(추가) AutoDock Vina에서 사용하는 pdbqt 확장자에 대한 설명은 다음 글을 참고하세요. novelism.tistory.com/32 (추가) GUI를 이용한 도킹이나 실행 예제는 https://novelism.tistory.com/259 https://novelism.tistory.com/260 https://novelism.tistory.com/261 를 참고하세요. protein ligand docking 이란? 도킹 시뮬레이션의 1차적인 목표는 단백질-리간드의 결합 구조의 탐색 입니다. 결합 구조를 바꿔가면서 에너지 (혹은 스코어)를 계산해서 에너지가 최소화 되는 구조를 탐색하는 것입니다. 에너지 모델을 사용하니 결합 에너지 (다른 표현으로 binding free energy, 결합력,..