Novelism

(추가) AutoDock Vina에서 사용하는 pdbqt 확장자에 대한 설명은 다음 글을 참고하세요. novelism.tistory.com/32 (추가) GUI를 이용한 도킹이나 실행 예제는 https://novelism.tistory.com/259 https://novelism.tistory.com/260 https://novelism.tistory.com/261 를 참고하세요. protein ligand docking 이란? 도킹 시뮬레이션의 1차적인 목표는 단백질-리간드의 결합 구조의 탐색 입니다. 결합 구조를 바꿔가면서 에너지 (혹은 스코어)를 계산해서 에너지가 최소화 되는 구조를 탐색하는 것입니다. 에너지 모델을 사용하니 결합 에너지 (다른 표현으로 binding free energy, 결합력,..

최근 2~3년 정도 사이에 인공지능 신약개발 관련 연구들이 많이 출판되고, 관련 사업을 하는 회사들도 많이 등장하였습니다. 그러나 그런 연구를 하고 있는 제가 봤을 때 신약개발에 실제로 도움이 될만한 연구, 혹은 써봤는데 잘 된다 좋다. 라고 할만한 메소드는 별로 없었습니다. 저는 이제는 좀 다른 접근방법이 필요하다고 생각합니다. 저는 2013년부터 단백질 관련 컴퓨터 시뮬레이션 연구를 하고 있었는데, 단백질 구조예측 분야에선 이미 2000년대 초반부터 머신러닝을 사용해왔기 때문에 머신러닝에 대해서도 관심을 가지고 있었습니다. 그러다가 알파고가 등장하고 딥러닝이 대중적으로 유명해지면서 저도 머신러닝 관련 연구를 시작하였습니다. 한편으론 단백질 구조예측만으론 가치있는 연구를 하기 어렵다는 생각이 들어서 신..

예전에 TV에서 양다리 구이를 보고 맛있어보여서 대림 아향부천인백미에 가서 사먹었는데, 그때까지 먹었던 고기 중 제일 부드러운 맛이었습니다. 양다리+양갈비+훠궈 1인 2만원 무한리필인데, 2명일 때는 양다리 하나를 다 먹기 힘들거라고 양갈비 먹으라고 하더군요. 작년 설에 동네한바퀴 대림 특집이었고, 양다리 가게가 나왔었는데... 아쉽게도 1년간 못갔네요. 어쩌다 충동적으로 양다리를 집에서 구워볼까 해서 한번 구매해봤습니다. 바보연어에서 배송비 포함 33000원에 구매했습니다. 1.7 kg 입니다. 23L 컨벡션 오븐 대각선 방향으로 겨우 들어가네요. 130도 정도에서 2시간 구웠는데, 뼈 때문인지 살짝 핏기가 남아있었습니다.

Welcome to the .... 그냥 무언가 이야기가 하고 싶어서 블로그를 개설했습니다. 요리하는 이야기 컴퓨터로 신약 개발하는 이야기 물리학(을 그만둔) 이야기 음악 이야기 그냥 아무 이야기에 대해 이야기할 계획입니다.