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데이터 시대의 신약개발

변화를 배우는 방법은 역사를 공부하는 것입니다. 역사는 어느 정도 연속적이고 방향성을 가지고 있습니다. 과거와 현재를 안다면, 미래에 어떤 방향으로 나아갈지 대략적으로 예측할 수 있습니다. 신약개발에 대해 공부하면서 앞으로 어떻게 변해갈지 생각하고 있습니다. 제가 아는 지식은 정말 좁은 수준이지만, 그래도 중요한 흐름을 잡을 순 있을 것 같습니다. 약의 역사는 인간의 역사만큼이나 오래되었습니다. 아마도 근대 이전의 의학에 대해 신뢰하지 않는 사람이 많겠지만, 현대의 신약개발 사례에서도 과거 문헌에서 도움을 얻은 사례들도 있습니다. 어떤 과학이든 얼마나 많은 실험 데이터가 쌓이는가와 가설을 어떻게 검증하는가가 발전의 핵심인데, 후자에 대해선 과학적 방법론이 발달하기 전의 연구를 신뢰하기 어렵다고 쳐도, 전..

냉면 육수에 해물을 넣는다면...?

냉면에 해물(새우, 오징어, 바지락)을 고명으로 자주 사용하는데 잘 어울립니다. 예전에 냉면에 오징어 무국을 섞어봤는데, 맛있었습니다. 오늘 냉면을 끓여먹는 김에 전에 만들어둔 홍합 국물을 조금 넣어봤는데 괜찮았습니다. (염도가 낮아졌다는 점만 제외하면...) 다음에 여유가 되면 홍합 진하게 끓이고, 오징어도 좀 끓여서 냉면 육수로 사용해봐야겠습니다. 홍합은 해물중에서 국물 가성비가 좋습니다.

Food 2022.10.11

CADD 기초 예제 정리중 (22.10.07 갱신)

제가 처음 포닥 생활을 한 연구실에선 처음 들어온 사람을 위한 assignment가 있었습니다. 일부 너무 극악한 문제도 있었지만, 입문자한테 적당한 문제를 제시하고 그것을 풀라고 하는 것은 좋은 방법이라 생각합니다. (6개월~1년간 assignment만 하다가 울면서 나간 사람들도 여럿 있지만...) 저도 이 분야를 시작하는 사람들에게 단순히 설명해주는 방식으로 교육하는 것보다는, 어떤 것이 필요한지 제시해주고 그것을 스스로 풀어가는 과정을 통해서 기초 지식과 해결능력을 배울수 있게 해야 한다고 생각합니다. 그래서 CADD 및 인공지능 신약개발에 필요한 기초 지식들을 정리해보려고 합니다. 제가 하는것이 단백질 구조기반 접근방법이다보니 그것들 위주로 작성합니다. * 1. 리눅스 운영체제 및 서버환경에서 ..

순대 구이, 아귀 검보

순대는 오븐에 구워 먹어도 맛있습니다. 찜통에 찌는 것보다 더 편합니다. 너무 고온에서 구울 경우 터집니다. 한 140도 정도에서 10분정도 구웠습니다. 귤이나 오렌지나 레몬 같은게 있으면 순대에 뿌려도 좋습니다. 간장에 절인 마늘이 어울립니다. 이번엔 훔볼트 오징어와 아귀살을 넣고 검보를 만들어봤습니다. 원래는 아귀살 튀김과 오징어 튀김을 만들려고 했는데, 집이 난장판이 될 것 같아서 그냥 검보를 만들었습니다. 아귀살은 복어와 비슷하다고 생각합니다. 가격은 상당히 차이가 크지만... 아귀살로 튀김을 만들면 복어 튀김과 얼마나 차이가 날지 좀 궁금해서 조만간 해봐야겠습니다.

Food 2022.10.05

인공지능신약개발 스터디 모임 카페 개설

https://cafe.naver.com/scaidd/ 일단 개설했습니다. 네이버 밴드는 좀 불편해서 카페로 다시 만들었습니다. 아는분들이 가입을 해주시긴 했지만, 아무도 글을 남겨주지 않는군요. 컨텐츠 좀 채우고 공개해야할까 고민했는데... 어짜피 저 혼자서 글 쓸거면 블로그하고 아무런 차이가 없다는 생각이 들어서 그냥 공개합니다. 제가 업무로 하는 일은 아니지만, 오프라인 모임을 할 경우 제직장에서 후원(장소나 식비 등) 해줄 수 있다고 합니다.

요리와 인공지능

"인공지능으로 요리 개발이 가능할까?"라는 질문을 던진다면, 저는 가능하다고 생각합니다. 그런 생각이 든 계기는 랍스터 크래커 잭을 봤을 때입니다. 요리 경연대회에 출연한 출연자가 랍스터 크래커 잭이라는 듣도 보도 못한 요리를 만들었습니다. 여기서 크래커 잭이란 캐러멜 팝콘입니다. 랍스터를 넣은 캐러멜 팝콘 같은 요리입니다. 심사위원들은 다들 경악했지만, 정작 먹어보고 너무 맛있어서 놀랐습니다. 왜 그 요리를 부정했을까요? 간단합니다. 그냥 생소하니까... 그런 요리는 상식 안에 없으니까... 그런 요리가 없다는 상식을 잠시 버려두고, 그냥 다른 상식만 가지고 생각을 해봅시다. 달고 짠 것은 기본적으로 맛있습니다. 랍스터나 캐러멜이나 강한 향을 가지거나 다른 재료와 어울리지 못하는 재료는 아닙니다. 랍스..

Food 2022.09.28

머루 포도 주스 만들기

매년 만드는 포도주스 올해도 만들었습니다. 마트에서 3kg에 2만 원에 파는 머루 포도를 6kg 샀습니다. 4만 원 이상 주문하면 무료배송이라... 상태 좋고, 당도도 좋습니다. 열심히 세척하고 물기를 제거합니다. 굳이 물 좀 있어도 상하진 않습니다. 씨도 있고 해서 믹서는 쓰지 않고 손으로 으깼습니다. 바로 으깼을 때는 색이 별로 좋지 않습니다. 포도씨 믹서로 갈면 아린 맛이 납니다. 서늘한 그늘에서 하루 이틀 정도 두면 과육이 삭으면서 주스가 많이 나옵니다. 너무 방치하면 곰팡이 같은 것이 생길 수도 있으니 하루에 한두 번 적당히 저어줍니다. 체로 한번 걸렀습니다. 적당히 단맛이 납니다. 거른 것은 냉장고에 보관합니다. 그대로 마셔도 되는데, 방치하면 알코올 발효가 됩니다. 알코올 발효 진행되면서 탄..

Food 2022.09.24

돼지 목뼈 순살 감자탕 끓이기, 뼈 없는 돼지 뼈찜 만들기

감자탕은 한 10년 만에 만들어보는 것 같습니다. 대학원생 시절에 여러 번 만들었던 것 같은데, 그 후에 이사 간 동네에 좋은 감자탕집이 있어서 굳이 직접 만들어먹지 않았던 것 같네요. 뭐 대학 근처에도 좋은 곳은 있었지만... 감자탕을 끓일 때는 뼈가 분리될 정도로 끓여야 국물에 깊은 맛이 나옵니다. 좀 더 오래 끓이면 아예 뼈가 으스러지기도 합니다. 아무튼 감자탕을 먹는데 뼈가 뚝뚝 분리되지 않는데 맛이 난다면, 그냥 조미료 맛이라고 생각하시면 됩니다. 감자탕은 적당히 괜찮은 고기를 오래 끓이기만 해도 맛이 좋습니다. 국밥은 정성입니다. 일단 인터넷에서 돼지 목뼈 6kg를 샀습니다. 저 가격표는 안 맞는 거니까 무시하시고.. 대충 3만 원 정도였습니다. 돼지 목뼈는 등뼈에 비해 살이 더 많이 붙어있습..

Food 2022.09.19

컴퓨터, 인공지능 활용 신약개발 스터디 모임 커뮤니티

제가 생각하기에 올바른 협업은 서로를 존중하고 서로를 배우려는 자세에서 시작합니다. 저는 현 단계에서 컴퓨터와 인공지능이 가야할 길은, 지금까지 사람들이 신약을 어떻게 개발해왔는지를 배우고, 그 방법론을 컴퓨터로 구현하고 자동화하여 더 많은 검토를 가능하게 하거나, 인간 전문가가 분석에 필요한 도움을 주어 업무 효율성을 높히는 것이라 생각합니다. 인공지능 신약개발 분야는 현재 어려운 상황입니다. 인공지능 신약개발이 도입된지도 5년 정도 되어 가지만, 여전히 누구라도 인정할만한 성공 사례는 없고, 투자 위축으로 많은 회사들이 어려움을 겪고 있습니다. 이미 사업을 철수한 회사나, 무급 휴직중인 회사도 있다고 합니다. 인공지능 신약개발은 사기가 아니냐? 라는 말까지도 나오고 있다고 합니다. 종사자로서 대답하기..