'분류 전체보기' 카테고리의 글 목록 (23 Page)

유용한 cheminfomatics 툴들

많은 툴들이 있지만, 제가 사용하는 것들 위주로 올립니다. python 모듈: rdkit - python cheminformatics 모듈입니다. openbabal - cheminformatics 프로그램입니다. python module (pybel)로도 사용할 수 있습니다. 분자 그림 그리는 툴: marvin JS: marvin Sketch의 웹버전 정도로 생각할 수 있습니다. https://marvinjs-demo.chemaxon.com/latest/index.html ChemDraw: 비슷한 툴인데, 합성 하시는 분들이 많이 쓴다고 합니다. https://chemdrawdirect.perkinelmer.cloud/js/sample/index.html SMILES 을 붙여넣어서 입력할 수도 있고, 그..

Drug/Computer-Aided Drug Discovery 2022.04.21

닭강정의 추억... 이가닭강정 고한점 (하이원 리조트)

저는 먹는 것보다는 요리하는 것을 좋아합니다. 아니, 그것은 욕구입니다. 인간에겐 많은 욕구가 있지만, 저에겐 요리하고 싶다는 욕구가 있습니다. 요리하지 않으면 욕구불만이 생겨버립니다. 한때, 저는 이미 닭튀김에 새로움은 없다.라고 생각하고 있었습니다. 하지만, 하이원 리조트에 출장 가서, 이가 닭강정을 주문해먹었을 때 저는 신세계를 발견하였습니다. 바쓰라고 하는 중국식 맛탕이 있습니다. 한국식 맛탕과의 차이는, 설탕을 기름에 튀겨서 튀긴 고구마에 얇게 묻히고 사탕처럼 굳힌 것입니다. 이가 닭강정은 바쓰처럼 겉이 설탕으로 코팅되어 바삭하게 부서졌습니다. 튀김옷이 바삭한 게 아니라, 코팅으로 바삭한 맛을 내다니... 그것은 치킨의 신세계라 할 수 있었습니다. 그때까지 느껴보지 못한, 치킨의 새로운 가능성을..

이야기 2022.04.19

bashrc 설정, 생성되는 파일 권한 설정

bash는 리눅스에서 많이 사용되는 쉘 환경 중 하나입니다. .bashrc는 bash 의 유저 설정 파일입니다. 새 터미널이 bash 로 시작되면. profile 이 먼저 읽어집니다. .profile을 열어보면 $HOME/.bashrc 파일이 있으면 $HOME/.bashrc 파일을 source에 추가하라고 되어있습니다. . $HOME/.bashrc 라 적힌 줄이 있습니다. 리눅스에서 . 은 source 명령어와 같습니다. source나 . 은 현재 쉘에 스크립트 파일을 적용하라는 의미입니다. 스크립트 파일이 실행 가능이 아닐 때 사용하는 것 같습니다. .bashrc 파일에서 자주 사용하는 설정입니다. umask 022 alias ssh='ssh -Y' alias ls='ls --color=tty -F' ..

Computer 2022.04.18

단백질-약물 결합을 분석할 때 중요한 요소

CADD 하는 사람들이 의약화학자에게 도킹 구조를 보여주면서, "이게 약이 될 것 같아요?" 라고 묻는 것은 아마 다들 경험해본적이 있을 것입니다. 의약화학자들이 어떠한 관점에서 이 문제에 대하여 답을 하는지 이해한다면, 좋은 CADD 툴을 만들 수 있을 것입니다. 많은 경우 생물학의 문제들에 대한 적절한 답은, "그때그때 달라요."입니다. 단백질-약물 결합에서도 마찬가지입니다. 주어진 타깃에 대해서 다를 것입니다. 그래도 제가 경험적으로, 그리고 많은 데이터로부터 알게 된 것에 대해 이야기하겠습니다. 저는 단백질-약물 결합에 어떠한 원리가 있는지 의문을 가지고 있습니다. 생물학에서 원리라는 것은 경험적이고, 물리학에서의 원리에 비하면 약한 것이겠지만, 그래도 좀 더 보편적으로 이해할 수 있는 무언가가 ..

Drug/Computer-Aided Drug Discovery 2022.04.18

하스스톤

하스스톤 처음 나왔을 때는 많이 했는데... 이제는 도저히 못따라가겠네요. 당시엔 유희왕이 생각나서 좀 특이하게 플레이해봐야겠다 싶어서, 코스트 낮은 카드나, 공격력이 낮은 카드만 덱에 넣어보기도 했습니다. 주로 사제로 플레이하면서 상대를 고쳐주면서 어그로를 끌기도 하고... 회복시 카드를 뽑을 수 있게 해주는 카드가 있기도 해서 손에 쥔 카드는 언제나 넉넉했습니다. 한번은 사제대 사제로 붙었는데, 상대의 캐릭터 빼앗는 스킬 써서 회복 사용시 카드 뽑기를 해주는 놈을 3마리 뽑아놨더니, 카드가 너무 심하게 많이 뽑혀서 더이상 뽑을 카드가 없어서 패배했던 적도 있습니다. 이것이 유희왕에서 본 덱 파괴 전술 인가... 이게 아닌데... 이게 아닌데... 이게 아닌데... 애용하는 카드는 퀘스트중인 모험가입니..

Game 2022.04.17

엉터리 수비드 (부채살)

수비드라는 개념도 생소하던 10년쯤 전에, 어떤 선배한테 들은 이야기대로 수비드를 만들어봤습니다. 통 부채살을 못 구해서 그냥 두껍게 썰어져 있는 것을 사서, 지퍼락에 넣고 냄비에 물 적당히 끓이고 손으로 만져가면서 느낌상 60도 정도 되도록 조절해서 했습니다. (집에 온도계도 없었습니다.) 그때는 아마 4시간 정도 했던 것 같네요. 이게 아마 수비드 첫 시도였던 것 같습니다. 뭐 지금은 오븐이 있어서 수비드 대신 그냥 오븐 이용해서 요리합니다. 뭐 엉터리로 한거지만, 그래도 잘 되었습니다. 촉촉하면서도 부드러웠던 것 같고...

Food 2022.04.17