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관련글: https://novelism.tistory.com/241 Marvin JS demo를 사용해서 분자 SMILES, SMARTS 얻기 이전에 SMILES와 SMARTS에 대해 포스팅을 했습니다. 직접 SMILES과 SMARTS를 만드는 건 좀 번거롭고 어렵기에 보통은 분자 그림을 변환 툴을 사용합니다. chemaxon의 marvin을 이용해서 SMILES와 SMARTS를 얻을 novelism.co.kr SMILES (Simplified molecular-input line-entry system) 은 분자를 문자열로 표기하는 방법 중 하나입니다. 기초적인 문법은 위키피디아에 잘 설명되어있습니다. https://en.wikipedia.org/wiki/Simplified_molecular-input..

(64) Stevie Wonder - I Just Called To Say I Love You 1984 (High Quality) - YouTube I just called to say I love you는 Stevie Wonder의 곡으로 가사가 무척 아름답습니다. 1년 12달의 대표적 절기들을 나열하는데 상당히 센스가 있습니다. 딱히 절기를 나열하려고 하는 곡은 아닙니다. 곡 내용은 그냥 전화를 했다는 이야기인데, 명절에 형식적으로 문안 인사차 전화한 건 아니고, 명절도 아닌데, 그냥 평범한 날인데, 단지 사랑한다는 말을 하려고 전화했다는 내용입니다. Isn't she lovely와 더불어 순수한 사랑이 느껴지는 곡입니다. 명절을 약간 돌려서 그날 하는 일로 표현하는 것이 재미있습니다. 뭐 한국 명절..

추석하고 별 관련 없지만 튀김을 만들었습니다. 새우튀김, 베이비 크랩 튀김, 무 튀김, 생선가스(대구), 오징어, 낙지 등등... 재료들을 잘 씻고 세척합니다. 새우는 내장을 빼고, 꼬리의 물주머니를 잘라줍니다. 일부 재료는 싱거워서 소금 간을 해줘야 합니다. 튀김가루를 비닐봉지에 넣고 베이비 크랩을 넣고 흔들어줍니다. 그러면 잘 가루가 잘 묻습니다. 튀김가루를 물에 적당히 풀어주고, 베이비크랩에 반죽을 입혀줍니다. 끓는 기름에 투하... 열심히 투하... 많이 튀기다 보면 손에 기름이 튀어도 아프지 않습니다. 에어프라이어에 돌릴거라서 좀 덜 익어도 상관없습니다. 에어프라이어에 한번 돌려서 기름기를 빼줍니다. 더 바삭하게 만들고 싶으면 온도를 180도 정도로 높게 잡습니다. 대구는 전감인데, 뼈를 잘 제..

소갈비탕 -> 우거지 소갈비탕 https://novelism.tistory.com/102 소갈비탕 맑은 국물 골프채 소갈비탕입니다. 등갈비(백립)를 사용했습니다. 뼈를 썰지 않고 길게 잘라서 골프채 갈비탕이라고도 하죠. 백립이 최근에 물량이 부족해서 가격이 많이 비싸졌습니다. 5kg 7 novelism.co.kr 시래기는 무청을 말린 것이지만, 우거지는 그냥 배추를 삶은 것입니다. 김장용으로 쓰는 통배추 같은 것을 쓰기도 하고, 얼 걸이를 쓰기도 합니다. 예전에는 얼갈이 사다가 직접 삶았는데, 너무 힘들어서 삶은 배추 1.8kg를 인터넷에서 구매했습니다. 삶은 배추일지라도 탕에 넣고 바로 먹을 순 없습니다. 삶은 배추 특유의 냄새 (풋내?)가 나서 잘 안 어울립니다. 우거지에 간장, 마늘, 고춧가루, 들..

맑은 국물 골프채 소갈비탕입니다. 등갈비(백립)를 사용했습니다. 뼈를 썰지 않고 길게 잘라서 골프채 갈비탕이라고도 하죠. 백립이 최근에 물량이 부족해서 가격이 많이 비싸졌습니다. 5kg 7만 원 호주산입니다. 뼈 35조각이네요. 국물을 최대한 맑게 끓이려고 시도했습니다. 일단 손질을 좀 해줍니다. 뒷면의 근막을 제어해줬고, 기름도 제거했고 하나씩 잘라줬습니다. 그리고 물에 2시간 정도 담가서 핏물을 뺐습니다. 그리고 초벌로 한번 10분 정도 삶아주고 물을 버리고 다시 씻었습니다. 갈비 절단 부위에 뼛조각들이 있어서 잘 씻어주는 편이 좋습니다. 핏물을 잘 제거해야 냄새도 안 나고 국물도 맑아집니다. 본격적으로 삶아줍니다. 무 파 마늘 양파 및 통후추, 코리앤더 (고수 씨), 펜넬을 넣었습니다. 1~2시간 ..

한때 부추를 좋아해서 자주 요리를 했었는데, 부추 한번 사면 다 못 먹고 방치해서 상하는 일이 많아서 몇 년간 부추 요리를 안 했습니다. 여름도 끝나고 가을이라 해물 요리를 만들어보고 싶고, 마침 추석이라서 전을 해볼까 해서 해물 부추전을 만들었습니다. 이것도 몇 년 만에 하려니 쉽지 않네요. 예전에 어떻게 만들었는지 잘 기억이 안 납니다. 재료: (2장) 해물: 홍합살, 바지락살, 새우살, 낙지, 문어 채소: 부추, 깻잎 (4장) 계란(2개) 밀가루(부침가루, 튀김가루 아무거나) 양은 언제나 적당히... 해물과 채소를 씻어서 준비합니다. 해물에 밀가루와 물을 넣고(밀가루의 경우는 소금 후추 등으로 간을 해야 합니다.) 섞어줍니다. 저는 묽은 것을 좋아해서 물을 많이 넣었습니다. 보통 부침가루 사면 가루..

알파폴드가 공개된 이후에 신약개발 분야에서 사람들이 주로 관심 가지는 질문이 두 가지 있습니다. 하나는 알파폴드가 예측한 구조가 얼마나 정확한 것인가?이고, 다른 하나는 구조 예측한 결과를 신약개발에 사용할 수 있는가입니다. 이 질문을 따로 대답하기는 좀 어렵습니다. 왜냐하면 그 얼마 나라는 것이 수치적인 점수를 묻는 것이 아니기 때문입니다. 수치적인 점수라면 캐스프에서 보여준 대로 실험 구조와 상당히 유사합니다. 단백질 구조예측 분야에서 머신러닝 방법이건, 컴퓨터 시뮬레이션이건 메서드를 개발할 때, 특정 데이터에 대해서 파라미터 최적화 과정을 거칩니다. 성능 평가를 할 때는 학습에 사용하는 데이터 이외에 별개의 데이터셋을 준비해두고, 여기에 대해서 평가를 하는 것이 일반적입니다. 좀 더 엄밀하고 공정한..

신약개발에 대한 이야기에서 흔히들 하는 말이 있습니다. 신약개발은 1조 이상의 비용과 10년 이상의 시간이 소모되지만 성공률은 5% 정도로 낮다. 1만 개의 분자 중에서 임상을 통과하고 약으로 시판되는 것은 1개 정도밖에 안된다. 그래서 "비용과 시간을 절감하고 성공률을 높이기 위해서 무언가 (인공지능을 도입한다거나) 한다."라고 합니다. 출처마다 구체적인 숫자들은 다르지만 내용은 비슷합니다. 비용, 시간을 줄이고 성공률을 높이려면 대체 어디서 얼마나 시간과 비용이 들고 왜 실패하는지 분석해야겠죠. 보통 신약개발 과정을 이야기할 때, 위의 그림처럼 타깃 선정, 타깃 검증, 히트 생성, 리드 선정, 리드 옵티마이제이션 , 동물실험 (비임상 혹은 전임상), 임상, FDA 승인 후 시판 (임상 4상) 같은 방..

이미 딥러닝이 알려진지도 7년이 넘게 지났으니 생소한 것도 아니고, 처음 입문하는 사람이 아니라면 딥러닝이 무엇인지 모르는 사람도 많지 않을 것 같습니다. 5년 전쯤만 해도 직접 딥러닝을 사용하는 사람이 아닌 경우, 학회에서 발표하는 경우에도 머신러닝과 딥러닝의 개념을 잘못 생각하시는 분들이 많았습니다. 딥러닝 (deep learning)은 머신러닝 (machine learning, 기계학습)의 한 분야입니다. artificial neural network (ANN, 인공 신경망)에서 hidden layer 가 늘어난 deep neural network (DNN), 혹은 비슷한 네트워크 구조인 Restricted Boltzmann Machine (RBM)과 Deep Belief Network (DBN)에..

저는 인공지능을 활용해서 하고 싶은 일이 여럿 있습니다. 일단은 지금 하고 있는 일인 신약개발, 좀 더 장기적으로, 반려 인공지능이 있습니다. 반려 인공지능은 인공지능 비서가 생활과 업무의 서포트를 지향함과 반대로, 인간과 정서적인 유대, 교감을 지향합니다. 물론 현재의 인공지능은 감정을 가지지 못하기에 진정한 교감은 아닙니다. 사람은 직접적으로 타인의 마음을 볼 수 없습니다. 상호작용을 통해서 타인을 인식하고, 자신의 마음에 비추어 감정을 추정할 뿐입니다. 인간과 인간의 교감마저도 근본적으로 따져보면 진짜 교감인지 알 수 없게 되어버립니다. 하지만 사람은 비록 생물이 아닐지라도 물건에 정을 붙이는 존재입니다. 인형이 좋다고 들고 다니는 사람도 있고, 캐릭터와 결혼하겠다는 사람도 있으니 정서적인 안정이 ..