Novelism

브리스킷 바베큐를 만들고 남은 양지와, 아롱사태로 쌀국수와 육개장을 만들었습니다. 일단 고기를 한번 데쳐서 핏물을 제거한 후에 물을 버리고 다시 삶았습니다. 국물을 진하게 만들려고 물을 조금만 넣었습니다. 일단 쌀국수 라면부터 끓여먹습니다. 제주도에서 산 마른 고사리를 불렸습니다. 고사리는 독이 있어서 소금물로 삶은 후에 물에 담가서 독을 제거해야 합니다. 3번 정도 삶고, 물에 담갔습니다. 너무 오래 삶았는지 다 풀 어질 정도로 부드러워졌습니다. 토란줄기도 물에 삶은 후에 물에 담가서 떫은맛을 제거하였습니다. 육개장에 파를 많이 넣은 것을 좋아합니다. 냄비에 참기름을 두르고 마늘과 파를 볶아줍니다. 볶다가 고춧가루도 넣고 볶아줍니다. 어느 정도 볶아지면, 준비된 채소들과 고기를 찢어서 넣고 볶아줍니다...

브리스킷은 그동안 여러 번 만들었지만, 이번에 만든 것이 가장 성공적이었습니다. 일단 미국산 차돌양지 5kg 짜리를 주문했습니다. 냉동이고, 해동시켰습니다. 상당히 큽니다. 박스에 가득 찹니다. 48cm 정도 됩니다. 기름이 많이 붙은 부분이 차돌, 기름이 적은 부분이 양지입니다. 오븐에서 구울 때는 기름이 많은 차돌이 위로 가게 합니다. 열기 때문에 기름이 녹아내리면서 고기에 섞입니다. 좌측 사진이 차돌 부위입니다. 고기가 너무 커서 제 빈약한 오븐에 다 안 들어갑니다. 육개장과 쌀국수를 만들기 위해서 양지 부위를 잘라냈습니다. 브리스킷 럽, 케이준 시즈닝, 타코 시즈닝과 후추를 발랐습니다. 그리고 생강청과 허니머스터드도 발랐습니다. 오븐에 넣었습니다. 30분 정도 나무를 태워서 연기를 쐬어주고 80도..

pdbqt에 대한 설명은 아래 글을 참고 하세요. https://novelism.tistory.com/32 pdbqt를 pdb 로 문제 없이 복원하기 위하선 reference 를 사용하는 것이 제일 좋습니다. reference를 사용하려면 3d conformer pdb 파일을 생성할 때부터 atom name 을 명확시해야 합니다. 다음 코드는 3d conformer를 생성한 후, pdb 파일에서 atom_name 을 수정하는 코드입니다. pdb 파일포멧에서 하나의 ligand 나 residue에 속하는 모든 원자들은 독립된 이름을 배정 받습니다. 예를들면 " CA ", " CB ", " CG " 등이 있습니다. 그래서 이런 atom name을 key로 사용할 수 있습니다. 하지만 obabel로 생성한 구..

복잡한 데이터들을 분석하는 과정에서 하는 일중 하나는 데이터의 유사성을 찾는 것입니다. 유사성을 비교하기 위해선 데이터를 정렬해야 합니다. DNA나 단백질 염기 서열에 대해 연구하는 bioinformatics 분야에서 많이 하는 일중 homology 탐색이 있습니다. 유사한 서열을 탐색하는 것입니다. 서로 다른 서열의 유사성을 비교하기 위해선 정렬을 해야 합니다. 서로 무관한 것들을 정렬하는 것은 의미가 없습니다. 약물 탐색도 마찬가지입니다. 특정 타깃 단백질에 대해서 결합하는 약물들을 그냥 뿌려두면, 분석하기 매우 어렵습니다. 이럴 때 2D, 3D 구조 정렬, Maximum common subgraph 같은 다양한 정렬 방법을 활용하면 약물들 사이의 유사성을 확인할 수 있습니다. 그리고 유사한 약물들끼..

과거 단백질 구조 예측 연구를, 그리고 지금은 구조기반 약물 탐색 연구를 하고 있는 입장에서 자주 받는 질문 중 하나가 알파폴드가 예측한 단백질 구조는 완벽한가 라는 질문입니다. 그 외에도 단백질 구조 예측이 도움이 되는가? 단백질 구조 예측 연구는 이제 더 이상 할 일이 없는가? 같은 질문들도 있습니다. 알파폴드는 이미 누구나 사용할 수 있도록 공개되어있고, 알파폴드가 예측한 구조도 꾸준히 공개되고 있습니다. 알파폴드의 예측 구조는 일부 경우를 제외하면, 대부분 정확도가 매우 높고, 실험 구조와 큰 차이가 없다고 해도 과언이 아닙니다. 이미 단백질 구조도 다 공개되었으니 그러면 더 이상 구조 예측, 혹은 구조 결정 실험은 필요 없는가?라고 묻는다면 저는 아니라고 대답할 것입니다. 그 근거 중 하나는, ..

과학은 현실을 다루는 학문입니다. 여기서 말하는 현실이란, 우리가 살고 있는, 즉, 관찰자인 우리 자신이 있고, 관찰자에게 측정된 사실들로 이루어진 세계입니다. 과학은 논리의 학문이지만, 논리만으로 성립하지 않습니다. 실험 혹은 측정은 과학에서 가장 중요한 요소입니다. 다른 말로 과학이란 관측한 현상들을 논리적으로 설명하는 학문이라고 할 수 있습니다. 과학에선 기본적으로 우리가 살고 있는 세상이 논리적이라고 가정합니다. 어떠한 가정이 현실 세계에서 참이라면, 그 가정으로부터 논리적으로 전개되는 결과도 현실세계에서 참이어야 한다는 것입니다. 예를 들면, 아인슈타인의 특수 상대성 이론은 진공에서의 광속이 일정하다는 것과, 상대성 원리라는 두 가지 가정으로부터 논리적으로 유도됩니다. 만약 우리가 살고 있는 세..

전 직장 동료를 만날 일이 있어서 마침 가보고 싶었던 밥밥디라라 서초점 에 갔습니다. 아무래도 직장이 집에서 약간 거리가 있어서 집 근처 식당에 갈 일이 거의 없습니다. https://place.map.kakao.com/759502797 밥밥디라라 서초점 서울 서초구 효령로72길 57 서초트라팰리스 1층 E-B106호 (서초동 1344-13) place.map.kakao.com 치킨 타워 덮밥, 돈가스 화산 덮밥이 너무 궁금했지만, 이 동네에 같이 식사 갈 사람이 없어서 못 가고 있었습니다. 비주얼이 좋습니다. 메뉴 사진 거의 그대로 나오네요. 뭐 저대로 먹을 순 없어서 해체했습니다. 이제 집근처에서 먹어볼 메뉴는... 새로 생긴 중국집(명정루) 중화 국밥(짬뽕 + 볶음밥)만 남았네요.

옥수수는 크게 나누면 찰옥수수와 스위트콘 두 가지 부류가 있습니다. 당연히 서로 다른 품종이고, 나오는 시기도 다릅니다. 당연히 알거라 생각했는데 둘이 다른 품종인걸 모르는 사람도 있더라고요. 그러니까 찰옥수수는 전분이 많고 끈적거리는 건데 저는 별로 안 좋아합니다. 그래도 괴산 대학 찰옥수수는 단맛도 있고 껍질이 얇은 편이라 좋아합니다. 스위트콘을 좋아하는데, 이건 나오는 시기가 비교적 짧습니다. 저장성이 떨어져서 그런 것 같습니다. 그래서 특정 시기가 아니면 (초여름?) 통조림이나 아니면 삶아서 진공 상태로 포장된 형태로 판매되는 것 밖에 없습니다. 당이 모여서 전분이 되는 거고, 전분이 가수 분해되면 당이 되죠. 식물 입장에선 전분 형태로 보관하는 게 더 저장성이 좋습니다. 그래서 그런지 당보다 전..

그냥 소갈비탕이 먹고 싶었습니다. 인터넷에서 미국산 백립 5kg짜리 (대충 5만 원) 주문했습니다. 덩어리로 배송되었는데, 뼈마다 한 조각씩 분리하고 지방을 떼어냈습니다. 지방이 상당히 많이 나옵니다. 뼈가 곡면이고, 살 사이에 붙은 지방들이 있어서 칼로 제거하기가 어렵습니다. 후에 지방을 떼어낼 기회가 더 있으니 여기선 대충 해도 됩니다. 손질이 되었으면 찬물에 한 2시간 이상 담가서 핏물을 뺍니다. 찬물을 넣고 초벌로 삶아냅니다. 예전에는 물을 끓인 후에 고기를 넣었는데, 이번엔 그냥 고기가 들어있는 채로 끓였습니다. 별로 문제없었습니다. 물이 끓으면 한 10분 정도 더 끓이다가 물을 버리고 고기를 씻어줍니다. 이때 살짝 익은 지방들이 매우 부드러워져서 떼어내기 쉽습니다. 지방이 과하다 싶으면 손질해..

양재 AT센터에서 열리는 대한민국 막걸리 엑스포에 다녀왔습니다. 옥수수술은 구운 옥수수맛, 바나나술은 바나나 우유맛 달고 노란 청주 (세종약주)하고 맑고 투명하지만 달지 않은 청주도 팔았는데 저는 단게 좋아서 세종약주를 구매했습니다. 미나리술도 맛있습니다. 제가 구매한 막걸리들은 살균주라서 상온 1년 보관 가능합니다.