (wild type)에 Iressa (gefitinib)가 붙은 구조입니다. pdb ID 는 2ITY이고, 리간드 ID는 IRE입니다. 다운로드하고 pymol을 실행합니다. $ wget https://files.rcsb.org/download/2ITY.pdb $ pymol 2ITY 아래 같은 화면이 출력됩니다. 여기서 2ITY 옆의 A 버튼 (Action)을 누릅니다. 그러면 preset 설정들이 나오는데, 이중 ligands를 선택합니다. 그럼 우측처럼 단백질 구조가 ribbon diagram으로 바뀌고, 리간드 중심으로 화면이 포커스 됩니다. l..

pymol 은 단백질 및 분자의 3D 구조를 보고 분석하기 위한 프로그램입니다. 슈뢰딩거에서 만들었지만, open-source 버전도 있습니다. 둘 다 사용해봤지만, open-source 버전에서 별다른 단점은 발견하지 못했습니다. GUI와 python 인터페이스를 지원합니다. 단지 구조를 보기만하는것이 아니라, 기능을 숙지해두면 다양한 분석이 가능합니다. 외부 python 코드나 플러그인과 연계해서 더 많은 기능들을 사용할 수 있습니다. 좀 쓰기 불편하지만, pymol로 3D 기반으로 단백질과 상호작용하는 ligand 를 직접 설계하는 것도 가능합니다. 최근엔 버전 2 이상의 pymol open source 설치가 쉬워졌습니다. ubuntu 계열 apt 설치: sudo apt update sudo ap..

대학원생 시절 제 마음의 안식처였던 환경플랜트입니다. 한때 토끼, 닭, 청둥오리 같은 것도 길렀었죠. 조용하고 산책하기 좋은 곳입니다.

보기만 괜찮아 보이는 가지볶음... 아직도 사먹는거에 비하면 훨씬 못합니다.

명란과 대구 이리, 새우, 소고기, 양파, 당근, 표고버섯, 애호박이 들어간 카레라 말하기 어려운 카레 끔찍한 혼종의 식사입니다.

예전 폰 사진을 보고 있는데, 어묵 포장지 사진이 보이네요. 맛있어서 또 사 먹으려고 찍어둔 것 같습니다. 어육 함량이 90% 이상이군요.

설탕으로 바삭하게 코팅한 맛탕입니다. 비결은 설탕을 기름에 튀기는 것입니다.

예전에 자주 먹던 칠리치킨 덮밥입니다. 3일에 1번 정도 먹었습니다. 이사 온 후로 못 먹네요. 만들려고 시도해봤는데 잘 안됩니다.

지금 사는 집으로 이사 오고 얼마 후에 물건 좀 많이 주문했는데, 많이 왔네요.

이걸 기르려고 기른 것인지, 싹이 나서 그냥 기른 것인지 이젠 기억이 잘 안 나네요. 슬슬 올해 심을 고구마들을 준비해야겠습니다. 고구마보다는 고구마순을 먹기 위해서 기릅니다. 고구마를 집안에 보관하면 툭하면 싹이 났는데, 이번엔 고구마를 베란다에 보관했더니 싹이 안나는 대신 썩어버렸네요.