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으... 선배가 로스트 비프 사진을 보고 딸기 초코 케이크냐고 묻네요. 저는 소고기 중에서도 부챗살을 좋아합니다. 왜냐하면 다른 부위에 비해서 저렴하면서도, 다양한 요리를 만들 수 있고, 특히 콜라겐 힘줄이 (잘 익히면) 맛있기 때문입니다. 그리고 근막도 오래 삶거나 구워 먹으면 나름 독특한 맛이 납니다. 보통 사람들은 힘줄이나 근막은 버리지만... 로스로 구워도 좋고 스테이크 해 먹어도 좋고, 로스트비프 만들어도 좋고 수비드도 좋고, 삶아서 장조림 해도 좋고, 갈비찜 같은 양념 해서 조려 먹어도 좋고... 사실 최초로 수비드 도전했을 때 사용한 부위가 부챗살이었습니다. https://novelism.tistory.com/230 참고 예전에 처음 냉동 부챗살 원육을 발견했을 때 2.5kg에 2만 7천 원..

이전 글 https://novelism.tistory.com/259 https://novelism.tistory.com/260 설치는 이전에 했고... 일단 pdb파일에서 receptor와 ligand를 분리해야 합니다. 3HMM.pdb 를 3HMM_receptor.pdb 로 복사합니다. 편집은 메모장이나 워드패드를 사용하면 됩니다. 여기서 HETATM 중 residue id가 855인 행들을 선택해서 잘라냅니다. 이 855는 pdb 에서 사용하는 ligand 의 고유 ID가 됩니다. 잘라내고 남은 빈 줄은 지웁니다. 3HMM_855.pdb 라는 빈 파일을 만들고 잘라 넣은 내용을 붙여 넣습니다. 텍스트 파일을 만들어서 확장자면 pdb로 고치면 됩니다. 이 ligand의 atom index는 2356 부..

이전 글 https://novelism.tistory.com/259 다음 글 https://novelism.tistory.com/261 원하는 타겟 단백질에 대한 단백질 코드는 Uniprot 에서 확인하실 수 있습니다. 며칠 사이에 홈페이지 GUI가 업데이트 되었네요. 좌측은 예전, 우측은 바뀐 버전입니다. 검색창에서 TGFR1이라고 검색해봅시다. TGFR1_HUMAN에 해당하는 P36898을 클릭합니다. 쭈욱 내리다보면 Structure 가 나옵니다. pdb 코드들은 여기서 얻을 수 있습니다. 저는 주로 이 리스트를 복사해다가 파일에 붙여 넣고 전부 pdb 구조를 다운로드한 후에 pymol 로 구조 정렬 후 살펴봅니다. 다음은 리스트의 pdb 들을 다운받는 코드입니다. dw_pdb.py #!/usr/b..

다음 글 https://novelism.tistory.com/260 https://novelism.tistory.com/261 도킹 시뮬레이션에서 GUI를 사용하는 것은 장점도, 단점도 있습니다. 장점은 사용하기 쉽고, docking box 를 확인하기 쉽다는 것이고, 단점은 다양한 옵션을 활용하기 어렵고, 대량의 도킹을 진행하기 어렵다는 것입니다. 저는 스크립트를 통해 자동화를 할 때도 한번 정도는 chimera로 docking box를 확인을 하고 시작합니다. chimera만이 아니라, pymol 도 사용하고 있지만... chimera vina에는 autodock tools (prepare_receptor4.py)이 포함되어있습니다. pdb를 pdbqt로 변환할 때 사용합니다. 일단 윈도우를 기반으로..