2022/05 8

인공지능 신약개발 여름학교, 겨울학교

저는 고등과학원에 3년 10개월 (박사 후 연구원) + 6개월(학생인턴) 있었습니다. 당시 여름에는 병렬 컴퓨팅 여름학교, 겨울에는 단백질 구조 겨울학교 행사가 있었습니다. 그 외에도 정기적인, 혹은 수시로 학술행사에 많이 참여했지만... 정말 이벤트가 많은 곳이었습니다. 고등과학원 스쿨의 특징은, 수업만 하는 것이 아니라, 참가자가 스쿨 기간 동안 팀을 만들고 프로젝트도 진행한다는 점입니다. 3~5일 정도 기간이다 보니 상당히 힘들었습니다. 아침 9시부터 저녁 10시 넘어서까지 수업과 프로젝트라니.. 게다가 리조트에서 하는 경우는 중간에 2시간 정도 스키도 타고... 프로젝트하다가 조원끼리 싸우고 결별한 조도 있었습니다... (팀원 한 명이 아예 방에 들어가서 문 잠그고 안 나오고... 정작 그 조가 ..

인공지능과 분자의 bio activity, IC 50에 대해서

인공지능 신약개발을 공부할 때 곤란한 점들 중 하나는 생물학, 화학적 수치들에 대해 이해하기 어렵다는 점입니다. 특히나 개별 논문에서 수치가 어떻게 정의되었는지 확인하는 것이 아니라, ChEMBL이나 DB나 DUD-E 같은 데이터셋에서 가져온 경우 이런 수치들을 그대로 인공지능 학습에 사용해도 되는지 의문이 듭니다. 결론부터 말씀드리면, 확인 안 하고 사용하면 안 됩니다. IC 50 같은 경우도 실험마다 다르게 정의될 수 있습니다. 그것이 꼭 셀 실험과 엔자임 실험인지에 따라서만 나눠지는 것은 아닙니다. 엔자임(효소) 중에서도 ATP를 기질로 하는 kinase도 있지만, peptide를 기질로 하는 peptidase 도 있습니다. 그리고 같은 단백질에 대한 IC 50이라 할지라도, ATP의 농도에 따라서..

linux mint 20.3 cinnamon 설치, UEFI 문제 해결

새로 산 컴퓨터에 linux mint 20.3 cinnamon를 설치했습니다. 도중에 여러 문제가 발생했는데, 대부분 UEFI 때문입니다. 지금까지는 레거시 (BIOS)를 사용했었는데, 레거시로 하려 했더니 다음과 같은 에러가 났습니다. "Ubuntu Error: The Partition table format in use on your disks normally requires you to create a separate partition for boot loader code. This partition should be marked for use as a Reserved BIOS boot area and should be at least 1MB in size. Fix this or else you w..

Computer 2022.05.09

소세지 볶음

저번 주에 장을 너무 많이 봤습니다. 그냥 할인을 많이 하길래 마트 2곳이나 가서 뭔가 잔뜩 샀습니다. 앵갤 지수가 폭발하는 것도 문제이지만, 냉장고가 가득 차서 위험한 상황입니다. 어제 후배가 놀러 와서 이것저것 만들었지만, 그래도 식재료가 남았습니다. 롯데마트 즉석식품 코너의 닭다리살 순살치킨 컨벡션 오븐 로티세리 통돌이에서 170도에서 6분 정도 돌려서 먹으면 바삭하고 맛있습니다. 대체 식재료를 잔뜩 사고 그것까지 사서 어떻게 먹으려는 것일까요... 아무튼 남은 식재료로 요리로 만들어서 직장에 가져가기로 했습니다. 물에 데친 소세지와 레베케제를 오븐에 살짝 구워줍니다. 적당히 썬 양파, 당근, 마늘, 애호박, 고추, 목이버섯을 볶다가 적당히 익으면 소세지와 체제를 썰어서 함께 볶아줍니다. 케첩과 A..

Food 2022.05.08

조금 큰 햄버그 스테이크 만들기

함박 스테이크, 햄버그, 햄버거 패티... 오랜만에 이마트에 갔더니 돼지고기 40% 할인, 소고기 30% 할인하길래 간고 기를 좀 샀습니다. 간 고기는 맨날 돼지 뒷다리살 같은 거 샀는데 이번엔 큰맘 먹고 목살 부위로 샀습니다. (그냥 거기에 고기가 있어서 주워 왔을 뿐) 소고기는 척아이롤 부위입니다. 소고기만 쓰면 좀 퍽퍽해서 돼지고기를 섞었습니다. 비율은 거의 1:1입니다. 돼지, 소고기 다진 양파, 다진 마늘, 굴소스 소금, 후추, 간장(조금), 각종 향신료, A1 스테이크 소스 등을 비닐팩에 넣고 섞어주면서 반죽합니다. 이런 요리 할 때 비닐팩 사용하면 편합니다. 냉장고에 하루정도 뒀다가 일단 조금 구워 먹어 봤습니다. 오븐에서 180도에서 10분 정도 구웠습니다. 비주얼은 그냥 햄버거 패티입니다..

Food 2022.05.08

Marvin JS demo를 사용해서 분자 SMILES, SMARTS 얻기

이전에 SMILES와 SMARTS에 대해 포스팅을 했습니다. 직접 SMILES과 SMARTS를 만드는 건 좀 번거롭고 어렵기에 보통은 분자 그림을 변환 툴을 사용합니다. chemaxon의 marvin을 이용해서 SMILES와 SMARTS를 얻을 수 있습니다. demo 버전에서도 작동합니다. https://marvinjs-demo.chemaxon.com/latest/ Marvin JS marvinjs-demo.chemaxon.com Marvin JS demo를 사용해보겠습니다. 창에다 분자를 그려넣고, export 버튼 (디스켓 모양)을 누릅니다. format에서 SMILES를 선택하면 SMILES를 얻을 수 있고, SMARTS를 선택하면 SMARTS를 얻을 수 있습니다. Kekule form 대신 aro..

현미로 술 만들기

사람은 누구나 실수를 합니다. 저도 또 실수를 했습니다. 인류의 역사에서 실패가 훌륭한 발명과 발견으로 이어진 사례는 많습니다. 하지만, 대부분의 실패는 그냥 실패로 끝납니다. 술을 만들려고 찹쌀 10kg를 주문하려고 했는데, 실수로 현미 10kg를 주문했습니다. 그걸 배달받고 몇 주 후에나 알았습니다. 이런저런 사정으로 못 만들다 어제 만들려고 쌀을 확인하다 알게 되었습니다. 잠깐 멘탈이 날아가서 좀 생각해봤습니다. 현미는 장기간 보관이 안되고, 금방 곰팡이가 생깁니다. 저 혼자 어떻게 상하기 전까지 먹을 수 있는 양은 2kg 정도이고, 8kg는 상해서 버릴 텐데... 무거워서 남 주기도 힘들고... 결국 이리 버리나 저리 버리나 버리는 건 마찬가지라는 생각으로 현미로 술을 만들기로 했습니다. 어떻게 ..

Food 2022.05.01

미더덕 손질하는 방법

요즘 미더덕이 나오는 철입니다. 이 시기 (4~6월) 이외엔 냉동밖에 구할 수 없습니다. 미더덕은 오만둥이 하고 비슷하게 생겼지만, 몇 가지 차이가 있습니다. 맛은 비슷합니다. 크기는 미더덕이 더 큽니다. 미더덕이나 오만둥이 모두 딱딱한 껍질로 쌓여있지만, 미더덕은 보통 그 부분을 칼로 도려내어 판매합니다. 미더덕은 둘 다 해물찜에 넣어먹을 수 있긴 한데, 미더덕이 더 비싸고, 한 철밖에 나오지 않기 때문에 대부분 해물찜에선 오만둥이를 사용합니다. 미더덕을 회로 먹으면 멍게와 비슷한 맛과 향을 느낄 수 있습니다. 멍게보다는 맛과 향이 약합니다. 저는 멍게 향이 너무 강해서 초장을 아주 많이 찍지 않으면 못 먹겠습니다. 미더덕도 멍게보다는 연하지만, 특유의 맛과 향 때문에 호불호가 많이 갈립니다. 손질법은..

Food 2022.05.01