다음 글 https://novelism.tistory.com/260 https://novelism.tistory.com/261 도킹 시뮬레이션에서 GUI를 사용하는 것은 장점도, 단점도 있습니다. 장점은 사용하기 쉽고, docking box 를 확인하기 쉽다는 것이고, 단점은 다양한 옵션을 활용하기 어렵고, 대량의 도킹을 진행하기 어렵다는 것입니다. 저는 스크립트를 통해 자동화를 할 때도 한번 정도는 chimera로 docking box를 확인을 하고 시작합니다. chimera만이 아니라, pymol 도 사용하고 있지만... chimera vina에는 autodock tools (prepare_receptor4.py)이 포함되어있습니다. pdb를 pdbqt로 변환할 때 사용합니다. 일단 윈도우를 기반으로..