Novelism

햄버거 국밥... 그건 대체 뭘까요? 햄버거 맛이 나는 국밥이라고 생각합니다. 그냥 고기를 굽다가 햄버거 소스 재료를 넣고 삶으면 되지 않을까 했습니다. 글세요... 햄버거맛이 뭐더라... 대체 뭘 만들고 싶었던걸까... 고기가 좀 큽니다. 척아이롤 6.4kg입니다. 오븐에서 저온으로 2시간 정도 구웠습니다. 아무튼 크리스마스였으니까 고기는 적당히 잘라먹었습니다. 남은 고기는 삶았습니다. 양배추 한 통, 양파 2개, 각종 향신료 잔뜩, 토마토 주스 한 컵 정도? 고기를 건져내고 국물을 걸러줍니다. 음... 뭐 삶은 소고기 먹을만합니다. 채소의 성분이 부족한 것 같아서 콩과 당근을 넣고 더 끓였습니다. 대충 밥 말아서 먹어보긴 했는데, 먹을 순 있는 맛이지만 딱히 맛있는 건 아니었습니다. 라면 수프 넣으면..

Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) 는 천여개의 Cancer Cell line에 대해 copy number, sormatic mutation, expression 등을 수록한 데이터베이스 입니다. 지금은 DepMap (Dependency Map) 과 통합되었고, DepMap portal을 통해서 제공됩니다. DepMap은 Cancer Cell line의 gene knockout/knockdown 에 대한 세포 생장 변화 여부를 수록한 데이터베이스 입니다. 최신 공개 버전은 23Q4 입니다. https://depmap.org/portal/download/all/ 포털에서 데이터를 그래프로 볼 수도 있고 다운로드를 할 수도 있습니다. protein coding genes에 대한..

이전 글 ( https://novelism.tistory.com/381 )에서 언급한 gene symbol과 entrez ID 를 변환하는 코드 예시입니다. DB를 배포할 때, 서로 중복될 여지가 있는 gene symbol 말고도 풀네임이나 ID 를 함께 배포하면 좋겠습니다만, 그렇지 못한 경우가 여럿 있습니다. 일단 저는 정보를 추출할 때 다음 2개의 파일을 사용합니다. 하나는 HGNC이고, 다른것은 NCBI gene info 입니다. HGNC는 당연히 HGNC symbol 이 기준이고, NCBI는 entrez id 가 기준입니다. https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/genenames/hgnc/tsv/hgnc_complete_set.txt https://ftp.ncbi.nl..