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이전 글 https://novelism.tistory.com/259 https://novelism.tistory.com/260 설치는 이전에 했고... 일단 pdb파일에서 receptor와 ligand를 분리해야 합니다. 3HMM.pdb 를 3HMM_receptor.pdb 로 복사합니다. 편집은 메모장이나 워드패드를 사용하면 됩니다. 여기서 HETATM 중 residue id가 855인 행들을 선택해서 잘라냅니다. 이 855는 pdb 에서 사용하는 ligand 의 고유 ID가 됩니다. 잘라내고 남은 빈 줄은 지웁니다. 3HMM_855.pdb 라는 빈 파일을 만들고 잘라 넣은 내용을 붙여 넣습니다. 텍스트 파일을 만들어서 확장자면 pdb로 고치면 됩니다. 이 ligand의 atom index는 2356 부..

이전 글 https://novelism.tistory.com/259 다음 글 https://novelism.tistory.com/261 원하는 타겟 단백질에 대한 단백질 코드는 Uniprot 에서 확인하실 수 있습니다. 며칠 사이에 홈페이지 GUI가 업데이트 되었네요. 좌측은 예전, 우측은 바뀐 버전입니다. 검색창에서 TGFR1이라고 검색해봅시다. TGFR1_HUMAN에 해당하는 P36898을 클릭합니다. 쭈욱 내리다보면 Structure 가 나옵니다. pdb 코드들은 여기서 얻을 수 있습니다. 저는 주로 이 리스트를 복사해다가 파일에 붙여 넣고 전부 pdb 구조를 다운로드한 후에 pymol 로 구조 정렬 후 살펴봅니다. 다음은 리스트의 pdb 들을 다운받는 코드입니다. dw_pdb.py #!/usr/b..

다음 글 https://novelism.tistory.com/260 https://novelism.tistory.com/261 도킹 시뮬레이션에서 GUI를 사용하는 것은 장점도, 단점도 있습니다. 장점은 사용하기 쉽고, docking box 를 확인하기 쉽다는 것이고, 단점은 다양한 옵션을 활용하기 어렵고, 대량의 도킹을 진행하기 어렵다는 것입니다. 저는 스크립트를 통해 자동화를 할 때도 한번 정도는 chimera로 docking box를 확인을 하고 시작합니다. chimera만이 아니라, pymol 도 사용하고 있지만... chimera vina에는 autodock tools (prepare_receptor4.py)이 포함되어있습니다. pdb를 pdbqt로 변환할 때 사용합니다. 일단 윈도우를 기반으로..

인생은 짧습니다. 사람이 태어나서 죽을 때까지 할 수 있는 일은 별로 많지 않습니다. 아무리 짧은 시간이라도 유한한 인생에서 헛되이 써선 안되는 소중한 시간입니다. 그래서 저는 소중한 인생을 투자해서 한 일이 허사가 되는 것이 슬프고 화가 납니다. 누구나 자신이 추구하는 무언가를 위해서 노력합니다. 노력에는 보답이 따라야만 의미가 있습니다. 애초에 아무리 노력해도 추구하는 바를 이룰 수 없다고 정해져 있다면 그런 노력에 무슨 의미가 있겠습니까? 아무리 가능성이 낮을지라도, 불가능이 아닐 때에 의미가 있습니다. 좋은 관리자는 노력의 결과물을 헛되게 하지 않는 사람이라고 생각합니다. 애초에 어떻게 쓰일지 생각하지도 않은 것을 만들라 하고 만들어졌지만 활용하지 못하고 폐기된다면 대체 그런 일에 인생을 쏟아부은..

pymol-open-source=2.5, openbabel=3.1.1 기준입니다. conda를 이용해서 이들을 설치할 때 순서를 잘 선택해야 합니다. conda install -c conda-forge openbabel conda install -c conda-forge pymol-open-source 이 순서로 설치 시... conda 사용 중에 매우 보고 싶지 않은 다음과 같은 것이 출력됩니다. Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve. Solving environment: failed wi..

TGFR1 에 대한 단백질-리간드 결합 구조 분석은 https://novelism.tistory.com/253 단백질-리간드 결합 구조와 스크리닝 예시: TGFR1 inhibitor TGFR1 (Transforming growth factor beta receptor type-1 or TGFBR1)와 저해제들의 co-crystal 구조입니다. TGFR1 는 Tyrosine Kinase Inhibitors의 일종으로, 아래 그림은 ATP가 결합하는 포켓에 결합하는 저해.. novelism.co.kr 를 참고하세요. DUD-E dataset에 있는 TGFR1의 active와 decoy에 대해 단백질 구조 기반으로 분자 선별한 결과입니다. 사용한 pdb id는 3 HMM입니다. 여기서 두가지 옵션을 비교하였습..

Autodock Vina 변종중 하나인 smina에서 사용하려고 만든 금속이온에 대한 결합력 스코어입니다. smina --custom_scoring custom_scoring.txt 옵션을 추가해주면 됩니다. custom_scoring.txt 파일엔 다음 내용을 넣어줍니다. 일단 weight parameter는 -1.0으로 설정했지만, 도킹이 잘 안될경우 더 증가시키는 방향으로 조절할 수 있습니다. $ cat custom_scoring.txt -0.035579 gauss(o=0,_w=0.5,_c=8) -0.005156 gauss(o=3,_w=2,_c=8) 0.840245 repulsion(o=0,_c=8) -0.035069 hydrophobic(g=0.5,_b=1.5,_c=8) -0.587439 non_..

중국식 가지볶음입니다. 가지를 적당히 썰어서 기름에 튀깁니다. 기름을 많이 넣지 않으면 죄다 가지에 흡수당해서 기름이 전부 사라집니다... 하지만 익으면서 다시 배출됩니다. 그래도 많이 넣고 제대로 튀겨지도록 하는 것이 맛있습니다. 제대로 안튀겨지면 별로입니다. 완전히 흐물흐물할 때까지 튀겨야 합니다. 적당히 튀겨지면 마늘, 고추, 파도 넣고 30초~1분 정도 튀기다기 기름을 따라내고 굴소스를 넣고 볶아줍니다. 사실 아래 사진에선 완벽하게 튀겨지지 않았습니다. 이거보다 좀 더 튀겨야 합니다. 그냥 하는 김에 (냉장고에 부추가 남아서) 만든 계란 토마토 볶음입니다.

TGFR1 (Transforming growth factor beta receptor type-1 or TGFBR1)와 저해제들의 co-crystal 구조입니다. TGFR1 는 Tyrosine Kinase Inhibitors의 일종으로, 아래 그림은 ATP가 결합하는 포켓에 결합하는 저해제들입니다. 이렇게 보면 당연히 잘 안보이고, 클러스터들끼리 모아보겠습니다. 여기에 찍힌 구조들의 PDBID,ChainID, Ligand ID, 클러스터 번호는 다음과 같습니다. 1PY5A PY1 1 1RW8A 580 1 1VJYA 460 1 2WOTA ZZG 2 2WOUA ZZF 2 2X7OA ZOP 3 3FAAA 55F 1 3GXLA QIG 4 3HMMA 855 4 3KCFA JZO 1 3TZMA 085 1 4X0MA..

보통 연구 논문의 가치를 평가할 때, 인용수를 평가지표로 사용합니다. 개별 논문의 인용수를 직접 보지 않는다면, 대신 저널의 평균 인용 수라 할 수 있는 impact factor를 봅니다. 지표는 지표이고, 본질이 더 중요하다는 사실을 잊어선 안됩니다. 그래서 이 지표가 보려는 본질은 무엇일까요? 논문의 가치라는 것이 무엇일까요? 사실 모든 분야에서 그건 크게 다르지 않습니다. "좋은 영향력"입니다. 이 작품이, 후세 작품들에 얼마나 큰 영감을 미쳤는가, 사람들에게 얼마나 감흥을 불러일으켰는가 세상을 얼마나 어떻게 바꿔놨는가? 인용 수라는 게 그런 것을 보여주는 지표입니다. 즉, 좋은 연구의 가치는, 얼마나 세상에 유익한지, 얼마나 파급효과가 큰지, 얼마나 다른 연구에 영감을 불어넣었는지... 얼마나 그..