Novelism

운과 실력

저는 자신이 재수가 없다고 생각합니다. 그런 소리 많이 들은 것 같습니다. 대체로 잘 되는 일은 얼마 없었네요. 운에 기대서 성공한 일도 없고요. 운과 실력은 뭐가 다른것일까요? 어떤 사람은 운도 실력이다.라고 말을 합니다만... 그렇게 생각해도 되는 것일까요? 아마도 통념적으로 꾸준히 작용할 수 있는 것이 실력일 것입니다. 꾸준히 운이 좋다면 그것도 실력이라고 인정하겠지만, 우연히 요행이 일어난 일이 지속되지 않는다면 그저 운 이겠죠. 좋은 운은 오래 지속되지 않는다.라는 가정에서의 이야기입니다만... 반대로 나쁜 운도 오래 지속된다면 그것은 실력이 나쁘다.라고 해석할 수 있는 걸까요? 그렇게 보면 저는 실력이 없는 것이 맞습니다. 그런데 올해 상반기에 운이 좀 좋았습니다. 그래서 저는 궁금..

FragDockRL

오랜만에 논문을 썼습니다.마지막 논문이 2019년도였으니 한참 전이네요. 그동안 회사 다니면서 딱히 논문을 써야 할 필요가 없어서 잘 쓰지 않고 있었습니다.뭐 정부 과제 실적을 위해서 쓰라고 강요하는 사람들이 있긴 했지만, 제가 납득할만한 논문이 될만한 연구는 아니었습니다. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.08.12.670002v1 https://github.com/novelism/FragDockRL GitHub - novelism/FragDockRL: Licensed under a Custom Non-Commercial License. Commercial use requires permission.Licensed under a Custom Non-C..

SMINA를 이용한 tethered docking

vina 계열 도킹 프로그램은 여러 가지가 있습니다. 순정 AutoDockVina 도 있지만, 가장 빠른 qvina 라든가, 사용성이 개선된 smina도 많이 사용됩니다. 이들은 분자의 rotatable bond와 그렇지 않은 본드들을 통해서, 회전할 수 있는 영역과, 한 평면에 위치하는 영역을 구분합니다. 그리고 한 평면에 위치하는 것들은 강체 조각처럼 취급하고 (bond, angle 변화 없는) 회전가능한 영역들에 대해서 torsion 탐색을 합니다. smina 는 flexible side chains docking을 지원합니다. 물론 vina 도 지원합니다. 이것은 flex 옵션으로 들어간 pdbqt에 대해, root로 지정된 조각을 고정시키고 나머지들을 회전시키는 방식으로 구현됩니다. 원래는 여..

신약개발 책에서 감명 깊게 읽은 문장이 있습니다.링컨의 명언이었는데, 나무를 베는데 8시간이 주어진다면 그중 6시간은 도끼를 가는데 쓸 것이다. 라는 말이었습니다. 인터넷 찾아보니 6시간-4시간, 1시간-45분 등으로 다양하네요... 원문이 몇시간인지 모르겠습니다. 네. 현실적이고 훌륭한 말입니다. 근데 말입니다. 일단 저에게 골치아픈 일을 하라고 8시간이 주어진다면 그중 6시간은 맨탈이 나가서 방황하다가 결국 2시간동안 일할 것입니다. 지금이 바로 그렇습니다. 그래서 바쁜데 이런 글을 쓰고 있는 것입니다. 과도한 부담이 주어지면 일이 손에 잡히지 않네요. ㅠㅠ