chimera GUI에서 docking (vina) 사용법: 1. 프로그램 설치

 

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 도킹 시뮬레이션에서 GUI를 사용하는 것은 장점도, 단점도 있습니다. 

 장점은 사용하기 쉽고, docking box 를 확인하기 쉽다는 것이고, 

 단점은 다양한 옵션을 활용하기 어렵고, 대량의 도킹을 진행하기 어렵다는 것입니다. 

 저는 스크립트를 통해 자동화를 할 때도 한번 정도는 chimera로 docking box를 확인을 하고 시작합니다. 

 chimera만이 아니라, pymol 도 사용하고 있지만... 

chimera vina에는 autodock tools (prepare_receptor4.py)이 포함되어있습니다. pdb를 pdbqt로 변환할 때 사용합니다.

 

 

 일단 윈도우를 기반으로 작성하였습니다만, 리눅스에서도 거의 동일하게 사용할 수 있습니다.  

 

설치가 필요한 프로그램들입니다. 

• anaconda
  
  • pymol-open-source
  • openbabel
  • Autodock Vina or Quick Vina or smina
    •  
    • https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina/tags
    • 최신 버전 1.2.3 실행파일 다운로드 
• UCSF Chimera
  • https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html
  • chimera-1.16-win64.exe 를 다운로드하여 설치

 

윈도우에서 anaconda 설치

• anaconda는 python 패키지 관리자 같은 것입니다.
• 다양한 python 패키지들을 쉽게 설치할 수 있도록 도와주는 프로그램입니다.
• https://www.anaconda.com/ 에서 다운로드 받습니다.

다운로드한 파일을 실행하면 설치가 진행되는데, 실행 시 가능한 recommended 옵션으로 진행합니다.

 특히 단일 사용자가 아니라 All Users로 설치하면 프로그램 설치할 때 관리자 권한을 요구하기에 불편합니다. 

 

패키지 설치는 GUI를 이용할 수도 있고, 콘솔 창 (prompt)에서 할 수도 있습니다.

GUI를 사용하고 싶다면, navigator를 실행합니다. 

먼저 pymol을 설치해보겠습니다. 

enviroments에서 채널을 눌러서 conda-forge를 추가해줍니다. 그리고 pymol을 검색하시면 pymol-open-source 를 설치할 수 있습니다.

 

prompt를 사용하고 싶다면, anaconda powerwhell prompt나 anaconda prompt 를 실행합니다.

 둘이 거의 비슷하지만, powershell의 경우는 ls 같은 리눅스 쉘 명령어를 지원합니다. 

구글에서 conda “설치하고 싶은 프로그램 이름”으로검색하시면 프로그램 설치 명령어를 쉽게 찾을 수 있을 것입니다.

프롬프트에 붙여 넣고 엔터를 치면 설치가 됩니다.

pymol, openbabel는 다음 명령어로 설치할 수 있습니다. 

conda install -c conda-forge pymol-open-source
conda install -c conda-forge openbabel

 

주의사항으로, pymol을 설치한 후에 openbabel 을 설치해야하고, 반대로 설치하면 에러가 나옵니다. 

AutoDock 계열 도킹 프로그램은 pdbqt라는 파일포멧을 사용하는데, 이 파일포멧을 만들려면

Autodock Tools 가 필요합니다. 이 툴은 원래 python 2 를 기반으로 만들어져있는데, 몇몇 분들이 python 3 버전으로 컨버팅하여 깃허브에 공개중입니다. 

https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/AutoDockTools_py3/releases/tag/1.5.7.post1

에서 받을 수 있습니다.  

설치 방법은

source code 를 다운로드하여 압축 해제한 후,

anaconda prompt에서 cd 명령어로 압축 푼 폴더로 이동해서

python setup.py install  를 실행하면 됩니다.

 

여기서 필요로 하는 프로그램은 prepare_receptor4.py, prepare_ligand4.py 입니다.

실행시에 절대 경로를 전부 쳐주거나, 그게 싫으면 실행파일을 실행할 폴더로 복사해야하는 좀 번거로운 점이 있습니다.

리눅스에선 대충 쉽게 하는 법이 있는데,

 윈도우에선 어떻게 해야하는지 잘 모르겠네요.