Novelism

여러 연구실에서 주기적으로 그룹미팅을 합니다. 그런데, 어떤 분들은 그 자리를 자신이 업무 보고 받는 자리라고 생각하는 것 같습니다. 전 구성원이 참여했는데, 본인이 듣고 싶은것만 들으려 하고, 질문은 본인만 하고, 본인이 마음에 들지 않으면 발표를 진행하지 못하게 합니다. 솔직히 저는 참여해도 제 일이 아닌거 듣는것도 별로 흥미가 안생기고... 업무 보고를 원한다면 그냥 둘이 만나서 하는게 나은게 아닌가 같은 생각이 듭니다. 업무 보고가 아니라면 좀 더 구성원들이 자유롭게 의견을 교환할 수 있게 운영해야 합니다. 솔직히 그룹미팅 자리에서 듣고 질문하는 것보다는 궁금하면 나중에 직접 만나서 이야기하는게 더 편했습니다. 그리고 그 자리에서 도움을 요구하는 사람도 별로 없고요. 그냥 도움이 필요하면 개인적으..

저는 게임을 좋아합니다. "그런데 문득, 게임의 퀘스트 시스템을 업무에 적용하면 어떨까?" 라는 생각이 들었습니다. 현대사회는 복잡하고 여러 사람들이 협업하려면 모듈화가 필요합니다. 하지만 모듈화는 때때로 원하지 않는 결과를 반납하게 되는 상황이 되기도 합니다. 이럴 때 "프로젝트를 Quest 단위로 모듈화하고, 전체 프로젝트에서 해당 quest의 의미, 목적, 목표, 목표치, 등을 설정하여 관리한다면, 모듈화에 도움이 되지 않을까?" 하는 생각이 들었습니다. 게임에서의 Quest는 Quest를 발주한 사람, Quest에 대한 설명 (목적), 목표치, 기일, Quest를 받기 위한 자격, 보상 등을 포함합니다. 또한 Quest들을 연결해서 하나의 흐름 (Project)을 보여주기도 합니다. 예를 들자면 ..

이미 조금 지난 일이지만, 작년 CASP14에서 딥마인드의 알파폴드 2가 예측 정확도에서 다른 참가자를 크게 제쳐버린 일이 있었습니다. 하지만 아직도 알파폴드2를 제대로 분석한 자료는 보이지 않는 것 같습니다. 딥마인드를 과소평가하는게 아닌가... 그런 생각이 듭니다. 저도 나름 단백질 구조예측 분야를 연구한 경험이 있기에 몇가지 적어볼까 합니다. 먼저, 저는 단백질 구조예측대회 CASP12에 참여하였고 3위안에 드는 그룹 소속으로 주요 저자 중 한명이었습니다. 그리고 correlated mutation 관련된 논문을 2편 쓴 경험이 있습니다. (하지만 그중 한편 도메인 경계 예측은 딥마인드가 도메인 경계 나누지 않고 그냥 모델링 해버렸다고 해서 묻혀버린 분야가 되었습니다.) 굳이 제 이야기를 하는 이유..

한마디로 말하면 Queen은 저에게 여러 이유로 충격적인 밴드입니다. 제가 Queen을 처음 알게된건 대학원생 때였습니다. 인터넷에서 누군가가 장난으로 누나의 뮤직 플레이어에 이상한 곡들을 넣는 장난을 치는 글을 봤는데, 그중 한곡이 Bohermian rhapsody 라서 알게 되었습니다. 뮤직 비디오를 처음 보고 제 감상은, "아... 이거 뭐라 해야하나..." "뭐 이렇게 실험적인 노래가 다 있지?" "아카펠라 밴드인가" "노래가 뭔가 대단한데, 전혀 대중적이지 않은것 같다. 이런거 누가 듣나...? 사람들 앞에서 부를 수 있나...?" "이 밴드는 전위예술가들의 모임인가? 저 옷은 대체 뭐지..." 같은 것들이었습니다. 줄여서... 뭔가 대단한데, 전혀 대중적이지 않은 이상한 장르 음악을 만드는 사..

제가 가장 좋아하는 곡은 Isn't she lovely? 입니다. 좋아하는 이유라면... 사악함이 느껴지지 않아서? 음... 공자님이 시경에 대해 평한 것을 인용했습니다. 子曰, 詩三百, 一言以蔽之, 曰思無邪. 자왈, 시삼백, 일언이폐지, 왈사무사. 사실 무슨 의도로 저런 말을 했는지 저는 정확히 모르겠습니다만... 악의가 없는 순수한 아름다운 마음 이라는 의미로 저는 인용했습니다만... 이 곡은 Stevie Wonder 가 자신의 딸이 태어났을 때 만든 곡입니다. 이 곡에서 She는 Stevie Wonder의 딸 Aisha를 지칭합니다. 곡의 가사는 태어난지 1분도 안된 딸이 사랑스럽다고 아버지가 노래를 부르는 내용입니다. 오직 사랑과 감사와 행복이 느껴지는 곡입니다. 사람으로서 느낄 수 있는 가장 큰..

저는 음악을 사랑합니다. 만약 음악이 없었다면 저는 미쳐버렸을테니까... 세상은 "맨"이 지배합니다. 그리고 그 맨에 대항하여 싸울 수 있는것이 락 입니다. 세상은 슬픔으로 가득 차있습니다. 슬픔을 잊게 해주는게 아니라, 슬픔에 빠져버리게 하는게 아니라, 슬픔을 딪고 일어설 용기를 줄 수 있는 음악을 좋아합니다. 음악은 음악가가 무언가 느끼고 전달하고 싶을 때 태어납니다. 그리고 사람들에게 연주되고 들려지며 자라납니다. 음악에 영혼이 담겨있고, 사람의 이야기가 담겨있습니다.

(추가) AutoDock Vina에서 사용하는 pdbqt 확장자에 대한 설명은 다음 글을 참고하세요. novelism.tistory.com/32 (추가) GUI를 이용한 도킹이나 실행 예제는 https://novelism.tistory.com/259 https://novelism.tistory.com/260 https://novelism.tistory.com/261 를 참고하세요. protein ligand docking 이란? 도킹 시뮬레이션의 1차적인 목표는 단백질-리간드의 결합 구조의 탐색 입니다. 결합 구조를 바꿔가면서 에너지 (혹은 스코어)를 계산해서 에너지가 최소화 되는 구조를 탐색하는 것입니다. 에너지 모델을 사용하니 결합 에너지 (다른 표현으로 binding free energy, 결합력,..

최근 2~3년 정도 사이에 인공지능 신약개발 관련 연구들이 많이 출판되고, 관련 사업을 하는 회사들도 많이 등장하였습니다. 그러나 그런 연구를 하고 있는 제가 봤을 때 신약개발에 실제로 도움이 될만한 연구, 혹은 써봤는데 잘 된다 좋다. 라고 할만한 메소드는 별로 없었습니다. 저는 이제는 좀 다른 접근방법이 필요하다고 생각합니다. 저는 2013년부터 단백질 관련 컴퓨터 시뮬레이션 연구를 하고 있었는데, 단백질 구조예측 분야에선 이미 2000년대 초반부터 머신러닝을 사용해왔기 때문에 머신러닝에 대해서도 관심을 가지고 있었습니다. 그러다가 알파고가 등장하고 딥러닝이 대중적으로 유명해지면서 저도 머신러닝 관련 연구를 시작하였습니다. 한편으론 단백질 구조예측만으론 가치있는 연구를 하기 어렵다는 생각이 들어서 신..

예전에 TV에서 양다리 구이를 보고 맛있어보여서 대림 아향부천인백미에 가서 사먹었는데, 그때까지 먹었던 고기 중 제일 부드러운 맛이었습니다. 양다리+양갈비+훠궈 1인 2만원 무한리필인데, 2명일 때는 양다리 하나를 다 먹기 힘들거라고 양갈비 먹으라고 하더군요. 작년 설에 동네한바퀴 대림 특집이었고, 양다리 가게가 나왔었는데... 아쉽게도 1년간 못갔네요. 어쩌다 충동적으로 양다리를 집에서 구워볼까 해서 한번 구매해봤습니다. 바보연어에서 배송비 포함 33000원에 구매했습니다. 1.7 kg 입니다. 23L 컨벡션 오븐 대각선 방향으로 겨우 들어가네요. 130도 정도에서 2시간 구웠는데, 뼈 때문인지 살짝 핏기가 남아있었습니다.

Welcome to the .... 그냥 무언가 이야기가 하고 싶어서 블로그를 개설했습니다. 요리하는 이야기 컴퓨터로 신약 개발하는 이야기 물리학(을 그만둔) 이야기 음악 이야기 그냥 아무 이야기에 대해 이야기할 계획입니다.