smina 용 금속 이온 도킹 옵션

Autodock Vina 변종중 하나인 smina에서 사용하려고 만든 금속이온에 대한 결합력 스코어입니다. 

 

smina --custom_scoring custom_scoring.txt  옵션을 추가해주면 됩니다. 

 

custom_scoring.txt 파일엔 다음 내용을 넣어줍니다. 

일단 weight parameter는 -1.0으로 설정했지만, 도킹이 잘 안될경우 더 증가시키는 방향으로 조절할 수 있습니다. 

 

$ cat custom_scoring.txt

 

-0.035579    gauss(o=0,_w=0.5,_c=8)
-0.005156    gauss(o=3,_w=2,_c=8)
0.840245     repulsion(o=0,_c=8)
-0.035069    hydrophobic(g=0.5,_b=1.5,_c=8)
-0.587439    non_dir_h_bond(g=-0.7,_b=0,_c=8)
-1.0         atom_type_gaussian(t1=Iron,t2=NitrogenXSAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0         atom_type_gaussian(t1=Iron,t2=NitrogenXSDonorAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0         atom_type_gaussian(t1=Iron,t2=OxygenXSAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0         atom_type_gaussian(t1=Iron,t2=OxygenXSDonorAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0         atom_type_gaussian(t1=Zinc,t2=NitrogenXSAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0         atom_type_gaussian(t1=Zinc,t2=NitrogenXSDonorAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0         atom_type_gaussian(t1=Zinc,t2=OxygenXSAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0         atom_type_gaussian(t1=Zinc,t2=OxygenXSDonorAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0         atom_type_gaussian(t1=Magnesium,t2=NitrogenXSAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0         atom_type_gaussian(t1=Magnesium,t2=NitrogenXSDonorAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0         atom_type_gaussian(t1=Magnesium,t2=OxygenXSAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0         atom_type_gaussian(t1=Magnesium,t2=OxygenXSDonorAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0         atom_type_gaussian(t1=Manganese,t2=NitrogenXSAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0         atom_type_gaussian(t1=Manganese,t2=NitrogenXSDonorAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0         atom_type_gaussian(t1=Manganese,t2=OxygenXSAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
-1.0         atom_type_gaussian(t1=Manganese,t2=OxygenXSDonorAcceptor,o=-1.0,_w=1.5,_c=8)
1.923        num_tors_div