서로 다른 사람이 실험해서 얻은 pdb 파일은 좌표가 제각각이라 구조를 비교를 하기 전에 먼저 정렬을 먼저 해야 합니다. pymol은 RMSD가 최소가 되도록 구조 정렬을 해줍니다. RMSD보다는 TMscore가 더 장점이 있긴 하지만, TMscore와 TMalign으로 정렬을 하는 건 조금 불편합니다. 그래도 TMscore나 TMalign도 최근엔 구조 정렬 결과를 결과 파일로 출력해서 pymol에서 읽어올 수 있도록 하는 기능을 지원합니다. 먼저 pymol *.pdb 로 EGFR에 대한 구조들을 읽어오겠습니다. 제일 마지막에 읽어 들인 구조에 맞춰서 화면이 출력되었습니다. pymol에서 구조 정렬하는 옵션으로 align과 alignto 가 있습니다. align은 특정 구조를 reference구조에 대..
