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2022/08/29 1

reference 를 이용하여 pdbqt를 pdb 로 변환하기

pdbqt에 대한 설명은 아래 글을 참고 하세요. https://novelism.tistory.com/32 pdbqt를 pdb 로 문제 없이 복원하기 위하선 reference 를 사용하는 것이 제일 좋습니다. reference를 사용하려면 3d conformer pdb 파일을 생성할 때부터 atom name 을 명확시해야 합니다. 다음 코드는 3d conformer를 생성한 후, pdb 파일에서 atom_name 을 수정하는 코드입니다. pdb 파일포멧에서 하나의 ligand 나 residue에 속하는 모든 원자들은 독립된 이름을 배정 받습니다. 예를들면 " CA ", " CB ", " CG " 등이 있습니다. 그래서 이런 atom name을 key로 사용할 수 있습니다. 하지만 obabel로 생성한 구..

Drug/Computer-Aided Drug Discovery 2022.08.29
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