유용한 cheminfomatics 툴들

 

 많은 툴들이 있지만, 제가 사용하는 것들 위주로 올립니다.

python 모듈: 

 

rdkit

 - python cheminformatics 모듈입니다. 

openbabal

 - cheminformatics 프로그램입니다. python module (pybel)로도 사용할 수 있습니다. 

 

분자 그림 그리는 툴:

marvin JS: marvin Sketch의 웹버전 정도로 생각할 수 있습니다. 

https://marvinjs-demo.chemaxon.com/latest/index.html

ChemDraw: 비슷한 툴인데, 합성 하시는 분들이 많이 쓴다고 합니다. 

https://chemdrawdirect.perkinelmer.cloud/js/sample/index.html

SMILES 을 붙여넣어서 입력할 수도 있고, 그림을 그려서 SMILES나 SMARTS를 뽑아낼 수도 있습니다.

 

도킹 프로그램:

 AutoDock Vina : 도킹프로그램 Vina 바닐라 버전

 Quick Vina 2 : Vina의 포크버전, 속도가 빠르게 개선되었습니다.

 SMINA : Vina의 포크버전, 사용 편이성을 개선하였습니다. 

 

 rdock (rxdock) : tethered docking, pharmacophore docking등을 지원하는 도킹 프로그램입니다.

 

단백질 서열 관련

NWalign https://zhanggroup.org/NW-align/

 - 서열 정렬 알고리즘 입니다. 양장랩에서 구현한 프로그램이 있습니다. 

 

blast, hhblits, JackHMMer 

- homology 서열 검색툴들입니다. 

 

단백질 구조 관련:

https://swissmodel.expasy.org/ 

- swissmodel 입니다. 호몰로지 모델링을 해주는 웹 서버입니다. 고성능 툴은 아니니까 대충 간단히 패밀리 구조를 예측하거나, missing residue 채워넣기나 단순한 mutation 을 고려하는 정도로 사용합니다. 

pdbfixer

 - pdb 단백질 구조를 수정할 때 사용합니다. missing residue, missing atom, 수소원자를 채워넣을 때 사용합니다.

 insertion을 제대로 인식하지 못합니다. 

pymol-open-source 

 - pymol의 open source 버전입니다. 단백질의 3D 구조를 시각화해주는 툴입니다. 단백질-리간드 상호작용을 시각화하는 기능도 있습니다. 

 

TMscore https://zhanggroup.org/TM-score/

 - 단백질 구조들의 유사성을 비교하는 툴입니다. 

 - 동일한 단백질에 대해서, modeling구조와 reference구조의 유사성이나, conformation change가 일어난 경우의 구조 유사성을 계산해줍니다. 

 

TMalign https://zhanggroup.org/TM-align/

 - TMscore를 기반으로 하지만, 서로 다른 단백질 사이의 구조 유사성을 비교하는 툴입니다.

 

DockRMSD https://zhanggroup.org/DockRMSD/

 - 단백질-ligand 의 docking 구조와, co-crystal 구조 사이의 RMSD를 계산할 때 사용하는 툴입니다. 

 

 

 

PSIpred

- 이차구조 예측 툴입니다. 

 

CCMpred

-co-evolutionary information관련 DCA 툴입니다. 

-residue-residue contact 예측에 사용됩니다. 

 

SANN

-단백질 residue의 solvent accessibility 예측 툴입니다.

 

ConDo

- co-evolutionary information을 사용한 도메인 경계 예측 프로그램 입니다. 

단백질의 도메인은 구조의 단위이자 기능의 단위이며 진화의 단위라는 점에 착안해서 개발했습니다.