SMINA를 이용한 tethered docking

vina 계열 도킹 프로그램은 여러 가지가 있습니다. 순정 AutoDockVina 도 있지만, 가장 빠른 qvina 라든가, 사용성이 개선된 smina도 많이 사용됩니다. 
이들은 분자의 rotatable bond와 그렇지 않은 본드들을 통해서, 회전할 수 있는 영역과, 한 평면에 위치하는 영역을 구분합니다.  그리고 한 평면에 위치하는 것들은 강체 조각처럼 취급하고 (bond, angle 변화 없는) 회전가능한 영역들에 대해서 torsion 탐색을 합니다.

 smina 는 flexible side chains docking을 지원합니다. 물론 vina 도 지원합니다. 

이것은 flex 옵션으로 들어간 pdbqt에 대해, root로 지정된 조각을 고정시키고 나머지들을 회전시키는 방식으로 구현됩니다.

 원래는 여기에 protein side chain이 들어가야 합니다만... 사실 smina는 딱히 들어온 대상이 누구냐는 별로 따지지 않습니다.

 그래서 ligand 를 집어넣어도 torsional 탐색을 합니다. 

그리고 smina는 --no_lig 옵션을 지원합니다. vina나 qvina는 지원하지 않는 것으로 알고 있습니다.
그러면 smina에서 --flex에 리간드를 넣고, --no_lig 옵션을 써서 --ligand에 아무것도 넣지 않으면 어떻게 될까요? 
root 영역에 속하는 조각은 좌표가 고정되고, 그 이외는 회전합니다.

 constraint docking이 가능합니다. 

covalent bonding이 있는 ligand의 경우에 쓰면 좋습니다. 저는 다른 분자에 대해서 쓰고 있지만... 

 

 rdock 처럼 원래부터 tethered docking을 지원하는 툴을 써도 됩니다.