특정 타깃에 대해서, 그 타깃과 결합력 및 결합 구조를 예측하는 방법으로 도킹 시뮬레이션이 있습니다. 아무래도 예측이다보니, docking이 얼마나 잘되는지 의문이 들 수가 있습니다. 그래서 보통 제일 먼저, 특정 PDB 구조에서 receptor와 ligand를 분리한 후, 그 ligand를 receptor에 붙이는 도킹 시뮬레이션을 돌려봐서 얼마나 잘 붙는지 확인을 합니다. 그리고, 같은 단백질에 대한 PDB들에 대해서, 서로 receptor와 ligand를 교환해서 docking 시뮬레이션을 진행합니다. (cross-docking) ligand를 원래 붙어있던 receptor 구조에 도킹을 하는 경우는 잘 되는 경우가 많습니다. 하지만 실험 구조에도 오류가 있을 수 있고, 크러시가 있는 경우는 잘 안..
