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복날: dog days (개드립)

무더운 여름날입니다. 자세한 설명은 위키피디아를 참고하시고... https://ko.wikipedia.org/wiki/%EB%B3%B5%EB%82%A0 복날 - 위키백과, 우리 모두의 백과사전 초복/중복/말복공식이름삼복장소대한민국, 중국, 일본날짜하지로부터 세 번째 및 네 번째, 입추로부터 첫 번째 경일(초복, 중복, 말복 순)2020년2021년2022년2023년7월 16일, 7월 26일, 8월 15일7월 11일, ko.wikipedia.org 2021년 복날 초복은 7월 11일, 중복은 7월 21일, 말복은 8월 10일 입니다. 복날 이야기를 꺼낸 것은 개드립을 치기 위해서입니다. 예전에 연구실에 외국인들이 여럿 있어서, 복날을 영어로 설명해야겠는데 잘 모르겠어서 도그데이라고 했던것 같습니다. 한자로 ..

Food 2021.07.12

역사를 배우는 이유

역사를 배우는 이유가 하나뿐일 수도 없고, 모든 사람에게 이유가 같을 수도 없으니 그냥 제 이야기를 하겠습니다. 사람은 무언가를 원하지만, 자신이 무엇을 원하는지, 왜 원하는지를 명확히 모를 때가 많습니다. 저는 역사를 배워야 한다고 생각하면서도, 그 이유를 몰랐습니다. 대학생 시절 교양 수업으로 역사 관련 과목들을 배우면서, 그 이유를 찾고싶어했습니다. 단순히 생각하면 역사는 어느정도 반복되는 것이고, 교훈이기 때문에, 배워두면 유용하다고 생각했습니다. 하지만 그것만으로는 납득이 안되고 만족할 수 없었습니다. 왜냐하면 저는 남의 역사보다, 우리의 역사를 배우는 것이 중요하고, 고대사보다는 현대사를 배우는 것이 더 중요하다고 생각했습니다. 단지 교훈을 얻기 위해서라면, 굳이 우리의 역사를 배울 필요 없이..

이야기 2021.07.10

bioinformatics 적인 관점에서 신약개발

인간의 특정 단백질에 결합하여 단백질의 기능을 활성화하거나, 저해하는 약물로 한정해보겠습니다. uniprot에 등록된 인간의 단백질은 2만여개정도입니다. 단백질들은 기능에 따라서, 진화적인 이유로 서로 유사한 구조를 가지고 있는 경우가 많습니다. 구조가 유사한 단백질들을 패밀리로 묶으면 1000~2000 종류가 있다고 합니다. 같은 패밀리에 속한 단백질은 포켓 구조까지 유사하고, 따라서 약물에 대한 결합력도 유사한 경우도 많습니다. 여기서 거꾸로 생각해보면, 내가 어떠한 타겟 단백질의 어떤 포켓에 결합하는 약물을 찾고 싶다면, 기존에 신약으로서 개발되던 (적어도 임상 1상 이상까지 진행된), 약물중의 누군가 중에서 타겟 단백질의 포켓에 결합할 수 있는 약물이 있을 가능성이 높다고 생각할 수 있습니다. 특..

가지볶음

고향반점에서 꼭 사먹는 메뉴중 하나인 가지볶음을 집에서 만들어봤습니다. 지삼선은 여기에 감자와 피망이 추가로 들어가지만, 저는 감자를 별로 안좋아해서 그냥 가지볶음만 해먹습니다. (그날 미친척 하고 갈비탕, 부대찌개, 갈비구이, 양고기 구이, 샐러드, 가지볶음, 포도쥬스까지 만들었죠.) 가지를 적당히 썰어줍니다. 사진이 사라졌습니다. 팬에 기름을 적당히.. 한 5mm 정도 부어주고 가열합니다. 기름이 충분히 가열된 것 같아보이면 가지를 투입합니다. 가지가 스폰지처럼 기름을 흡수에서 기름이 거의 바닥나버릴 것입니다. 그래서 기름은 좀 충분히 부어주는것이 좋습니다. 그리고 가지가 어느정도 익으면, 기름이 다시 빠져나옵니다. 만약 기름을 많이 넣는 것이 싫다면, 가지를 전자레인지에 넣고 어느정도 익힌 상태로 ..

Food 2021.07.07

약물 최적화: 구조의 견고화

약물 설계, 표적과의 상호작용 최적화에서 표적 단백질과의 상호작용을 최적화할 때 사용하는 방법들이 여러가지가 있습니다. 가장 간단하게 생각하면 구조를 확장해서 새로운 작용기를 추가하는 것이 있습니다. 약물의 작용기가 상보적인 단백질의 작용기와 좀 더 적절한 위치에 오도록 사슬이나 고리를 확장, 축소할 수도 있습니다. 혹은 유사한 작용기로 치환할 수도 있습니다. 이중에는 구조의 견고화 라는 것도 있습니다. (의약화학책을 보면서 설명하지만, 제가 화학을 잘 아는게 아니라 잘못된 표현이 있을 수도 있습니다.) 회전 가능한 결합 줄이는 것인데, 예를들어 회전 가능한 결합을 ring에 포함되게 바꿔서 고정시켜버리거나, 단일 결합으로 이어진 C-C-C-C 같은 구조 사이에 삼중 결합을 집어넣거나, aromatic ..

스테인리스 스틸 연마제

스테인리스 스틸 (스텐) 은 냄비나 프라이팬이나, 보울 같은 많은 주방 기기들에 사용됩니다. 스텐 제품중에는 유광처리가 된 것이 있는데, 이 작업에 연마제를 이용합니다. 이런 제품을 구매했을 때, 연마제가 제대로 제거되지 않은 경우가 많습니다. 예전에는 새로 식기나 요리기구를 사면 그냥 세제로만 닦았는데, 후에 호기심에 기름으로 닦아보고 충격에 빠졌습니다. 한번 보시죠. 최근에 획득한 프라이팬입니다. 기름과 휴지를 준비합니다. 치킨타올과 자동차도 놀란다는 카놀라유를 사용했습니다. 한번 키친타올에 카놀라유를 발라서 닦아봅니다. 뭔가 검은것이 묻어나옵니다. 가장자리를 닦아 봅니다. 이렇게 잔뜩 묻어나옵니다. 연마제 성품은 주로 탄화규소로, 2A군 발암물질이라는 것 같습니다. 여기선 그냥 구매한 제품을 바로 ..

Food 2021.06.26

느슨한 윤리관

정의는 죽었습니다. 죽을 수 밖에 없었다고 생각합니다. 세상은 급변하고 혼란스럽고 살길은 점점 막막해지고... 제가 어린 시절엔 지구촌이나 세계는 한가족이니 하면서 착하게 살라, 이웃에게 친절하게 대하라고 가르쳤지만... 지금은 그렇지 못한 것 같습니다. 정의란 무엇인가... 유학사상에서 전해내려오는 의를 표현하는 말 중 견리사의 견위수명 이라는 말이 있습니다. 이익을 보면 그것이 의로운가 생각하고, 위기를 보면 목숨을 바치라는 말입니다. 논어에 나오는 말로, 안중근 의사께서 좋아하는 말이었다고 합니다. 그 외에도 살신성인 같은 표현이 있겠군요. 훌륭한 생각입니다. 비단 유학사상을 제외하고도, 전통적인 의, 혹은 정의 대한 관념은 비슷했습니다. 약자를, 혹은 자신이 속한 공동체를 위해서 자신을 희생하는것..

이야기 2021.06.24

목적과 수단

뮌헨의 시민전쟁에서 경험한 사실들을 통하여 나는 오래전부터 정견은 큰 소리로 선전하거나 실제로 달성하려고 노력하는 그 목표를 바탕으로 판단할 것이 아니라, 다만 그것을 실현시키기 위한 수단에 따라서 판단해야 한다는 것을 배웠기 때문이다. 부당한 수단은 이미 그 수단을 사용하고 있는 장본인부터 그 명제의 설득력을 스스로 믿지 않고 있다는 사실을 증명하고 있는 것이다. 예로부터 내려오는 원칙, 즉 '악을 위해서는 허락되지 않는 수단이라도 선을 위해서는 허락될 수 있다'는 원칙이 여기서도 적용될 수 있는 것일까? ... 세계사에서 유감스럽게도 되풀이 관철되고 있는 이 견해가 여전히 옳은 것이라면 도대체 누가 선과 악을 결정하는 것일까? ... 어떤 일이 선이냐 악이냐를 결정하는 것은, 그 일의 성취를 위하여 ..

이야기 2021.06.24

어떤 사람이 되어야 할까?

저는 항상 고민합니다. 제 지도교수님이 쓸데없는 고민좀 그만하라고 말씀 하셨을 만큼 고민을 많이 합니다. 그 말을 듣고 깨달음을 얻었습니다. 내가 고민해봐야 소용없는 일을 고민하는것은 의미없는 일이고, 그 시간에 내가 어떻게 할 수 있는 일을 고민하는게 낫다는 것입니다. 제 고민중 하나는 이 험한 현대 사회에서, 한 사람의 사회인, 직업인으로서 어떻게 살아갈 것인가 입니다. (빵상 아줌마의 표현으로는... 어떻게하면 출세할까, 어떻게 하면 돈 많이 벌까? 이소리 랍니다. ) 직장생활에서 제 자세는 이렇습니다. 나는 지금 받는 돈을 받기 위해서 회사를 다니는 것이 아니라, 앞으로 능력과 경험을 쌓고, 가치를 더 높혀서 연봉을 높히기 위해 이 회사를 다니고 있다. 라는 것입니다. 현재 받는 보상은 많건 적건..

이야기 2021.06.21

모험가

미국 대륙을 발견한 크리스토퍼 콜럼버스의 위대성은, 지금까지 동쪽으로만 한정됐던 인도로의 항해를 지구가 구형이라는 것에 착안하여 서쪽으로도 갈 수 있다고 생각한 데 있는 것이 아니었다. 이 아이디어는 이미 다른 사람들이 생각해 온 것이었기 때문이다. 그것은 또 그의 탐험 여행에 대한 세심한 준비도 전문가적인 장비도 아니었다. 이런 일들은 다른 사람들에게도 얼마든지 가능한 일이었을 것이다. 이 역사적 항해에서 가장 중요한 것은 지금까지 알려져 있었던 모든 육지를 떠나, 그때 보유하고 있던 지식으로는 되돌아간다는 일이 불가능해지는 바로 그 지점에서 더 멀리 서쪽으로 뱃머리를 돌린 그 결단에 있었다고 말해야 할 것이다. 마찬가지로 과학에서도 실질적인 신세계는 어느 결정적인 자리에서 지금까지 과학이 서 있었던 ..

이야기 2021.06.19