pdbqt 는 Autodock 계열 docking 프로그램 (Autodock, Autodock Vina, Quick vina Smina 등) 에서 사용하는 파일 포멧입니다. 기본적으로 pdb와 유사합니다. 아스피린에 대해서 pdb와 pdbqt 파일을 비교해보겠습니다. 아스피린의 SMILES O=C(C)Oc1ccccc1C(=O)O 입니다. obabel로 3d 구조를 생성해봅시다. $ obabel -:'O=C(C)Oc1ccccc1C(=O)O' -O a.pdb --gen3d $ cat a.py COMPND UNNAMED AUTHOR GENERATED BY OPEN BABEL 3.1.0 HETATM 1 O UNL 1 2.800 -1.310 -0.132 1.00 0.00 O HETATM 2 C UNL 1 2.32..