2021/10/25 2

Protein-ligand binding affinity 예측에 대해서

protein-ligand binding affinity 예측과 비슷한 용어가 여러 가지 있습니다. Drug target interaction (DTI), binding affinity prediction, receptor-ligand interaction 보통 약물 타깃이 단백질인 경우가 많고, 결합에선 상대적으로 큰 분자를 receptor, 작은 분자를 ligand라고 부르기도 하고, ligand가 약물인 경우가 많아서 이 용어들은 거의 비슷한 의미라고 볼 수 있습니다. affinity 값 자체를 예측하는 대신 결합 여부만을 예측하기도 합니다. 그냥 편의상 DTI라고 부르겠습니다. DTI 예측에 대한 접근방법은 크게 informatics based method와 physics based method ..

openbabel 사용법: obabel

openbabel 은 무료로 사용할 수 있는 cheminfomatics tool입니다. docking 시뮬레이션을 하는 사람들이 많이 사용합니다. 명령어(obabel 및 ob 로 시작하는 여러 실행 파일들)로 사용할 수도 있고, python 모듈로도 사용할 수 있습니다. rdkit과 유사한 점이 많지만, 기능은 obabel 이 조금 더 많은 것 같고, python 인터페이스에서 사용하기엔 obabel이 조금 더 불편합니다. 그래도 바로 콘솔 창에서 실행 가능해서 더 편리할 때도 있습니다. 주로 사용하는 기능은 분자가 주어진 pH 상태에서의 protonation state를 예측해주거나, 중성화해버립니다. 분자의 3D 구조를 탐색합니다. 구조에 대해서 간단한 에너지 계산을 합니다. 다양한 분자 파일포멧을 ..