Novelism

10시간 고민한 사람의 생각은 10분 고민한 사람의 생각보다 낫고, 10명이 고민하여 생각해낸 것은 1명이 고민한 것보다 낫습니다.

제가 몇 년 전부터 기대하고 있던 서열 생성 모델과 이를 활용한 단백질 구조예측 방법이 나온 것 같습니다. 최근 수년간 단백질 서열 생성 모델 연구들이 많이 나오긴 했는데, 그것들 중 상당수는 general 서열 생성 모델이 아니라 homology 만 가지고 학습한 것들이었습니다. 저는 알파폴드 2에서 딥마인드가 general 서열 생성 모델을 들고 오지 않을까 기대했는데, 그것과는 다른 방법을 택했더군요. 이번 달 초에 나온 기사인데.. 조금 지났지만 올립니다. http://www.aitimes.com/news/articleView.html?idxno=147666 메타, '단백질 구조 예측'서 딥마인드 뛰어 넘었다 - AI타임스 메타가 인공지능(AI)을 사용해 이제까지 알려지지 않은 박테리아나 바이러스..

Pharmacokinetics (PK, 약물동태학, 약동학)는 주로 ADME(흡수, 분포, 대사, 배설) 등 인체가 약물에 미치는 영향을 다루는 분야이고, Pharmacodynamics(PD, 약물동역학, 약력학)는 약물의 생리학적 활성 및 독성 같은 약물이 인체에 미치는 영향을 다루는 분야입니다. PK/PD는 생체 내에서의 (in vivo) 약물의 효력을 보는 것으로, in vitro (시험관) 에서와 달리 약동학적인 요소가 함께 반영된 것입니다. 시험관 내에서의 세포실험 약물 활성이라면 시간에 따른 농도 변화나 대사에의 영향 등이 반영되진 않겠죠. PK/PD는 PK, PD를 따로 보는 것이 아닙니다. 아무튼 예전에 몰라서 답답했던 적이 있습니다. 대사에 중요하게 관여하는 효소 그룹 중 CYPs (Cy..

육개장은 고기와 고사리와 토란줄기를 넣고 매운 양념을 하여 끓이는 요리입니다. 소로 만들면 육개장 닭으로 만들면 닭개장 돼지로 만들면... 잘 모르겠는데 그냥 돈개장이라고 썼습니다. 고기를 볶아서 만드는 경우도 있지만, 저는 그냥 푹 끓인 고기로 만듭니다. 미트박스에서 돼지갈비를 주문했는데, 최소 단위가 3개라서 3개 (4.5kg) 주문했습니다. 이중 하나는 통구이를 만들었고, 다른 것으로 돈개장을 만들었습니다. 소금물에 30분쯤 담궈서 핏물을 빼고 물을 버린 후에 다시 소금물을 넣고 초벌로 20분 정도 삶았습니다. 말린 토란과 말린 고사리를 밤새 불렸습니다. 원래는 갈비로 감자탕을 만들고 싶었는데, 우거지가 없고 제주도에서 사 온 고사리만 있어서 그냥 돈개장을 만들었습니다. 불린 후에 소금물에 삶고 물..

저는 사람들과 대화하는 것이 너무나 어렵게 느껴집니다. 말하지 않아도 안다고 생각하는 것들이 있습니다. 하지만 그런 것일수록 확실히 해두는 것이 좋습니다. 서로 명확히 확인하지 않고 했다가 나중에 가서 아니었다는 것을 알게 되는 일이 있습니다. 저도 그렇게 파국으로 끝난 일이 여러 번 있었습니다. 말하지 않으면 모릅니다. 말해도 모르는 경우도 많습니다. 오히려 말 때문에 오해하고 다툽니다. 인간이 다른 동물들과 다른 점은 복잡한 언어를 사용한다는 것인데, 언어를 통해서 서로 이해하고 화합하게 되는 것이 아니라 대화를 할수록 서로 미움이 커지고 다투는 일들도 있습니다. 이해하기 어려운 일이지만 아무튼 그렇습니다. 지금까지 만난 사람들 중 단 한 명만이 제가 하는 말을 이해했습니다. 말하고 싶은 바를 제대로..

저에게 가장 의미 있는 두 편의 논문중 하나입니다. 저는 좋은 연구를 하고 싶은 분들께 이 연구를 추천해드리고 싶습니다. 당시에 좋은 연구란 무엇인가에 대해 고민을 많이 했습니다. 그리고 이 논문이 제 결론이었습니다. 좋은 아이디어는 그것만으로도 연구로서의 가치를 가지고 있습니다. 다만 논문은 개판으로 못썼고, 논문의 구성도 형편없습니다. 논문을 작성하는 분들에게는 구성이 안 좋은 논문의 예시로서 보여드릴 수 있겠습니다. 이 논문에서 단백질 도메인 경계 예측문제를 예측하기 위한 당시로선 획기적인 방법을 제시하였습니다. 제목은 Condo: protein domain boundary prediction using coevolutionary information 입니다. 2018년도에 나온 논문이고, 에디터는..

누구라도 자신의 가치관에 반하는 일을 강요당해서는 안됩니다. 하지만 그런 자유는 없습니다. 살면서 왜이리 못볼꼴을 봐야하고, 제 가치관에 어긋나는 일을 스스로 해야하는 것일까요? 이러려고 지금까지 열심히 공부했던건가.. 그냥 바보가 되기 위해서? 이렇게 살거였으면 대체 뭐하러 노력했고? 다 의미 없는 일입니다. 어째서 자신이 믿는 가치를 지키기 위해서, 자신이 바라는 미래를 현실로 만들기 위해서 살 수 없는 것입니까? 단지 용기가 없기 때문에?

사실 저는 계란 요리를 잘해 먹지 않습니다. 그래서 계란을 사면 냉장고에서 몇 주간 방치되는 경우가 많습니다. 그래도 어느날 갑자기 볶음밥이나 오믈렛이 먹고 싶을 수도 있으니 계란을 항상 준비해두고 있습니다. 아무튼 냉장고에서 방치되고 있던 계란과 부추를 보고 어떻게 할지 고민하다가 계란말이를 만들어봤습니다. 사진처럼 잘 만들어서 직장에 가져갔더니 내일 또 해달라고 하길래... 마트 가서 계란 더 사다가 또 만들었습니다. 하는김에 재료 뭐 더 넣을지 물어봤는데 햄을 넣어달라고 해서 햄도 준비했습니다. 재료는 계란 5개, 게살, 새우살, 부추, 마늘, 양파, 파, 당근, 애호박, 목우촌 주부9단 소세지, 목우촌 뚝심(딱히 상표명은 별로 중요하지 않아서 스팸이라 하려 했는데, 스팸이 아닌 것을 스팸이라고 하..

설도는 소의 엉덩이 근처 부위입니다. 근육 한 덩어리가 매우 크고, 근육이 질기고 지방이 적습니다. 제사 지낼 때 쓰는 적이 설도로 만드는 가장 유명한 요리입니다. 드시보 신 분들은 알겠지만, 상당히 질기고 푸석푸석합니다. 그래서 적을 만들 때도 세세하게 칼집을 내서 만듭니다. 강하게 익힐수록 질겨지기 때문에 구워 먹기에 좋은 부위는 아닙니다. 한 6년 전쯤일 거 같은데... 캠핑장에 구워 먹으려고 고기를 샀는데 정육점에서 설도로 주셔서 참 난감했던 적이 있습니다. 숯불에 은은하게 구웠더니 고기 자체는 상당히 질렸지만, 맛은 좋아서 그 후로도 설도로 무언가 요리를 만들어보고 싶었습니다. 이미 브리스킷도 부드럽게 만들어봤으니 설도도 부드럽게 요리해볼 수 없을까 해서 로스트비프를 시도해봤습니다. 고기는 냉동..

학회가 있어서 강릉에 출장 갔다가 일정이 끝나고 돌아오는 길이었습니다. 그냥 기차 예매한 시간까지 2시간 넘게 남아서 역까지 걸어갈 생각으로 무턱대고 걸었습니다. 해변을 따라 남대천까지 가고, 남대천 따라 올라가겠다는 생각으로... 그날 비도 왔습니다. 비 오는 날의 바다는 잔혹했습니다. 야생의 피카츄 같은 움직임을 하는 놈이 나타났습니다. 청설모라는 놈입니다. 자세히 살펴보면 징그럽게 생겼습니다. 다람쥐는 귀엽습니다만... 피카츄처럼 전광석화라는 기술을 사용할 수 있습니다. 물러갈 때도 전광석화를 사용합니다. 사진의 조준이 어렵습니다. 나무도 잘 타고 잘 내려옵니다. 뉘 집 고양이와는 좀 다릅니다. 바람이 너무 강해서 우산이 뒤집어졌습니다. 힘든 출장이었습니다. 도중에 GG치고 버스 탔습니다.