pymol 사용법: pymol open source 설치

pymol 은 단백질 및 분자의 3D 구조를 보고 분석하기 위한 프로그램입니다.

슈뢰딩거에서 만들었지만, open-source 버전도 있습니다. 둘 다 사용해봤지만, open-source 버전에서 별다른 단점은 발견하지 못했습니다.

GUI와 python 인터페이스를 지원합니다. 단지 구조를 보기만하는것이 아니라, 기능을 숙지해두면 다양한 분석이 가능합니다.

외부 python 코드나 플러그인과 연계해서 더 많은 기능들을 사용할 수 있습니다.

 좀 쓰기 불편하지만, pymol로 3D 기반으로 단백질과 상호작용하는 ligand 를 직접 설계하는 것도 가능합니다.

 

최근엔 버전 2 이상의 pymol open source 설치가 쉬워졌습니다.

ubuntu 계열 apt 설치:

sudo apt update
sudo apt install pymol

conda 사용하는 경우 apt 설치로 설치하면 python 설정을 따로 해줘야 합니다. 

 

conda 사용시 conda로 설치하는 것을 추천합니다.

conda install -c conda-forge pymol-open-source

현재 버전은 2.5 입니다.

 

소스 코드 직접 설치시:

github 주소:

https://github.com/schrodinger/pymol-open-source

의존성 때문에 미리 설치해야할것이 많아서 비추천합니다.

git clone https://github.com/schrodinger/pymol-open-source
cd pymol-open-source
python setup.py install --prefix=~/someplace

 

실행:

pymol 
혹은 
pymol input.pdb