Novelism

pdbqt 는 Autodock 계열 docking 프로그램 (Autodock, Autodock Vina, Quick vina Smina 등) 에서 사용하는 파일 포멧입니다. 기본적으로 pdb와 유사합니다. 아스피린에 대해서 pdb와 pdbqt 파일을 비교해보겠습니다. 아스피린의 SMILES O=C(C)Oc1ccccc1C(=O)O 입니다. obabel로 3d 구조를 생성해봅시다. $ obabel -:'O=C(C)Oc1ccccc1C(=O)O' -O a.pdb --gen3d $ cat a.py COMPND UNNAMED AUTHOR GENERATED BY OPEN BABEL 3.1.0 HETATM 1 O UNL 1 2.800 -1.310 -0.132 1.00 0.00 O HETATM 2 C UNL 1 2.32..

제가 살면서 경험한 이야기들입니다. 주로 대학원, 학계, 연구소, 벤처 스타트업 분야에 대한 이야기라서 그 이외 분야에선 기준이 다를 수도 있습니다. 일부는 제 대학원생 시절 이야기이기도 하지만... 일단 저는 상당히 무능한 대학원생이었고, 석사 졸업하면서 박사 입학할 때 결심이, 석사과정 때처럼은 하지 말자 였고 박사 졸업한 후 포닥 가면서 한 결심은 박사과정 때보단 더 잘해보자였고... 포닥 하던 연구실 나가면서 그때보다 더 잘해보자... 라고 항상 다시 결심합니다. 포닥하는 동안엔 최근 1년동안의 삶이 이전의 삶보다 더 중요한 것을 많이 배운 것 같다. 라고 느꼈습니다. 그만큼 여러번 분야를 바꾸기도 했고요. 분야 바꾸면 한 1~2년은 상당히 많이 배울 수 있습니다. 이젠 나이가 들어서 실패할만한 ..

고등학생 시절부터 인간의 본성에 대한 탐구에 흥미가 많았습니다. 굳이 말하면 저는 성선설의 신봉자에 속합니다. 이유는 그냥 성악설이 마음에 안들었기 때문입니다. 그런데, 성선설과 성악설은 사실은 인간의 본성에 대한 탐구가 목적이 아닙니다. 인간의 선인가 악인가를 분석하고 밝혀내는 것이 목적이 아니라, 선과 악은 하나의 가정일 뿐이고, 그 이후가 중요합니다. 동양철학에선 성선설과 성악설이 각각 유가와 법가 사상으로 연결됩니다. 인간의 본성이 선이냐 악이냐가 중요한 것이 아니라, 인간의 본성을 존중하고 덕으로 다스릴지, 아니면 법으로 통제해야할지가 사실은 인간의 본성에 대한 논의의 본질이라 생각합니다. 제가 막연히 성악설을 싫어할 수밖에 없었던 이유도 이와 같습니다. 당연히 그때는 고등학생이었고, 제가 학생..

세상엔 돈보다 소중한 것이 있다고 합니다. 제가 한 말이 아니니까 그 말을 한 사람의 의도를 저는 알 수 없습니다. 아무튼 좀 생각을 해봅니다. 저 자신에게 돈보다 소중한 것은 삶, 신념, 명예, 행복 등등인데... (0 순위는 비밀) 소중하다는것은 그것을 위해서 다른것을 희생, 지불할 용의가 있다는 것이라고 생각할 수 있습니다. 우리는 밥을 먹기위해 기꺼이 돈을 지불합니다. 아마도 밥은 돈보다 소중한 것 같습니다. 집을 사기위해서, 입을 옷을 사기 위해서, 컴퓨터를 사기 위해서, 대학에 들어가기 위해서 돈을 지불합니다. 아마도 생존, 그리고 미래에 대한 희망은 돈보다 소중한 것 같습니다. 그런데, 아마도 돈보다 소중한 것이 있다는 말은 이런걸 의미한건 아니겠죠. 아마도 윤리에 대한 이야기였을 것이라 추..

저는 한 사람의 연구자로서 자신의 연구가 세상에 유익하여야 한다고 생각합니다. 그래서 사람들에게 필요한 연구를 하고, 연구성과를 실용화하고 싶었습니다. 한때 제가 하던 연구로 창업을 할 수 있을까 진지하게 검토해본 적이 있었습니다. 팀도 꾸리고 사업 아이템과 사업성 고려도 하고 컨설턴트도 만나고 여러가지를 해봤지만, 결국 여러 이유로 포기했습니다. 그러면서 사업이라는게 무엇일까 생각도 많이 해보게 되었습니다. 처음 생각했던것은 단백질 구조 예측 연구를 활용한 사업이었습니다. 하지만 단백질 구조 예측 그 자체로는 기술 수요도 부족하고, 수익모델을 만들기 어려웠습니다. 무엇보다도, 수요가 있는지 없는지, 누구를 대상으로 사업을 해야할지를 찾기 너무나 어려웠습니다. 처음 컨설턴트 앞에서 기술을 발표했을 때, ..

place.map.kakao.com/1255565067 아향부천인백미 서울 영등포구 도림로 128 (대림동 1051-84) place.map.kakao.com 아향부천인백미는 중국식당입니다. 주 메뉴는 양다리 (+양갈비 등) 구이 무한리필과 훠궈 무한리필입니다. 대림역 12번 출구 근처에 있습니다. 훠궈 단독 무한리필은 인당15000원, 양고기 무한리필+훠궈 무한리필은 인당 22000원입니다. 양다리 크기가 크니까 2인이서 먹기 힘들고, 3인 이상 가야합니다. 2인이서 가면 그냥 양갈비 정도만 드세요. 양다리 비쥬얼이 좋습니다. 비쥬얼은 비쥬얼이고, 먹기 불편하니까 가져가서 썰어다주십니다. 고기는 엄청 부드럽고 맛있습니다. 제가 인터넷에서 사다가 집에서 직접 구워먹어본 것은 이렇게 부드럽지 않던데... ..

인공지능/컴퓨터 기반 신약개발을 연구하려고 한다면, 무엇을 해야할까? 라고 질문한다면 저는 일단 의약화학 (0medicinal chemistry)을 공부 해야 한다고 대답하고 싶습니다. 전 직장에서 저에게 "약을 만든다면서 의약화학을 공부하지 않고서 어떻게 약을 만들 수 있겠습니까?" 라고 하셨던 분이 있습니다. 저는 그 말에 충격을 받고 의약화학책을 열심히 읽었는데, 거기엔 온갓 신약개발 사례들이 적혀 있었습니다. 제대로된 경험도 없는 벤처 회사 입장에선, 신약을 개발해본 경험이 있는 사람 한명이 있다면 얼마를 주고서라도 데려와야 할 것입니다. 그런데, 많은 신약개발 경험들이 담긴 책을 무려 저렴한 가격 10만원 이하에 살 수 있다면... 이것을 공부 안하는게 오히려 이상한 일일 것입니다. 제가 이분야..

저는 인공지능/컴퓨터 기반 신약 개발 연구를 하고 있습니다. 그것은 좀 더 건강하고 좀 더 오래 살기 위해서입니다. 하지만 결국 죽음은 피할 수 없는 일입니다. 그래서 타협한 바가 제가 죽을 때 그래도 내 삶이 가치 있었다고 만족할 수 있게 사는 것입니다. 하지만 저는 아마도 노인이 되고 혼자 살다가 고독하게 죽어갈 가능성이 높습니다. 비단 저뿐만이 아니라, 현대 사회에서 독신 가구, 노인가구는 앞으로도 계속 증가할 것입니다. 하지만 사람은 정서적 유대를 필요로 합니다. 사람은 자신만을 위한 특별한 존재를 필요로 하고 싶습니다. 저는 사람의 마음을 구하기 위한 인공지능 사업을 하고 싶고, 반려 인공지능에서 그런 가능성을 느꼈습니다. 이미 몇년 전, AI 음성 스피커, AI 비서 등이 등장했을 때 저는 사..

분자가 단백질에 결합하는가 여부를 예측하기 위한 여러 방법들이 있습니다. 그들중 일부는 방법이라고 표현하고 싶지도 않을 정도로 허술하지만... docking, Molecular Dynamics, docking 구조 기반 scoring method, 2D 혹은 3D rule , ligand based ML, 단백질 구조기반 ML... 등등 여러 방법이 있습니다. 각각 장단점이 있습니다. 단독으로 사용할 수 없는 방법도 있고, 혹은 단독으로 사용할 때는 별로 좋지 않지만, 다른 방법과 결합했을 때 성능이 크게 향상되는 것도 있습니다. 예를 들자면 docking 구조 기반의 score나, Molecular dynamics 는 초기구조로 docking 구조를 필요로 합니다. docking 자체는 결합 예측 성능..

이 글은 딱히 제대로 검증해서 쓰지 않았습니다. 그냥 재미로 보세요. 아인슈타인은 천재로 유명하지만, 알고보면 재수생에, 취업 재수생에, 공무원 이었습니다. 혁신적인 천재에, 세상의 원리를 행복하게 고민할 것 같지만... 그는 대학을 재수해서 들어갔고... 대학을 졸업하고 취직을 못하고... (아마 교수가 되고 싶었겠죠?) 교사 자리를 구하다가, 과외 전단을 돌리고 그러다가 특허청에 취직했습니다. 세계 최고의 천재가 선택한 직장이 바로 공무원 입니다! 그는 이 땅의 많은 젊은이들과 별반 다른 고민 하지 않았고, 별반 다르지 않은 선택을 했습니다. (대학 어떻게 들어가나... 어떻게 졸업하나.. 어떻게 취직하나... 뭐먹고 사나...오늘 점심메뉴는 뭘까...?) 그러다가 특허청 들어가서 1905년에 특수 ..