Marvin JS demo를 사용해서 분자 SMILES, SMARTS 얻기

Drug/Computer-Aided Drug Discovery

Novelism 2022. 5. 2. 20:42

이전에 SMILES와 SMARTS에 대해 포스팅을 했습니다.

직접 SMILES과 SMARTS를 만드는 건 좀 번거롭고 어렵기에 보통은 분자 그림을 변환 툴을 사용합니다.

chemaxon의 marvin을 이용해서 SMILES와 SMARTS를 얻을 수 있습니다.

demo 버전에서도 작동합니다.

Marvin JS

marvinjs-demo.chemaxon.com

Marvin JS demo를 사용해보겠습니다.

창에다 분자를 그려넣고, export 버튼 (디스켓 모양)을 누릅니다.

format에서 SMILES를 선택하면 SMILES를 얻을 수 있고, SMARTS를 선택하면 SMARTS를 얻을 수 있습니다.

Kekule form 대신 aromatic form에 대응되는 SMILES을 얻고 싶다면, aromatize 버튼을 누릅니다.

그러면 분자 그림이 aromtic form으로 바뀝니다. 이대로 export를 누르면,

다음같은 aromatic form의 SMILES와 SMILES를 얻을 수 있습니다.

Chemdraw로도 SMILES을 얻을 수 있습니다.

ChemDraw JS Sample Page

chemdrawdirect.perkinelmer.cloud

분자 그림을 그린 후, 메뉴에서 structure를 누르고 Get SMILES을 선택합니다.

아쉽게도 Chemdraw는 SMARTS 변환 기능이 안 보입니다.

가끔 모르시는 분들도 있던데, Marvin이나 Chemdraw에서 직접 그림을 그리지 않아도 창에 SMILES을 붙여 넣을 수 있습니다.