Novelism

이번 글에선 제가 사용하고 있는 fragment 기반 혹은 substructure 기반 약물 가상탐색에 대해 이야기하겠습니다. 최근 몇 년 동안, docking을 이용한 대규모 가상 스크리닝 (virtual-highthroughput screening, VHTS) 연구들이 상위 IF 저널인 nature 저널 및 그 자매지에 출판되고 있습니다. Ultra-large library docking for discovering new chemotypes | Nature An open-source drug discovery platform enables ultra-large virtual screens - PubMed (nih.gov) A practical guide to large-scale docking | ..

PDB 파일 포맷은 단백질과 그 외 분자들의 실험 구조를 기록하기 위해 사용됩니다. (주로 x-ray 결정 구조) 다른 분자 파일 포맷과 비교하면, 단백질 구조를 기록하는 것에 최적화되어있습니다. 3D 구조에 대한 섹션은 "ATOM ", "HETATM", "CONECT" 이 셋입니다. 단백질의 구조를 기록하는데 최적화되어있다는 의미는, 분자를 아미노산 단위로 인식한다는 것입니다. 20가지의 기본 아미노산들에서, 각 원자들마다 고유의 이름이 붙습니다. (4칸) main chain에 " N ", " C ", " CA ", " O " 이 있고, side chain은 " CB ", " CG " 순으로 기록됩니다. 그리고 원자마다 속한 아미노산의 3 코드가 함께 기록됩니다. 이 두가지 정보만 가지고 원자들 사이의..

얼마 전까지 면접관의 입장이었다가, 면접자의 입장이 되어보니 좀 더 여러 가지가 보이기도 하고, 아쉬움도 남네요. 면접관 입장에선 면접자들이 질문의 의도를 잘못 이해하는 것에 유감스럽게 생각했지만, 면접자의 입장이 되어보니 저도 그렇게 답변을 잘 하진 못하는 것 같습니다. 어차피 짧은 시간 안에 명언급 답변을 하는 것은 어려운 일입니다. 영화나 소설은 작가가 열심히 고민하면서 대사를 만든 것이지, 현실의 대화는 아니니까요. 제가 생각하기에 유능한 사람은, 머리 좋고 타고난 재능이 있고 실력이 있는 사람이 아니라, 대화가 되는 사람입니다. 인간이 혼자 사는 게 아닌데, 결국 업무적인 일은 상대가 무엇을 원하는지 알고, 자신이 무슨 일을 해야 하는지 이해하고 상대가 만족할 수 있는 결과를 가져오는 것입니다...

서로 다른 사람이 실험해서 얻은 pdb 파일은 좌표가 제각각이라 구조를 비교를 하기 전에 먼저 정렬을 먼저 해야 합니다. pymol은 RMSD가 최소가 되도록 구조 정렬을 해줍니다. RMSD보다는 TMscore가 더 장점이 있긴 하지만, TMscore와 TMalign으로 정렬을 하는 건 조금 불편합니다. 그래도 TMscore나 TMalign도 최근엔 구조 정렬 결과를 결과 파일로 출력해서 pymol에서 읽어올 수 있도록 하는 기능을 지원합니다. 먼저 pymol *.pdb 로 EGFR에 대한 구조들을 읽어오겠습니다. 제일 마지막에 읽어 들인 구조에 맞춰서 화면이 출력되었습니다. pymol에서 구조 정렬하는 옵션으로 align과 alignto 가 있습니다. align은 특정 구조를 reference구조에 대..

pymol에 다양한 기능이 있지만, 그중 많이 사용하는 기능 중 하나가 단백질-리간드 상호작용 보기입니다. 예시 PDB 는 EGFR kinase domain (wild type)에 Iressa (gefitinib)가 붙은 구조입니다. pdb ID 는 2ITY이고, 리간드 ID는 IRE입니다. 다운로드하고 pymol을 실행합니다. $ wget https://files.rcsb.org/download/2ITY.pdb $ pymol 2ITY 아래 같은 화면이 출력됩니다. 여기서 2ITY 옆의 A 버튼 (Action)을 누릅니다. 그러면 preset 설정들이 나오는데, 이중 ligands를 선택합니다. 그럼 우측처럼 단백질 구조가 ribbon diagram으로 바뀌고, 리간드 중심으로 화면이 포커스 됩니다. l..

pymol 은 단백질 및 분자의 3D 구조를 보고 분석하기 위한 프로그램입니다. 슈뢰딩거에서 만들었지만, open-source 버전도 있습니다. 둘 다 사용해봤지만, open-source 버전에서 별다른 단점은 발견하지 못했습니다. GUI와 python 인터페이스를 지원합니다. 단지 구조를 보기만하는것이 아니라, 기능을 숙지해두면 다양한 분석이 가능합니다. 외부 python 코드나 플러그인과 연계해서 더 많은 기능들을 사용할 수 있습니다. 좀 쓰기 불편하지만, pymol로 3D 기반으로 단백질과 상호작용하는 ligand 를 직접 설계하는 것도 가능합니다. 최근엔 버전 2 이상의 pymol open source 설치가 쉬워졌습니다. ubuntu 계열 apt 설치: sudo apt update sudo ap..

대학원생 시절 제 마음의 안식처였던 환경플랜트입니다. 한때 토끼, 닭, 청둥오리 같은 것도 길렀었죠. 조용하고 산책하기 좋은 곳입니다.

보기만 괜찮아 보이는 가지볶음... 아직도 사먹는거에 비하면 훨씬 못합니다.

명란과 대구 이리, 새우, 소고기, 양파, 당근, 표고버섯, 애호박이 들어간 카레라 말하기 어려운 카레 끔찍한 혼종의 식사입니다.

예전 폰 사진을 보고 있는데, 어묵 포장지 사진이 보이네요. 맛있어서 또 사 먹으려고 찍어둔 것 같습니다. 어육 함량이 90% 이상이군요.