이전에 모종의 이유로 3d conformer를 만들 때 주로 openbabel을 사용했는데, 이제 rdkit으로 갈아타야겠습니다. NCGC00257649 COc1ccc(CCN2CCC(CC2)Nc2nc3ccccc3n2Cc2ccc(F)cc2)cc1 이렇게 생긴 분자를 obabel과 rdkit으로 3D conformer를 생성해 봤습니다. obabel -:"COc1ccc(CCN2CCC(CC2)Nc2nc3ccccc3n2Cc2ccc(F)cc2)cc1" -O g.pdb 보시는 것처럼 aromatic ring이 망가졌습니다. aromatic bond나 double bond로 연결된 원자들은 한 평면에 있어야 합니다만... bond order가 잘못 인식되었는지 저렇게 되어버리네요. SMILES를 다음처럼 Kekule..
