Novelism

Autodock Vina 변종중 하나인 smina에서 사용하려고 만든 금속이온에 대한 결합력 스코어입니다. smina --custom_scoring custom_scoring.txt 옵션을 추가해주면 됩니다. custom_scoring.txt 파일엔 다음 내용을 넣어줍니다. 일단 weight parameter는 -1.0으로 설정했지만, 도킹이 잘 안될경우 더 증가시키는 방향으로 조절할 수 있습니다. $ cat custom_scoring.txt -0.035579 gauss(o=0,_w=0.5,_c=8) -0.005156 gauss(o=3,_w=2,_c=8) 0.840245 repulsion(o=0,_c=8) -0.035069 hydrophobic(g=0.5,_b=1.5,_c=8) -0.587439 non_..

중국식 가지볶음입니다. 가지를 적당히 썰어서 기름에 튀깁니다. 기름을 많이 넣지 않으면 죄다 가지에 흡수당해서 기름이 전부 사라집니다... 하지만 익으면서 다시 배출됩니다. 그래도 많이 넣고 제대로 튀겨지도록 하는 것이 맛있습니다. 제대로 안튀겨지면 별로입니다. 완전히 흐물흐물할 때까지 튀겨야 합니다. 적당히 튀겨지면 마늘, 고추, 파도 넣고 30초~1분 정도 튀기다기 기름을 따라내고 굴소스를 넣고 볶아줍니다. 사실 아래 사진에선 완벽하게 튀겨지지 않았습니다. 이거보다 좀 더 튀겨야 합니다. 그냥 하는 김에 (냉장고에 부추가 남아서) 만든 계란 토마토 볶음입니다.

TGFR1 (Transforming growth factor beta receptor type-1 or TGFBR1)와 저해제들의 co-crystal 구조입니다. TGFR1 는 Tyrosine Kinase Inhibitors의 일종으로, 아래 그림은 ATP가 결합하는 포켓에 결합하는 저해제들입니다. 이렇게 보면 당연히 잘 안보이고, 클러스터들끼리 모아보겠습니다. 여기에 찍힌 구조들의 PDBID,ChainID, Ligand ID, 클러스터 번호는 다음과 같습니다. 1PY5A PY1 1 1RW8A 580 1 1VJYA 460 1 2WOTA ZZG 2 2WOUA ZZF 2 2X7OA ZOP 3 3FAAA 55F 1 3GXLA QIG 4 3HMMA 855 4 3KCFA JZO 1 3TZMA 085 1 4X0MA..

보통 연구 논문의 가치를 평가할 때, 인용수를 평가지표로 사용합니다. 개별 논문의 인용수를 직접 보지 않는다면, 대신 저널의 평균 인용 수라 할 수 있는 impact factor를 봅니다. 지표는 지표이고, 본질이 더 중요하다는 사실을 잊어선 안됩니다. 그래서 이 지표가 보려는 본질은 무엇일까요? 논문의 가치라는 것이 무엇일까요? 사실 모든 분야에서 그건 크게 다르지 않습니다. "좋은 영향력"입니다. 이 작품이, 후세 작품들에 얼마나 큰 영감을 미쳤는가, 사람들에게 얼마나 감흥을 불러일으켰는가 세상을 얼마나 어떻게 바꿔놨는가? 인용 수라는 게 그런 것을 보여주는 지표입니다. 즉, 좋은 연구의 가치는, 얼마나 세상에 유익한지, 얼마나 파급효과가 큰지, 얼마나 다른 연구에 영감을 불어넣었는지... 얼마나 그..

대학원생 때 알고 지낸 선배 중 한 사람 이야기입니다. 그 선배는 상당히 비범한 사람이었습니다. 자신만의 가치관이 확고하고, 유능하고 자신감에 넘치는 사람이었습니다. 툭하면 "나는 팩트만 말해."라고 자주 하셔서 제가 닥터 팩트라고 부릅니다. 좀 오만하기 때문에 그 선배를 싫어하는 사람도 여럿 있었지만, 말만 좀 저렇게 하지 대놓고 사람을 무시하거나 멸시하는 사람은 아니었습니다. 일단 저는 배울 점이 있어서 같이 다니면서 이것저것 배웠습니다. 치즈 같은 조금 비싼 식재료 고르는 방법에 대한 것들이나 수비드 요리법 같은 것을 배웠습니다. 제가 슬라이스 치즈 같은 거 사려고 하면, "너 아직도 그런 거 먹니? 그런 건 애들이나 먹는 거야."라고 비싼 치즈를 권하거나, 제가 과자 같은 것을 사 먹으려고 하면 ..

저는 인공지능 신약개발 업계에서 일하고 있지만, 인공지능 신약개발이란 무엇인가 라는 질문은 참 대답하기 어려운 질문입니다. ( 사실 이 질문을 할 때, 최종적으로 알고 싶은 것은, 그래서 인공지능으로 약을 어떻게 만드냐? 인 경우가 많습니다. 아직까지 이렇게 하면 약을 만들 수 있다. 같은 대답은 하기 어렵습니다. ) 사전적인 의미는 당연히 사전에 있을 것 같지 않으니 없고요. 대략적인 통념은 인공지능으로 신약개발을 하거나, 신약개발에 인공지능을 활용하는 것이지만 의미의 범위가 넓고 모호합니다. 왜냐하면 신약개발 과정에서 얼마나 인공지능을 사용하는지, 어느 단계에 사용하는지가 확실하지 않기 때문입니다. 전 과정 중에서 별로 중요하지 않은 부분에 살짝 사용한다면 그것을 가지고 인공지능으로 신약을 개발한다고..

저는 고등과학원에 3년 10개월 (박사 후 연구원) + 6개월(학생인턴) 있었습니다. 당시 여름에는 병렬 컴퓨팅 여름학교, 겨울에는 단백질 구조 겨울학교 행사가 있었습니다. 그 외에도 정기적인, 혹은 수시로 학술행사에 많이 참여했지만... 정말 이벤트가 많은 곳이었습니다. 고등과학원 스쿨의 특징은, 수업만 하는 것이 아니라, 참가자가 스쿨 기간 동안 팀을 만들고 프로젝트도 진행한다는 점입니다. 3~5일 정도 기간이다 보니 상당히 힘들었습니다. 아침 9시부터 저녁 10시 넘어서까지 수업과 프로젝트라니.. 게다가 리조트에서 하는 경우는 중간에 2시간 정도 스키도 타고... 프로젝트하다가 조원끼리 싸우고 결별한 조도 있었습니다... (팀원 한 명이 아예 방에 들어가서 문 잠그고 안 나오고... 정작 그 조가 ..

인공지능 신약개발을 공부할 때 곤란한 점들 중 하나는 생물학, 화학적 수치들에 대해 이해하기 어렵다는 점입니다. 특히나 개별 논문에서 수치가 어떻게 정의되었는지 확인하는 것이 아니라, ChEMBL이나 DB나 DUD-E 같은 데이터셋에서 가져온 경우 이런 수치들을 그대로 인공지능 학습에 사용해도 되는지 의문이 듭니다. 결론부터 말씀드리면, 확인 안 하고 사용하면 안 됩니다. IC 50 같은 경우도 실험마다 다르게 정의될 수 있습니다. 그것이 꼭 셀 실험과 엔자임 실험인지에 따라서만 나눠지는 것은 아닙니다. 엔자임(효소) 중에서도 ATP를 기질로 하는 kinase도 있지만, peptide를 기질로 하는 peptidase 도 있습니다. 그리고 같은 단백질에 대한 IC 50이라 할지라도, ATP의 농도에 따라서..

새로 산 컴퓨터에 linux mint 20.3 cinnamon를 설치했습니다. 도중에 여러 문제가 발생했는데, 대부분 UEFI 때문입니다. 지금까지는 레거시 (BIOS)를 사용했었는데, 레거시로 하려 했더니 다음과 같은 에러가 났습니다. "Ubuntu Error: The Partition table format in use on your disks normally requires you to create a separate partition for boot loader code. This partition should be marked for use as a Reserved BIOS boot area and should be at least 1MB in size. Fix this or else you w..

저번 주에 장을 너무 많이 봤습니다. 그냥 할인을 많이 하길래 마트 2곳이나 가서 뭔가 잔뜩 샀습니다. 앵갤 지수가 폭발하는 것도 문제이지만, 냉장고가 가득 차서 위험한 상황입니다. 어제 후배가 놀러 와서 이것저것 만들었지만, 그래도 식재료가 남았습니다. 롯데마트 즉석식품 코너의 닭다리살 순살치킨 컨벡션 오븐 로티세리 통돌이에서 170도에서 6분 정도 돌려서 먹으면 바삭하고 맛있습니다. 대체 식재료를 잔뜩 사고 그것까지 사서 어떻게 먹으려는 것일까요... 아무튼 남은 식재료로 요리로 만들어서 직장에 가져가기로 했습니다. 물에 데친 소세지와 레베케제를 오븐에 살짝 구워줍니다. 적당히 썬 양파, 당근, 마늘, 애호박, 고추, 목이버섯을 볶다가 적당히 익으면 소세지와 체제를 썰어서 함께 볶아줍니다. 케첩과 A..