Novelism

저에게 학문은 욕구입니다. (노래하는 것과 요리하는 것도 욕구입니다. 이야기를 듣고 전하는 것도 욕구입니다. 욕구가 좀 많습니다.) 욕구는 쾌락이 아닙니다. 욕구에 도달하지 못하였을 때, 그리고 도달하는 과정에서 상당한 괴로움을 느낍니다. 쾌락을 느끼는 시간은 별로 길지 않습니다. 욕구는 괴롭지만 도저히 하지 않을 수 없는 것입니다. 하지 않으면 불안하고 잠도 못 자고 정신적으로 육체적으로 고통을 주는... 마치 문명을 10시간 연속으로 플레이하고 눈이 아파서 종료하고 싶지만, 적이 쳐들어와서 도저히 종료하지 못하는 심정 같은 것입니다. (하... 한 번만 더...) 연구는 정신과 육체를 망가트립니다. 한 사람의 연구자로서 제대로 역할을 하기 위해선 많은 노력을 해야 합니다. 저는 대학을 졸업한 이후에 ..

오랜만에 이마트에 갔다가 늑간살을 샀습니다. 늑간살은 갈비에 붙은 살 중 하나로, 뼈와 뼈 사이에 붙은 짜투리 고기입니다. 늑간살은 근막과 지방이 많고, 갈비살 중에서도 가격이 저렴한 편입니다. 지방이 한 50% 정도 되는 것처럼 보입니다. 다 제거하면 정말 양이 많이 줄어듭니다. 늑간살 말고 꽃갈비살이라는 것도 있는데, 그것은 뼈 사이에 붙은 고기가 아니라 꽃갈비에서 뼈를 발라낸 것입니다. 꽃갈비살은 늑간살보다 훨씬 비쌉니다. 소갈비는 6 7 8 번의 꽃갈비가 가장 비쌉니다. LA갈비도 주로 이 부위로 만듭니다. 저가형 LA갈비는 뼈가 4대 붙어있기도 하고, 뼈 모양도 좀 다른데, 맛 차이가 좀 있습니다. 이외 갈비 부위는 1번부터 5번 까지는 본갈비라고 하고, 살이 많이 붙었지만, 꽃갈비에 비해 약간..

약이 무엇인지 말하기도 쉽지 않지만, 독이 무엇인지 말하는 것도 쉬운 것이 아니네요. 일단 약은 병을 예방하거나, 병에 걸린 사람을 치료하는 물질(혹은 물질 이외의 무언가)이라 해보죠. 그럼 독은 무엇이죠? 사람을 해치는 물질? 그냥 쉽게 생각하면 저 정도로도 말할 수 있긴 한데, 구체적으로 들어가면 참 어려워집니다. 일단 물질 자체에 약과 독이라는 구분이 명확한 것이 아닙니다. 이런 말이 있습니다. 약과 독은 본디 별개가 아니고, 용량의 차이이다. 이 말도 완벽하진 않지만 맞는 말입니다. 어떤 물질이라도 과도하면 사람을 죽일 수 있으니까요. 그런데, 이 말은 좀 더 깊이 생각해야만 합니다. 세상에 절대적으로 약 이라는 물질과, 독이라는 물질은 없습니다. 그건 그냥 철학적인 이야기가 아니라, 신약개발에서..

10시간 고민한 사람의 생각은 10분 고민한 사람의 생각보다 낫고, 10명이 고민하여 생각해낸 것은 1명이 고민한 것보다 낫습니다.

제가 몇 년 전부터 기대하고 있던 서열 생성 모델과 이를 활용한 단백질 구조예측 방법이 나온 것 같습니다. 최근 수년간 단백질 서열 생성 모델 연구들이 많이 나오긴 했는데, 그것들 중 상당수는 general 서열 생성 모델이 아니라 homology 만 가지고 학습한 것들이었습니다. 저는 알파폴드 2에서 딥마인드가 general 서열 생성 모델을 들고 오지 않을까 기대했는데, 그것과는 다른 방법을 택했더군요. 이번 달 초에 나온 기사인데.. 조금 지났지만 올립니다. http://www.aitimes.com/news/articleView.html?idxno=147666 메타, '단백질 구조 예측'서 딥마인드 뛰어 넘었다 - AI타임스 메타가 인공지능(AI)을 사용해 이제까지 알려지지 않은 박테리아나 바이러스..

Pharmacokinetics (PK, 약물동태학, 약동학)는 주로 ADME(흡수, 분포, 대사, 배설) 등 인체가 약물에 미치는 영향을 다루는 분야이고, Pharmacodynamics(PD, 약물동역학, 약력학)는 약물의 생리학적 활성 및 독성 같은 약물이 인체에 미치는 영향을 다루는 분야입니다. PK/PD는 생체 내에서의 (in vivo) 약물의 효력을 보는 것으로, in vitro (시험관) 에서와 달리 약동학적인 요소가 함께 반영된 것입니다. 시험관 내에서의 세포실험 약물 활성이라면 시간에 따른 농도 변화나 대사에의 영향 등이 반영되진 않겠죠. PK/PD는 PK, PD를 따로 보는 것이 아닙니다. 아무튼 예전에 몰라서 답답했던 적이 있습니다. 대사에 중요하게 관여하는 효소 그룹 중 CYPs (Cy..

육개장은 고기와 고사리와 토란줄기를 넣고 매운 양념을 하여 끓이는 요리입니다. 소로 만들면 육개장 닭으로 만들면 닭개장 돼지로 만들면... 잘 모르겠는데 그냥 돈개장이라고 썼습니다. 고기를 볶아서 만드는 경우도 있지만, 저는 그냥 푹 끓인 고기로 만듭니다. 미트박스에서 돼지갈비를 주문했는데, 최소 단위가 3개라서 3개 (4.5kg) 주문했습니다. 이중 하나는 통구이를 만들었고, 다른 것으로 돈개장을 만들었습니다. 소금물에 30분쯤 담궈서 핏물을 빼고 물을 버린 후에 다시 소금물을 넣고 초벌로 20분 정도 삶았습니다. 말린 토란과 말린 고사리를 밤새 불렸습니다. 원래는 갈비로 감자탕을 만들고 싶었는데, 우거지가 없고 제주도에서 사 온 고사리만 있어서 그냥 돈개장을 만들었습니다. 불린 후에 소금물에 삶고 물..

저는 사람들과 대화하는 것이 너무나 어렵게 느껴집니다. 말하지 않아도 안다고 생각하는 것들이 있습니다. 하지만 그런 것일수록 확실히 해두는 것이 좋습니다. 서로 명확히 확인하지 않고 했다가 나중에 가서 아니었다는 것을 알게 되는 일이 있습니다. 저도 그렇게 파국으로 끝난 일이 여러 번 있었습니다. 말하지 않으면 모릅니다. 말해도 모르는 경우도 많습니다. 오히려 말 때문에 오해하고 다툽니다. 인간이 다른 동물들과 다른 점은 복잡한 언어를 사용한다는 것인데, 언어를 통해서 서로 이해하고 화합하게 되는 것이 아니라 대화를 할수록 서로 미움이 커지고 다투는 일들도 있습니다. 이해하기 어려운 일이지만 아무튼 그렇습니다. 지금까지 만난 사람들 중 단 한 명만이 제가 하는 말을 이해했습니다. 말하고 싶은 바를 제대로..

저에게 가장 의미 있는 두 편의 논문중 하나입니다. 저는 좋은 연구를 하고 싶은 분들께 이 연구를 추천해드리고 싶습니다. 당시에 좋은 연구란 무엇인가에 대해 고민을 많이 했습니다. 그리고 이 논문이 제 결론이었습니다. 좋은 아이디어는 그것만으로도 연구로서의 가치를 가지고 있습니다. 다만 논문은 개판으로 못썼고, 논문의 구성도 형편없습니다. 논문을 작성하는 분들에게는 구성이 안 좋은 논문의 예시로서 보여드릴 수 있겠습니다. 이 논문에서 단백질 도메인 경계 예측문제를 예측하기 위한 당시로선 획기적인 방법을 제시하였습니다. 제목은 Condo: protein domain boundary prediction using coevolutionary information 입니다. 2018년도에 나온 논문이고, 에디터는..

누구라도 자신의 가치관에 반하는 일을 강요당해서는 안됩니다. 하지만 그런 자유는 없습니다. 살면서 왜이리 못볼꼴을 봐야하고, 제 가치관에 어긋나는 일을 스스로 해야하는 것일까요? 이러려고 지금까지 열심히 공부했던건가.. 그냥 바보가 되기 위해서? 이렇게 살거였으면 대체 뭐하러 노력했고? 다 의미 없는 일입니다. 어째서 자신이 믿는 가치를 지키기 위해서, 자신이 바라는 미래를 현실로 만들기 위해서 살 수 없는 것입니까? 단지 용기가 없기 때문에?