SMINA를 이용한 tethered docking

vina 계열 도킹 프로그램은 여러 가지가 있습니다. 순정 AutoDockVina 도 있지만, 가장 빠른 qvina 라든가, 사용성이 개선된 smina도 많이 사용됩니다. 이들은 분자의 rotatable bond와 그렇지 않은 본드들을 통해서, 회전할 수 있는 영역과, 한 평면에 위치하는 영역을 구분합니다. 그리고 한 평면에 위치하는 것들은 강체 조각처럼 취급하고 (bond, angle 변화 없는) 회전가능한 영역들에 대해서 torsion 탐색을 합니다. smina 는 flexible side chains docking을 지원합니다. 물론 vina 도 지원합니다. 이것은 flex 옵션으로 들어간 pdbqt에 대해, root로 지정된 조각을 고정시키고 나머지들을 회전시키는 방식으로 구현됩니다. 원래는 여..

나무를 베는데 8시간이 주어진다면

신약개발 책에서 감명 깊게 읽은 문장이 있습니다.링컨의 명언이었는데, 나무를 베는데 8시간이 주어진다면 그중 6시간은 도끼를 가는데 쓸 것이다. 라는 말이었습니다. 인터넷 찾아보니 6시간-4시간, 1시간-45분 등으로 다양하네요... 원문이 몇시간인지 모르겠습니다. 네. 현실적이고 훌륭한 말입니다. 근데 말입니다. 일단 저에게 골치아픈 일을 하라고 8시간이 주어진다면 그중 6시간은 맨탈이 나가서 방황하다가 결국 2시간동안 일할 것입니다. 지금이 바로 그렇습니다. 그래서 바쁜데 이런 글을 쓰고 있는 것입니다. 과도한 부담이 주어지면 일이 손에 잡히지 않네요. ㅠㅠ

이야기 2025.08.07 1

중복 오븐 닭 구이 간장 맛

어제는 중복이었습니다. 점심에 닭을 구웠습니다. 하루 전에 염지를 했습니다. 동남아산 닭 2kg입니다. 반은 소금구이, 반은 간장 양념구이를 만들 겁니다. 일단 소금물에서 3시간 염지를 했습니다.갈아만든 배하고 후추하고 로즈마리도 좀 넣었습니다. 그리고 간장 양념을 만들었습니다.간장 구이라고 해도 단맛이 빠지면 뭔가 너무 자극적인 간장맛만 납니다. 갈아만든 배와 설탕 조금(1숟가락 정도)을 넣었습니다. 간장, 굴소스를 섞어서 사용했습니다. 후추, 로즈마리, 타임을 넣었습니다.양파가루와 생강 가루를 조금 넣었습니다.마늘이나 마늘가루는 하루정도 재워두면 숙성되는 냄새(장아찌 냄새 같은)가 너무 강해서 이번에는 사용하지 않았습니다. 대충 아무 술이나 좀 넣었습니다. 냉장고에 스테이크 소스가 있길래 그것도 ..

Food 2025.07.31 2

복날 닭고기 양념 구이

내일은 초복입니다. 저에게 복날은 핫도그 먹는 날입니다. 도그데이니까... 내일은 아마도 핫도그 사러 맥도널드 갈 겁니다. 치킨도 먹으려고 양념 재웠습니다.라라라 라바치치치 치킨스티브의 용암 치킨 먹고 싶네요. 요즘 브라질 조류독감 (AI) 때문에 닭다리살 수입이 중단되어 가격이 많이 올랐습니다. ㅠㅠ 그래도 팔던데... 예전에 수입한 물량인지 조류독감이 퍼지지 않은 지역에서 수입한 건지 모르겠네요. 그냥 동남아 물건으로 주문해봤습니다. 2kg에 9조각이네요. 전에 주문한 브라질 닭은 6~7조각이었는데... 그동안 닭 요리를 많이 시도해봤는데, 어떻게 익히냐 보다 양념이나 염지가 더 중요한 것 같습니다. 양념 없이 소금간만 하고 프라이팬이나 오븐에 구웠을 때 영 별로였는데 제육 비슷한 양..

Food 2025.07.19 2

인생을 다시 시작한다면

만약 인생을 다시 시작할 수 있다면, 시행착오와 실패와 고난을 인생에서 지우고 성공만 남는 삶으로 바꿀 수 있다면, 그래도 정답이 아닌 삶을 살겠습니다. 실패로부터만 배울 수 있는 게 있습니다. 성공하지 않았기에 지금의 자신이 있습니다. 좋은 선생은 많은 실패를 경험하고 그 실패를 가르칠 수 있는 사람이라 생각합니다. 성공만 한 사람이 다른 사람에게 무엇을 가르칠 수 있을까요. 저는 지금의 자신이 그리 못난 사람이라고 생각하지 않습니다. 제 지도교수님은 저에게 도전하고 부딪히고 깨지라고 가르쳤습니다. 그래야 배울 수 있으니까요. 지극히 물리학적인 관점입니다. 우리가 무언가를 보고 측정하는 행동은 "상호작용"이지 일방적으로 정보를 얻는 것이 아닙니다. (그런 관점이 이어지면 하이젠베르크의..

이야기 2025.04.29 0