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코끼리를 냉장고에 넣는 방법과 소통에 대한 이야기

코끼리를 냉장고에 넣는 방법이라는 이미 나온 지 한참 지난 주제가 있습니다. 다양한 직종 사람들이 자신의 전문성에 맞는 다양한 해결책을 제시합니다. 코끼리를 잘라서 넣거나, 냉장고를 매우 크게 만들거나, 새끼 코끼리를 넣거나... 교수가 시키면 대학원생이 알아서 한다는 결론도 있습니다. 별 의미 없는 황당한 주제인데도 이것이 인기를 끌었던 이유는 정말 세상엔 엉뚱하고 황당한 지시를 받는 일이 많기 때문이라고 생각합니다. 저는 여러 직장을 다니면서 다양한 사람들과 일을 한 경험이 있습니다. 대다수의 일을 지시하는 사람은, 그 일을 왜 해야 하는지, 무엇을 원하는지 명확히 전달하지 않은 채로 이것 해와 라는 식으로 일을 던져줍니다. 하지만 그런 식으로 지시한다면, 만족스러운 결과가 나오기는 상당히 어렵습니다..

이야기 2022.07.23

메가쇼 팔도밥상페어, 초복 핫도그

오늘은 초복입니다. 별로 덥진 않았지만... 수원컨벤션센터에서 하는 팔도밥상페어에 다녀왔습니다. 많이 사왔습니다. 한산 소곡주 1.8L 3만원, 가문어 (훔볼트 오징어 다리) 3만원 (서비스로 슬라이스 1봉), 버터 오징어채 3봉 2만원 아귀포 2만 원 반건 무화과+ 은행 튀김 1.5만원 황금박대 꾸이 3개 2만원 김부각 2개 1만원(4개 19000원에 사서 3명이서 나눠가짐...) 제주 우도 땅콩 막걸리 + 오메기 막걸리 1 만원 경동시장 고노와다 + 새우 비빔장 9500원 미드도 사고 싶었는데 품절돼서 철수했네요. 대추야자도 안보였습니다. 복날은 개도 더워서 늘어진다는 의미니까 핫도그를 사 먹었습니다.

Food 2022.07.16

돼지 목살 염지 풀드포크, 햄 만들기

원래는 풀드포크를 만들려고 했는데, 어쩌다 보니 중간에 햄이 되었습니다. 원래 계획대로 더 익혀서 풀드포크로 만들어버렸습니다. 이전에 만든 풀드포크는 염지를 하지 않고 만들었는데, 저는 별로 돼지 냄새를 좋아하지 않고, 좀 싱거운 느낌이 있어서 이번에는 향신료와 소금을 이용해서 염지를 먼저 했습니다. 수입산 냉동 되지 목살은 별로 비싸지 않습니다. 2kg에 2만 5천 원 정도 했던 것 같습니다. 냉장고에서 천천히 해동해줍니다. 해동이 끝나면 소금물에 4시간 정도 담가서 핏물을 제거합니다. 그동안 향신료를 끓여줍니다. 재료는 소금 (라면보다 살짝 짜다는 느낌이 들 정도, 마시고 싶지 않은 수준으로), 설탕, 피클링 스파이스(정향, 코리앤더, 겨자 등), 후추, 바질, 마늘, 마른 고추 아무거나, 월계수 잎..

Food 2022.07.04

소고기 부채살 육전 만들기 (원육, 로스트 비프, 부챗살, 낙엽살)

으... 선배가 로스트 비프 사진을 보고 딸기 초코 케이크냐고 묻네요. 저는 소고기 중에서도 부챗살을 좋아합니다. 왜냐하면 다른 부위에 비해서 저렴하면서도, 다양한 요리를 만들 수 있고, 특히 콜라겐 힘줄이 (잘 익히면) 맛있기 때문입니다. 그리고 근막도 오래 삶거나 구워 먹으면 나름 독특한 맛이 납니다. 보통 사람들은 힘줄이나 근막은 버리지만... 로스로 구워도 좋고 스테이크 해 먹어도 좋고, 로스트비프 만들어도 좋고 수비드도 좋고, 삶아서 장조림 해도 좋고, 갈비찜 같은 양념 해서 조려 먹어도 좋고... 사실 최초로 수비드 도전했을 때 사용한 부위가 부챗살이었습니다. https://novelism.tistory.com/230 참고 예전에 처음 냉동 부챗살 원육을 발견했을 때 2.5kg에 2만 7천 원..

Food 2022.07.03

chimera GUI에서 docking (vina) 사용법: 3. chimera로 도킹하기

이전 글 https://novelism.tistory.com/259 https://novelism.tistory.com/260 설치는 이전에 했고... 일단 pdb파일에서 receptor와 ligand를 분리해야 합니다. 3HMM.pdb 를 3HMM_receptor.pdb 로 복사합니다. 편집은 메모장이나 워드패드를 사용하면 됩니다. 여기서 HETATM 중 residue id가 855인 행들을 선택해서 잘라냅니다. 이 855는 pdb 에서 사용하는 ligand 의 고유 ID가 됩니다. 잘라내고 남은 빈 줄은 지웁니다. 3HMM_855.pdb 라는 빈 파일을 만들고 잘라 넣은 내용을 붙여 넣습니다. 텍스트 파일을 만들어서 확장자면 pdb로 고치면 됩니다. 이 ligand의 atom index는 2356 부..

chimera GUI에서 docking (vina) 사용법: 2. pdb 파일 구하기

이전 글 https://novelism.tistory.com/259 다음 글 https://novelism.tistory.com/261 원하는 타겟 단백질에 대한 단백질 코드는 Uniprot 에서 확인하실 수 있습니다. 며칠 사이에 홈페이지 GUI가 업데이트 되었네요. 좌측은 예전, 우측은 바뀐 버전입니다. 검색창에서 TGFR1이라고 검색해봅시다. TGFR1_HUMAN에 해당하는 P36898을 클릭합니다. 쭈욱 내리다보면 Structure 가 나옵니다. pdb 코드들은 여기서 얻을 수 있습니다. 저는 주로 이 리스트를 복사해다가 파일에 붙여 넣고 전부 pdb 구조를 다운로드한 후에 pymol 로 구조 정렬 후 살펴봅니다. 다음은 리스트의 pdb 들을 다운받는 코드입니다. dw_pdb.py #!/usr/b..

chimera GUI에서 docking (vina) 사용법: 1. 프로그램 설치

다음 글 https://novelism.tistory.com/260 https://novelism.tistory.com/261 도킹 시뮬레이션에서 GUI를 사용하는 것은 장점도, 단점도 있습니다. 장점은 사용하기 쉽고, docking box 를 확인하기 쉽다는 것이고, 단점은 다양한 옵션을 활용하기 어렵고, 대량의 도킹을 진행하기 어렵다는 것입니다. 저는 스크립트를 통해 자동화를 할 때도 한번 정도는 chimera로 docking box를 확인을 하고 시작합니다. chimera만이 아니라, pymol 도 사용하고 있지만... chimera vina에는 autodock tools (prepare_receptor4.py)이 포함되어있습니다. pdb를 pdbqt로 변환할 때 사용합니다. 일단 윈도우를 기반으로..

노력이 허사가 될 때...

인생은 짧습니다. 사람이 태어나서 죽을 때까지 할 수 있는 일은 별로 많지 않습니다. 아무리 짧은 시간이라도 유한한 인생에서 헛되이 써선 안되는 소중한 시간입니다. 그래서 저는 소중한 인생을 투자해서 한 일이 허사가 되는 것이 슬프고 화가 납니다. 누구나 자신이 추구하는 무언가를 위해서 노력합니다. 노력에는 보답이 따라야만 의미가 있습니다. 애초에 아무리 노력해도 추구하는 바를 이룰 수 없다고 정해져 있다면 그런 노력에 무슨 의미가 있겠습니까? 아무리 가능성이 낮을지라도, 불가능이 아닐 때에 의미가 있습니다. 좋은 관리자는 노력의 결과물을 헛되게 하지 않는 사람이라고 생각합니다. 애초에 어떻게 쓰일지 생각하지도 않은 것을 만들라 하고 만들어졌지만 활용하지 못하고 폐기된다면 대체 그런 일에 인생을 쏟아부은..

이야기 2022.07.02

conda 로 pymol, openbabel 설치시 주의사항

pymol-open-source=2.5, openbabel=3.1.1 기준입니다. conda를 이용해서 이들을 설치할 때 순서를 잘 선택해야 합니다. conda install -c conda-forge openbabel conda install -c conda-forge pymol-open-source 이 순서로 설치 시... conda 사용 중에 매우 보고 싶지 않은 다음과 같은 것이 출력됩니다. Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve. Solving environment: failed wi..

TGFR1 DUD-E dataset 단백질 구조기반 분자 선별

TGFR1 에 대한 단백질-리간드 결합 구조 분석은 https://novelism.tistory.com/253 단백질-리간드 결합 구조와 스크리닝 예시: TGFR1 inhibitor TGFR1 (Transforming growth factor beta receptor type-1 or TGFBR1)와 저해제들의 co-crystal 구조입니다. TGFR1 는 Tyrosine Kinase Inhibitors의 일종으로, 아래 그림은 ATP가 결합하는 포켓에 결합하는 저해.. novelism.co.kr 를 참고하세요. DUD-E dataset에 있는 TGFR1의 active와 decoy에 대해 단백질 구조 기반으로 분자 선별한 결과입니다. 사용한 pdb id는 3 HMM입니다. 여기서 두가지 옵션을 비교하였습..