Autodock Vina 변종중 하나인 smina에서 사용하려고 만든 금속이온에 대한 결합력 스코어입니다.
smina --custom_scoring custom_scoring.txt 옵션을 추가해주면 됩니다.
custom_scoring.txt 파일엔 다음 내용을 넣어줍니다.
일단 weight parameter는 -1.0으로 설정했지만, 도킹이 잘 안될경우 더 증가시키는 방향으로 조절할 수 있습니다.
$ cat custom_scoring.txt
-0.035579 gauss(o=0,_w=0.5,_c=8)
-0.005156 gauss(o=3,_w=2,_c=8)
0.840245 repulsion(o=0,_c=8)
-0.035069 hydrophobic(g=0.5,_b=1.5,_c=8)
-0.587439 non_dir_h_bond(g=-0.7,_b=0,_c=8)
-1.0 atom_type_gaussian(t1=Iron,t2=NitrogenXSAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0 atom_type_gaussian(t1=Iron,t2=NitrogenXSDonorAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0 atom_type_gaussian(t1=Iron,t2=OxygenXSAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0 atom_type_gaussian(t1=Iron,t2=OxygenXSDonorAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0 atom_type_gaussian(t1=Zinc,t2=NitrogenXSAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0 atom_type_gaussian(t1=Zinc,t2=NitrogenXSDonorAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0 atom_type_gaussian(t1=Zinc,t2=OxygenXSAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0 atom_type_gaussian(t1=Zinc,t2=OxygenXSDonorAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0 atom_type_gaussian(t1=Magnesium,t2=NitrogenXSAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0 atom_type_gaussian(t1=Magnesium,t2=NitrogenXSDonorAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0 atom_type_gaussian(t1=Magnesium,t2=OxygenXSAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0 atom_type_gaussian(t1=Magnesium,t2=OxygenXSDonorAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0 atom_type_gaussian(t1=Manganese,t2=NitrogenXSAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0 atom_type_gaussian(t1=Manganese,t2=NitrogenXSDonorAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0 atom_type_gaussian(t1=Manganese,t2=OxygenXSAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0 atom_type_gaussian(t1=Manganese,t2=OxygenXSDonorAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
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