2022/07 12

chimera GUI에서 docking (vina) 사용법: 1. 프로그램 설치

다음 글 https://novelism.tistory.com/260 https://novelism.tistory.com/261 도킹 시뮬레이션에서 GUI를 사용하는 것은 장점도, 단점도 있습니다. 장점은 사용하기 쉽고, docking box 를 확인하기 쉽다는 것이고, 단점은 다양한 옵션을 활용하기 어렵고, 대량의 도킹을 진행하기 어렵다는 것입니다. 저는 스크립트를 통해 자동화를 할 때도 한번 정도는 chimera로 docking box를 확인을 하고 시작합니다. chimera만이 아니라, pymol 도 사용하고 있지만... chimera vina에는 autodock tools (prepare_receptor4.py)이 포함되어있습니다. pdb를 pdbqt로 변환할 때 사용합니다. 일단 윈도우를 기반으로..

노력이 허사가 될 때...

인생은 짧습니다. 사람이 태어나서 죽을 때까지 할 수 있는 일은 별로 많지 않습니다. 아무리 짧은 시간이라도 유한한 인생에서 헛되이 써선 안되는 소중한 시간입니다. 그래서 저는 소중한 인생을 투자해서 한 일이 허사가 되는 것이 슬프고 화가 납니다. 누구나 자신이 추구하는 무언가를 위해서 노력합니다. 노력에는 보답이 따라야만 의미가 있습니다. 애초에 아무리 노력해도 추구하는 바를 이룰 수 없다고 정해져 있다면 그런 노력에 무슨 의미가 있겠습니까? 아무리 가능성이 낮을지라도, 불가능이 아닐 때에 의미가 있습니다. 좋은 관리자는 노력의 결과물을 헛되게 하지 않는 사람이라고 생각합니다. 애초에 어떻게 쓰일지 생각하지도 않은 것을 만들라 하고 만들어졌지만 활용하지 못하고 폐기된다면 대체 그런 일에 인생을 쏟아부은..

이야기 2022.07.02