Novelism

pdbqt에 대한 설명은 아래 글을 참고 하세요. https://novelism.tistory.com/32 pdbqt를 pdb 로 문제 없이 복원하기 위하선 reference 를 사용하는 것이 제일 좋습니다. reference를 사용하려면 3d conformer pdb 파일을 생성할 때부터 atom name 을 명확시해야 합니다. 다음 코드는 3d conformer를 생성한 후, pdb 파일에서 atom_name 을 수정하는 코드입니다. pdb 파일포멧에서 하나의 ligand 나 residue에 속하는 모든 원자들은 독립된 이름을 배정 받습니다. 예를들면 " CA ", " CB ", " CG " 등이 있습니다. 그래서 이런 atom name을 key로 사용할 수 있습니다. 하지만 obabel로 생성한 구..

복잡한 데이터들을 분석하는 과정에서 하는 일중 하나는 데이터의 유사성을 찾는 것입니다. 유사성을 비교하기 위해선 데이터를 정렬해야 합니다. DNA나 단백질 염기 서열에 대해 연구하는 bioinformatics 분야에서 많이 하는 일중 homology 탐색이 있습니다. 유사한 서열을 탐색하는 것입니다. 서로 다른 서열의 유사성을 비교하기 위해선 정렬을 해야 합니다. 서로 무관한 것들을 정렬하는 것은 의미가 없습니다. 약물 탐색도 마찬가지입니다. 특정 타깃 단백질에 대해서 결합하는 약물들을 그냥 뿌려두면, 분석하기 매우 어렵습니다. 이럴 때 2D, 3D 구조 정렬, Maximum common subgraph 같은 다양한 정렬 방법을 활용하면 약물들 사이의 유사성을 확인할 수 있습니다. 그리고 유사한 약물들끼..

과거 단백질 구조 예측 연구를, 그리고 지금은 구조기반 약물 탐색 연구를 하고 있는 입장에서 자주 받는 질문 중 하나가 알파폴드가 예측한 단백질 구조는 완벽한가 라는 질문입니다. 그 외에도 단백질 구조 예측이 도움이 되는가? 단백질 구조 예측 연구는 이제 더 이상 할 일이 없는가? 같은 질문들도 있습니다. 알파폴드는 이미 누구나 사용할 수 있도록 공개되어있고, 알파폴드가 예측한 구조도 꾸준히 공개되고 있습니다. 알파폴드의 예측 구조는 일부 경우를 제외하면, 대부분 정확도가 매우 높고, 실험 구조와 큰 차이가 없다고 해도 과언이 아닙니다. 이미 단백질 구조도 다 공개되었으니 그러면 더 이상 구조 예측, 혹은 구조 결정 실험은 필요 없는가?라고 묻는다면 저는 아니라고 대답할 것입니다. 그 근거 중 하나는, ..

과학은 현실을 다루는 학문입니다. 여기서 말하는 현실이란, 우리가 살고 있는, 즉, 관찰자인 우리 자신이 있고, 관찰자에게 측정된 사실들로 이루어진 세계입니다. 과학은 논리의 학문이지만, 논리만으로 성립하지 않습니다. 실험 혹은 측정은 과학에서 가장 중요한 요소입니다. 다른 말로 과학이란 관측한 현상들을 논리적으로 설명하는 학문이라고 할 수 있습니다. 과학에선 기본적으로 우리가 살고 있는 세상이 논리적이라고 가정합니다. 어떠한 가정이 현실 세계에서 참이라면, 그 가정으로부터 논리적으로 전개되는 결과도 현실세계에서 참이어야 한다는 것입니다. 예를 들면, 아인슈타인의 특수 상대성 이론은 진공에서의 광속이 일정하다는 것과, 상대성 원리라는 두 가지 가정으로부터 논리적으로 유도됩니다. 만약 우리가 살고 있는 세..

전 직장 동료를 만날 일이 있어서 마침 가보고 싶었던 밥밥디라라 서초점 에 갔습니다. 아무래도 직장이 집에서 약간 거리가 있어서 집 근처 식당에 갈 일이 거의 없습니다. https://place.map.kakao.com/759502797 밥밥디라라 서초점 서울 서초구 효령로72길 57 서초트라팰리스 1층 E-B106호 (서초동 1344-13) place.map.kakao.com 치킨 타워 덮밥, 돈가스 화산 덮밥이 너무 궁금했지만, 이 동네에 같이 식사 갈 사람이 없어서 못 가고 있었습니다. 비주얼이 좋습니다. 메뉴 사진 거의 그대로 나오네요. 뭐 저대로 먹을 순 없어서 해체했습니다. 이제 집근처에서 먹어볼 메뉴는... 새로 생긴 중국집(명정루) 중화 국밥(짬뽕 + 볶음밥)만 남았네요.

옥수수는 크게 나누면 찰옥수수와 스위트콘 두 가지 부류가 있습니다. 당연히 서로 다른 품종이고, 나오는 시기도 다릅니다. 당연히 알거라 생각했는데 둘이 다른 품종인걸 모르는 사람도 있더라고요. 그러니까 찰옥수수는 전분이 많고 끈적거리는 건데 저는 별로 안 좋아합니다. 그래도 괴산 대학 찰옥수수는 단맛도 있고 껍질이 얇은 편이라 좋아합니다. 스위트콘을 좋아하는데, 이건 나오는 시기가 비교적 짧습니다. 저장성이 떨어져서 그런 것 같습니다. 그래서 특정 시기가 아니면 (초여름?) 통조림이나 아니면 삶아서 진공 상태로 포장된 형태로 판매되는 것 밖에 없습니다. 당이 모여서 전분이 되는 거고, 전분이 가수 분해되면 당이 되죠. 식물 입장에선 전분 형태로 보관하는 게 더 저장성이 좋습니다. 그래서 그런지 당보다 전..

그냥 소갈비탕이 먹고 싶었습니다. 인터넷에서 미국산 백립 5kg짜리 (대충 5만 원) 주문했습니다. 덩어리로 배송되었는데, 뼈마다 한 조각씩 분리하고 지방을 떼어냈습니다. 지방이 상당히 많이 나옵니다. 뼈가 곡면이고, 살 사이에 붙은 지방들이 있어서 칼로 제거하기가 어렵습니다. 후에 지방을 떼어낼 기회가 더 있으니 여기선 대충 해도 됩니다. 손질이 되었으면 찬물에 한 2시간 이상 담가서 핏물을 뺍니다. 찬물을 넣고 초벌로 삶아냅니다. 예전에는 물을 끓인 후에 고기를 넣었는데, 이번엔 그냥 고기가 들어있는 채로 끓였습니다. 별로 문제없었습니다. 물이 끓으면 한 10분 정도 더 끓이다가 물을 버리고 고기를 씻어줍니다. 이때 살짝 익은 지방들이 매우 부드러워져서 떼어내기 쉽습니다. 지방이 과하다 싶으면 손질해..

양재 AT센터에서 열리는 대한민국 막걸리 엑스포에 다녀왔습니다. 옥수수술은 구운 옥수수맛, 바나나술은 바나나 우유맛 달고 노란 청주 (세종약주)하고 맑고 투명하지만 달지 않은 청주도 팔았는데 저는 단게 좋아서 세종약주를 구매했습니다. 미나리술도 맛있습니다. 제가 구매한 막걸리들은 살균주라서 상온 1년 보관 가능합니다.

코끼리를 냉장고에 넣는 방법이라는 이미 나온 지 한참 지난 주제가 있습니다. 다양한 직종 사람들이 자신의 전문성에 맞는 다양한 해결책을 제시합니다. 코끼리를 잘라서 넣거나, 냉장고를 매우 크게 만들거나, 새끼 코끼리를 넣거나... 교수가 시키면 대학원생이 알아서 한다는 결론도 있습니다. 별 의미 없는 황당한 주제인데도 이것이 인기를 끌었던 이유는 정말 세상엔 엉뚱하고 황당한 지시를 받는 일이 많기 때문이라고 생각합니다. 저는 여러 직장을 다니면서 다양한 사람들과 일을 한 경험이 있습니다. 대다수의 일을 지시하는 사람은, 그 일을 왜 해야 하는지, 무엇을 원하는지 명확히 전달하지 않은 채로 이것 해와 라는 식으로 일을 던져줍니다. 하지만 그런 식으로 지시한다면, 만족스러운 결과가 나오기는 상당히 어렵습니다..

오늘은 초복입니다. 별로 덥진 않았지만... 수원컨벤션센터에서 하는 팔도밥상페어에 다녀왔습니다. 많이 사왔습니다. 한산 소곡주 1.8L 3만원, 가문어 (훔볼트 오징어 다리) 3만원 (서비스로 슬라이스 1봉), 버터 오징어채 3봉 2만원 아귀포 2만 원 반건 무화과+ 은행 튀김 1.5만원 황금박대 꾸이 3개 2만원 김부각 2개 1만원(4개 19000원에 사서 3명이서 나눠가짐...) 제주 우도 땅콩 막걸리 + 오메기 막걸리 1 만원 경동시장 고노와다 + 새우 비빔장 9500원 미드도 사고 싶었는데 품절돼서 철수했네요. 대추야자도 안보였습니다. 복날은 개도 더워서 늘어진다는 의미니까 핫도그를 사 먹었습니다.