Novelism

(추가) AutoDock Vina에서 사용하는 pdbqt 확장자에 대한 설명은 다음 글을 참고하세요. novelism.tistory.com/32 (추가) GUI를 이용한 도킹이나 실행 예제는 https://novelism.tistory.com/259 https://novelism.tistory.com/260 https://novelism.tistory.com/261 를 참고하세요. protein ligand docking 이란? 도킹 시뮬레이션의 1차적인 목표는 단백질-리간드의 결합 구조의 탐색 입니다. 결합 구조를 바꿔가면서 에너지 (혹은 스코어)를 계산해서 에너지가 최소화 되는 구조를 탐색하는 것입니다. 에너지 모델을 사용하니 결합 에너지 (다른 표현으로 binding free energy, 결합력,..

최근 2~3년 정도 사이에 인공지능 신약개발 관련 연구들이 많이 출판되고, 관련 사업을 하는 회사들도 많이 등장하였습니다. 그러나 그런 연구를 하고 있는 제가 봤을 때 신약개발에 실제로 도움이 될만한 연구, 혹은 써봤는데 잘 된다 좋다. 라고 할만한 메소드는 별로 없었습니다. 저는 이제는 좀 다른 접근방법이 필요하다고 생각합니다. 저는 2013년부터 단백질 관련 컴퓨터 시뮬레이션 연구를 하고 있었는데, 단백질 구조예측 분야에선 이미 2000년대 초반부터 머신러닝을 사용해왔기 때문에 머신러닝에 대해서도 관심을 가지고 있었습니다. 그러다가 알파고가 등장하고 딥러닝이 대중적으로 유명해지면서 저도 머신러닝 관련 연구를 시작하였습니다. 한편으론 단백질 구조예측만으론 가치있는 연구를 하기 어렵다는 생각이 들어서 신..